26 декабря в «Тайме» появился анонимный обзор: некий бывший креационист признается, что книга его переубедила. Написал его Хаксли и не слишком покривил душой: хоть он и не был ортодоксом, но дарвиновское открытие прежде считал чепухой (и, вопреки распространенному мнению, никогда его полностью не принял, но считал необходимым поддерживать «новых» ученых против старых). Дарвин подыграл: «Автор… по-видимому, серьезный естествоиспытатель… слог его и мысли необыкновенно сильны и ясны… Кто бы это мог быть? Конечно, я бы сказал, что только один человек в Англии мог написать этот разбор и что человек этот — Вы. Но, вероятно, я ошибаюсь, и, должно быть, где-то скрывается гений высокого качества». Гукер тоже написал хвалебный отзыв в «Хрониках садовода» и предсказал пользу дарвиновского открытия для сельского хозяйства.
7 января 1860 года вышло второе издание — три тысячи экземпляров. Поправок было немного. Автор подстелил соломки: снабдил одну из глав эпиграфом из проповеди священника Чарлза Кингсли и добавил в конце фразу из черновиков «Естественного отбора»: «Есть величие в этом воззрении, по которому жизнь… Творец первоначально вдохнул…» С другой стороны, он приписал, что считает человека относящимся к одной категории со всеми животными. Тираж опять расхватали, подруга Эммы слышала, как кто-то спрашивал книгу в вокзальном киоске и ему ответили, что все раскуплено. Дарвин — Лайелю: «Продавец сказал, что сам ее не читал, но слышал, что книга замечательная!!!»
И тотчас взялся за новую книгу, о том, «что же, черт возьми, заставляет хохол появиться на голове петуха или мох на моховой розе?». Впоследствии она получила название «Изменения домашних животных и растений» («The variation of animals and plants under domestication»), но первоначально предполагалось, что там будет и о человеке. Старый друг Дженинс спрашивал, произошел ли человек от той же «первоначальной формы», что и другие существа, и будет ли Дарвин писать об этом. Ответ: «Конечно, каждый волен верить, что человек появился вследствие особого чуда, однако я не вижу ни необходимости, ни вероятности этого…» Лайелю: «Наш предок был животным, которое дышало в воде, имело плавательный пузырь, большой хвостовой плавник, несовершенный череп и было гермафродитом! Вот забавная генеалогия для человечества».
Грей хотел напечатать «Происхождение видов» в Бостоне, но два нью-йоркских издателя уже выпустили книгу пиратским способом; выбил из них пять процентов автору. Агассиз — будто мало он Дарвину крови попортил своим ледниковым периодом! — назвал книгу атеистической и всюду ругал. (Грей объяснил наивному англичанину, что любая реклама на пользу.) Джефри Уаймен, американский натуралист, частным образом выразил восторг, Дарвин намекнул, что не худо бы похвалить публично, но Уаймен уклонился. Немецкий палеонтолог Хенрик Брони вызвался помочь с переводом, но сказал, что книга неполна, ибо не объясняет, откуда взялся гипотетический предок всего живого. Дарвин ответил, что не может писать о том, чего не знает. Лайелю, 23 февраля: «Лейбниц возражал против закона тяготения на том основании, что Ньютон не мог объяснить, что такое тяготение… Ньютон отвечал, что задача естествоиспытателя — понять движение часов, хотя мы и не знаем, почему гирька в них опускается». Но знать хотел, интересовался опытами француза Ф. Пуше, обещавшего показать «самозарождение микроскопических животных» из разлагающихся веществ; Дарвину это вроде бы было выгодно, но он не поверил, написал Лайелю, что, наверное, был какой-то изъян в опыте.