Эмпирическая наука менее соответствует слову «расцвет», но по существу именно в этот период начинается выработка нового метода и накопление фактического базиса для науки Нового времени. Уже в XII в. обнаруживается интерес к природе как таковой, появляется вкус к ее эмпирическому изучению и энциклопедической систематизации. XIII век, получивший еще и материально-социальные стимулы, выходит далеко за рамки оккультно-платонического природоведения в духе шартрской школы. Перед нами уже относительно независимая и знающая себе цену наука. Сицилийская школа переводчиков и естествоиспытателей, торговцы-путешественники, изобретение компаса, успехи алхимии, полемика вокруг аристотелевской «Физики», математика Фибоначчи, оптика Витело, энциклопедические построения Альберта Великого, Гроссетеста и Роджера Бэкона, метафизический компьютер Луллия, часы с веретенным механизмом, мельницы нового типа — все это (не говоря уже о потоке знаний, заимствованных у арабов) преобразило науку. Особенность века в том, что еще не было разрушено представление о мире как органическом целом, каждая часть которого отражает в себе как в символическом зеркале смысл универсума. Это придавало эмпирическим знаниям духовный смысл, хотя дисгармония смысла и информации уже давала себя знать и Данте немало размышлял об этом. Известную роль в сохранении гармонии играло и то, что наука была тесно связана с практикой. Например, готическая архитектура, которая интенсивно воплощалась в грандиозные конструкции соборов в XIII в., стала синтезом математики, инженерного и ремесленного мастерства, теологического и художественного творчества.