Летом того же года в 8-й гвардейской авиадивизии должны были начаться войсковые испытания Ер-2, однако эти планы пришлось откорректировать. 12 июля нарком А. И. Шахурин писал командующему 18-й воздушной армией (так с 6 декабря 1944 г. стала именоваться АДД) А. А. Новикову: «Учитывая заявление главных конструкторов Чаромского и Сухого о возможности быстрого улучшения материальной части генерал-майора Тихонова, а также в связи с недостатком запасных частей мотора… и необходимостью подготовки группы самолетов к параду, прошу отложить войсковые испытания… Ер-2 на срок до особой договоренности».
Несмотря на это, Ер-2 передали на войсковые испытания, проходившие на аэродроме Белая Церковь (Украина). Они завершились 23 августа с неудовлетворительной оценкой из-за большого количества дефектов, в том числе у дизелей. Отмечались невозможность полета на одном моторе и тяжелое управление. Более того, 10 августа один самолет (заводской № 7013907) потерпел катастрофу в районе Полтавы.
В августе 1945 г. командование 18-й воздушной армии подготовило обзор работы самолетов Ер-2 с моторами АЧ-30Б за период с августа 1944 по июль 1945 г. За это время количество боевых машин возросло с 13 до 185, а общий налет составил 6477 ч. Средний налет на один дефект по самолету составлял 29,2 ч, по мотору — 14,4 ч. Чаще всего ломались коленчатые валы и разрушались поршни двигателей, выходили из строя шасси и появлялись трещины в топливных баках. Заказчик потребовал устранить все дефекты, установить флюгерные винты и передать на госиспытания три доработанных самолета, а в декабре 1945 г. отправить на войсковые испытания 20 машин. Еще в августе вышло соответствующее постановление ГКО, но, несмотря на все усилия, предприятия НКАП не справились с поставленной задачей и на основании постановления правительства от 26 февраля 1946 г. Ер-2 сняли с производства, а затем и с вооружения. К этому времени на заводском аэродроме находилось 94 самолета, готовых к отправке, а в сборочном цехе — 49 машин. Значительным был и задел, скопившийся в агрегатных и заготовительных цехах.
К весне 1946 г. в ВВС числилось 233 самолета Ер-2, которые в соответствии с постановлением Совета Министров СССР от 22 марта того же года были списаны и утилизированы.
Как следует из воспоминаний летчика Л. В. Касаткина, «Ер-2 оказался чудом, а не машиной, причем чудом в обоих смыслах слова. Среди летчиков ходила такая байка. Если перегонщик с Иркутска до Москвы летит и не видит каждые 10 минут лежащий на земле Ер-2, значит, он сбился с маршрута… Слабым местом Ер-2 были топливные насосы. А в дизелях ведь карбюраторов нет, там непосредственно впрыск топлива в цилиндр и уже за счет сжатия начинается воспламенение. Соответственно, топливные насосы должны держать высокое давление и давать точный уровень впрыска в каждый цилиндр. А цилиндров там было двенадцать штук — два ряда по шесть. И советское производство, к сожалению, не обеспечивало должного качества. А в остальном у самолета была прекрасная тяга, прекрасная аэродинамика…
Последним аэродромом для Ер-2 определили Белую Церковь, там и планировали собрать эти машины со всего Союза…
Мы заранее знали, что Ер-2 будут уничтожать, однако в пришедшей к нам разнарядке значилось: привести самолеты в полную боевую готовность. Мы, наверное, с полмесяца готовили машины, облетывали, подкрашивали, хотя и знали, что их в Белой Церкви сразу будут давить танками. Приказы, как вы знаете, не обсуждаются…
В Белой Церкви нам выделили специальную стоянку, где уже была сделана длинная полоса, шедшая параллельно «бетонке». Летчики должны были заруливать и на этой полосе плотно, один к одному, во всю длину выстраивать самолеты. Сначала никто не понял, зачем ставить машины на эту импровизированную стоянку. Но как только Ер-2 всего полка выстроились в ряд, раздалась команда: «Убрать шасси!» Тут все схватились за голову, закричали: «Это вредительство! У нас исправные самолеты, мы в них все поверили, покрасили, чуть ли не вылизали!»
Но грозный голос в громкоговорителях был неумолим: «Еще раз повторяю: убрать шасси!»
Когда летчики сделали это и самолеты рухнули на живот, тут же дали команду тракторам ЧТЗ и двум танкам: «По самолетам — марш!»
И гусеницы начали давить наши самолеты. Один танк шел по кабинам и крыльям, другой — по хвостовому оперению. А после них шли тракторы, додавливая все остальное…»