Сам он избегал высказываться на политические темы, но в конце октября 1866-го ввязался в спор. Год назад на Ямайке, губернатором которой был англичанин Э. Эйр, восстали африканцы, захватили столицу, убив и ранив несколько десятков человек, в основном белых. Эйр подавил восстание, 400 мятежников были казнены без суда, сотни подвергнуты телесным наказаниям. В числе убитых был и белый британец Д. Гордон, это вызвало скандал, и Эйра арестовали за убийство Гордона. В 1866-м «дело Эйра» было одним из самых обсуждаемых в Англии. Джон Стюарт Милль организовал Комитет Ямайки, куда вошли либеральные интеллектуалы, включая Хаксли, Тиндаля, Спенсера: они ратовали за осуждение Эйра. Правительство отправило на Ямайку комиссию, та доложила: Эйр чрезмерно применял силу, но был прав. Его освободили, скандал продолжался, Карлейль организовал в пику Комитету Ямайки комитет в защиту Эйра: там оказались Диккенс, Раскин, Теннисон, Кингсли. Гукер не вошел ни в один комитет, но сочувствовал второму. К осени Спенсер завербовал новых сторонников: Уоллеса, Лайеля и Дарвина — тот подписывал соответствующие петиции и сделал денежный взнос.
Политика раскалывает семьи, у Дарвинов до драк не дошло, но ссора была. Газеты сообщили, что Уильям был на обеде, который давали заступники Эйра. Отец возмутился, сын сказал, что газеты ошиблись, отец требовал написать опровержение, сын спустил это на тормозах; через несколько дней, когда семья гостила у Эразма, Уильям иронизировал по поводу Комитета Ямайки — отец выгнал его из-за стола. Уильяму было 27 лет; такое случилось первый раз в его жизни. «Отец набросился на меня почти в ярости, — вспоминал он, — и сказал, что если я думаю так, то должен немедленно покинуть дом. На следующее утро, часов в семь или около того, он вошел в мою спальню, сел ко мне на кровать и сказал, что не мог заснуть оттого, что был так жесток со мной…»
Эйру еще раз предъявили обвинение, но он так и не был осужден. Спор о том, должен ли человек нести уголовную ответственность за убийство подданных, был прямо связан с наукой: все зависело от того, являются ли подданные Homo sapiens. В 1863 году группа ученых во главе с Д. Хантом, отколовшись от лондонского Этнологического общества, основала Антропологическое, считавшее «дикарей» и европейцев разными видами. В его печатном органе утверждалось: «…люди африканского происхождения не имеют свойств нормальных людей»; «произошел ли негр от обезьяны или деградировал от цивилизованного человека, в любом случае он неполноценен». В ответ Хаксли в «Пэлл-Мэл газетт» заявил, что считает негра братом. Дарвину было что сказать по этому поводу, но он воздержался. Одно дело писать монографию, другое — брякнуть в интервью что-то бездоказательное.
Между тем он стал популярен и его просили высказываться обо всем. Фрэнсис: «Он получал много писем от глупых, бесцеремонных людей, но всем отвечал… У него имелась отпечатанная форма письма, которой он намеревался пользоваться для ответа навязчивым корреспондентам, но он едва ли когда-нибудь пользовался ею». Отвечал каждому индивидуально, по возможности учтиво. Той осенью учительница Мэри Бул написала ему, что, по ее мнению, он «установил связь между наукой и религией», но ее друзья говорят, что он враг религии, и она не знает, как быть. Дарвин ответил, что никакой связи он не устанавливал и ничего советовать не берется. «Однако я могу сказать, что всегда предпочитал рассматривать бесчисленные страдания этого мира как неизбежное следствие естественного хода событий, нежели приписывать их прямому вмешательству Бога… Меня огорчает, что мои взгляды смутили Вас… Богословие и наука должны идти каждая своей дорогой, и не моя вина, если окажется, что место их встречи еще далеко впереди». Публично же он не высказывался не только о богословии, но и по научным проблемам, если его мнение не было подкреплено массивом фактов. Но это не значит, что он о них не думал. Думал и о той главной проблеме, что не могла не мучить биолога: как возникла жизнь на Земле?
Господствовала тогда старая, восходящая к первым алхимикам теория «жизненной силы», которая порождает жизнь из неживой материи. Дает ли ее Бог или она откуда-то сама берется — были разные мнения. Но ведь очевидно, что из мусора заводятся мыши и гомункулусы, а из протухшего мяса — личинки мух. Правда, итальянец Ф. Реди еще в XVII веке показал, что если тухлое мясо укрыть от мух, то личинки не появятся: живое родится только от живого. Ладно, пусть для существ, размножающихся половым способом, это так, но микробы (так называли любые микроорганизмы) уж точно возникают из грязи. И даже когда итальянец Л. Спалланцани доказал, что микробы тоже размножаются и что если «грязь», то бишь питательный бульон, где их разводят, закрыть крышкой, микробы не вырастут, сторонников «жизненной силы» это не поколебало: «сила» не сумела поднять крышку и залезть в кастрюлю, потому микробы и не зародились.