В 1196 году Фридрих был избран королем римским, но год спустя его права были отвергнуты. Партия Гогенштауфенов (в Италии гибеллины, или черные) оказалась достаточно сильной для того, чтобы избрать германским королем его дядю Филиппа Швабского; сторонники Папы Римского — гвельфы (белые) выдвинули короля-соперника — Оттона IV, сына Льва. Разгоревшаяся в связи с этим борьба расколола всю Европу. В 1197 году Фридрих стал королем Сицилии, а в 1220-м в Риме папа Гонорий возложил на Фридриха корону императора Священной Римской империи.
К 1226 году под властью Фридриха оказалась большая часть Италии, что было прямой угрозой папскому могуществу. В дальнейшем, вся история правления Фридриха состояла из противостояния папам, бесконечных интриг и внутриевропейских войн. В июне 1245-го на Лионском соборе папа Иннокентий IV объявил Фридриха низложенным и призвал к крестовому походу против него.
Хотя по происхождению Фридрих был Гогенштауфеном, его следует счесть скорее сицилийцем, нежели немцем, поскольку жил он главным образом именно на Сицилии. Покровитель наук и искусств, он и сам вполне заслужил звания ученого и поэта. Стиль правления Фридриха можно, с некоторыми поправками, назвать просвещенным абсолютизмом; это был рационалист, не чуждавшийся общения с астрологами. Загадочная и богато одаренная личность Фридриха вызывала у современников, прозвавших его stupor mundi (лат. «чудо света»), чувства восхищения и страха. Сам он подчас склонен был считать себя предшественником Мессии (как во время вступления в Иерусалим в 1228 году), но некоторые называли его Антихристом.
Умер Фридрих в Кастель-Фьорентино (Апулия) 13 декабря 1250 года.
