На следующий день двинулись в путь, обошли север Уэльса, собирали образцы пород («камни», как говорят обыватели), наносили на карту места их залегания, Чарлз учился «читать пейзаж» и «складывать факты в теорию». Через неделю в местечке Кейп-Кьюриг расстались: Седжвик продолжал изыскания, Чарлз пошел через горы в Бармут, там повидал кембриджских приятелей и узнал, что Рэмзи умер и плыть на Канары не с кем. Поехал домой, как пишут биографы, в отчаянии, сам он этого не подтверждает: «Я вернулся в Шрусбери и Мэр, чтобы охотиться, ибо в те времена счел бы себя сумасшедшим, если бы пропустил первые дни охоты на куропаток ради геологии или какой-нибудь другой науки».
Добрался домой 29 августа и обнаружил письмо от Генсло, отправленное пять дней назад, и приложенное к нему письмо кембриджского профессора Пикока с просьбой рекомендовать ученого для организованной Адмиралтейством (военно-морским министерством) трехлетней экспедиции к берегам Южной Америки на корабле «Бигль». Задачи экспедиции: составление карт и проверка расчетов широты и долготы, капитан — 26-летний Роберт Фицрой, уже сделавший пять лет назад рейс на «Бигле» к Огненной Земле, архипелагу на крайнем юге Южной Америки. Фицрой считал, что там есть полезные ископаемые, но геолога, чтобы это проверить, в первой экспедиции не было, теперь он нужен, и хорошо бы он был натуралистом широкого профиля, который сумеет собрать диковины и приклеить к ним этикетки. Фицрой попросил чиновника Ф. Бофорта найти такого человека, Бофорт консультировался с Пикоком, тот посоветовал Дженинса, Дженинс отказался, обратились к Генсло, и он рекомендовал Дарвина, как объяснял ему в письме, «не потому, что считаю Вас состоявшимся натуралистом, а потому, что Вы внимательны, наблюдательны и круг Ваших интересов широк». Отплытие 25 сентября, о жалованье Генсло ничего не знал, Пикок же писал: «Адмиралтейство не расположено платить, но, если потребуется, я думаю, они заплатят».
Чарлз заручился поддержкой сестер, пришли к отцу, тот колебался, наутро 30 августа сказал, что ехать нельзя. Парень уже второй раз бросает институт, едет черт знает куда, старший вырос бездельником, теперь этот. Роберт выставил ряд аргументов, вот некоторые, записанные его сыном: «Это дискредитирует мою репутацию как лица, которому предстоит стать священником… Уже предлагали, вероятно, это место многим другим, а раз оно не было никем принято, ясно, что имеются какие-то возражения против корабля или экспедиции… Впоследствии я уже не буду способен вести спокойную жизнь…» Сестры одумались и приняли сторону отца. Но отказ не был категорическим: если Чарлз найдет кого-то, кто убедит Роберта в необходимости поездки, он переменит решение. И, видимо, Роберт догадывался, кто будет этот «кто-то», ибо в тот же день отослал Джосайе Веджвуду отчет о деле; Чарлз же сообщил Пикоку, что отказывается, и 31 августа уехал в Мэр — на следующий день открывалась охота.
Дядя его поддержал, и он тут же написал отцу, прося дать решительный ответ. Джосайя тоже написал Роберту: экспедиция разовьет у юноши привычку к труду; священника из него все равно не выйдет, а быть ему ученым. Утром 1 сентября отправили оба письма, Чарлз пошел на охоту, но через час дядя за ним прислал: время дорого, они сейчас же оба едут в Шрусбери. Дома отец сказал, что доводы шурина его убедили. Чарлз сообщил о согласии Пикоку и Генсло. В тот же день Бофорт писал Фицрою: «Кажется, Пикок нашел Вам подходящего "ученого" — внук м-ра Дарвина, известного философа и поэта, — он полон рвения и готов ехать за собственный счет». Последнее Пикок прибавил от себя: Дарвины-то были уверены, что за работу заплатят. 2 сентября Чарлз поехал в Кембридж, 4-го писал Сюзанне, требуя выслать ему кучу книг и три сачка и выпросить у отца 100 фунтов на покупки, но тут же сообщал, что Фицрой, по слухам, говорит, что такой «ученый» ему не нужен и есть другой кандидат, и теперь не понятно, что делать. Генсло написал Пикоку, что кандидатура Чарлза отпала за ненадобностью, Пикок о других кандидатах не знал. Чарлз метался и 5 сентября поскакал в Лондон искать Фицроя. Оказалось, что конкурент вправду был, но раздумал ехать.