В резолюции Шахурина отмечалось: «Это очень важные и интересные предложения, их нужно быстрее реализовать. Предварительно нужно провести продувки в трубе и не обязательно связываться с форсированными моторами».
Письмо наркома от 6 февраля 1945 г. стало отправной точкой для малой модернизации Ер-2. К подготовке рабочих чертежей приступили в середине февраля. Основой для опытных экземпляров Ер-2ММ стали машины № 7063901 и № 7023901, к доработке которых приступили в апреле. На самолете № 7063901 с моторами АЧ-30Б и винтами АВ-5ЛВ-116 диаметром 4,1 м, в частности, заменили жалюзи водорадиаторов заслонками ЦАГИ, маслорадиаторы перенесли с передней кромки отъемной части крыла под мотогондолы, установили обтекатель на нижнюю стрелковую точку, механический стопор хвостового колеса и упоры колес шасси в убранном положении, сделали новый нижний входной люк с лестницей и переделали капоты, коки винтов и выхлопные насадки. Тогда же самолет герметизировали.
В мае исследовали самолет в натурной аэродинамической трубе Т-101 ЦАГИ, и вслед за этим начались его летные испытания. Из-за вышедшего из строя левого двигателя и последовавшей его замены испытания затянулись до середины сентября. За этот период на самолете выполнили 28 полетов общей продолжительностью 20 ч 28 мин.
Не дожидаясь составления отчета о результатах заводских испытаний, на этой же машине моторы заменили форсированными АЧ-30БФ, установили флюгерные винты, вертикальное оперение большей площади, электрифицированную турель СЭБ-7 и выполнили ряд мелких доработок. Второй этап летных испытаний машины начался 9 декабря 1945 г. Но продолжался он недолго.
В январе 1946 г. наркоматы преобразовали в министерства; авиационную промышленность возглавил М. В. Хруничев. Новый руководитель начал наводить свои порядки, ликвидировав многие КБ. Попал под эти «жернова» и коллектив Сухого. В итоге работы по самолету Ер-2 прекратили. Исключение сделали только для Ер-2ММ, испытывавшегося по особой программе с разрешения заместителя министра С. Н. Шишкина. Но это продолжалось недолго: 22 апреля на самолете вышел из строя правый двигатель, и больше он в воздух не поднимался.
Другой Ер-2 (заводской № 7023901) с моторами АЧ-30БФ и винтами АВ-3ЛВ-116 диаметром 3,95 м оборудовали новым вертикальным оперением, системой радиоопознавания, командной радиостанцией, кислородными приборами с измененной схемой питания, коническим стопором хвостового колеса и фильтрами в электрической цепи, устранявшими помехи при работе радиооборудования. Самолет проходил совместные контрольные испытания в НИИ ВВС летом 1945 г., в ходе которых выявилась необходимость увеличения аэродинамической компенсации элеронов и рулей высоты с установкой флеттнеров. После доработок испытания продолжились, завершились они 13 октября.
К большой модификации Ер-2 приступили весной 1945 г. Параллельно с рабочим проектированием строился макет Ер-2БМ, предъявленный макетной комиссии в последний день августа. В ее протоколе отмечалось, что для улучшения летно-технических данных вместо АЧ-30Б установлены моторы АЧ-30БФ взлетной мощностью по 1900 л.с. (номинальная на высоте 6000 м — 1500 л.с.); радиаторы перенесены из крыла в передние части капотов моторов; емкость основных топливных баков уменьшена на 940 л, при этом вместо одного внутрифюзеляжного 420-литрового бака установлено два подвесных 1100-литровых (один для дальности 5000 км и два — для 6000 км). Общая емкость всех баков снизилась до 6200 л вместо 6420 л на серийном самолете.
Крыло заменили новым без «обратной чайки», увеличив его площадь с 79 м2 до 81 м2 и размах с 23 до 28 м. Вместо профиля крыла С-240 применили ЦАГИ П-7 в центроплане и К-4 — на консолях. Самолет превратился в высокоплан с увеличенным объемом бомбоотсека, позволявшим подвешивать бомбы калибра от 100 до 1000 кг.
Взамен механического аварийного управления сбрасыванием бомб предусмотрели дублирующее электрическое. Ввели электрифицированную турель СЭБ-2 под пушку Б-20 взамен полумеханической турели ТУМ-5 под пушку ШВАК на серийном самолете. Вместо серийной люковой установки МВ-26 под УБТ с прицелом ОП-2Л установили электрифицированную НЭУ под Б-20 с коллиматорным визиром К8-7 и механизмом стабилизации вектора собственной скорости.
Заказчик утвердил макет, но с небольшими оговорками, касавшимися кабины экипажа и компоновки винтомоторной группы.
21 января 1945 г. в соответствии с приказом НКАП Сухому поручили оснастить Ер-2 дизелями АЧ-31. Заданием предусматривалось, чтобы бомбардировщик с экипажем из пяти человек летал со скоростью до 415 км/ч у земли и 495 км/ч — на высоте 6000 м, его дальность с 2000 кг бомб при нормальном полетном весе была не ниже 2500 км, а при перегрузочном весе с той же нагрузкой — 5000 км (с 1000 кг бомб — 6000 км), бомбовую нагрузку 4000 кг самолет должен был доставлять на расстояние 2500 км. Тем же документом оговаривалось, чтобы Ер-2 мог лететь на одном двигателе при весе 16 000 кг. Разбег при нормальном полетном весе 15 850 кг ограничивался 600 м.