Приехал Эразм, помог собираться. Чарлз получил у сотрудника Британского музея Р. Брауна инструкцию по сбору растений, у Роберта Гранта (это была первая их встреча после Эдинбурга; они не переписывались) — по сбору морских животных. 24 октября Эразм сопровождал брата в Плимут. А брат был совсем плох. «При мысли о длительной разлуке с родными и друзьями я падал духом, а погода навевала на меня невыразимую тоску. Помимо того, меня беспокоили сердцебиение и боль в области сердца, и, как это часто бывает с молодыми несведущими людьми, особенно с теми, которые обладают поверхностными медицинскими знаниями, я был убежден, что страдаю сердечной болезнью. Я не стал советоваться с врачами, так как не сомневался, что они признают меня недостаточно здоровым для путешествия, а я решил ехать во что бы то ни стало». Осмотрел каюту, которую предстояло делить с юным штурманом Л ортом Стоксом, — 9 на 11 футов, высота 5 футов (его рост 6 футов), стены заняты полками с багажом, остальное пространство — чертежным столом, койка одна и еще посередине каюты торчит бизань-мачта. Повесил гамак и стал в нем ночевать, чтобы привыкнуть. Купил три десятка записных книжек (в дорогих переплетах, с золочеными карандашами) и начал вести путевой дневник — тоже чтобы привыкнуть. «Занимался барометрами… ходил в церковь и слушал ужасно глупую проповедь… пьяный матрос упал с судна, тело не нашли… приезжал Эразм… ждем попутного ветра…» 10 ноября, в ночь, попытались отплыть. «Волны были высокие, корабль нырял… я страдал ужасно, сплошное страдание, только вой ветра, рев моря, хриплые крики офицеров… это я нескоро забуду». Воротились — мигом забыл, писал, что перенес отплытие легко, «словно мы отправлялись на прогулку во Францию».
Продумал распорядок дня в море: занятия математикой, французским, испанским. (Ничего этого не будет.) Узнал состав экспедиции: 12 офицеров, боцман, 42 матроса, 8 юнг, чертежник, инструментальный мастер, врач, миссионер Мэтьюз, командированный обращать в христианство аборигенов Огненной Земли, и три аборигена, которых Фицрой увез оттуда в прошлую экспедицию: туземцы всё крали, умудрились даже спереть шлюпку, Фицрой взял в заложники троих, включая крошечную девочку, но племя шлюпку не отдало. Он хотел вернуть заложников, но его пленила девочка, обнаружившая способности к английскому языку; он купил за перламутровую пуговицу еще мальчика и привез всех в Англию. Один взрослый туземец умер, остальные цивилизовались, Фицрой просил организовать экспедицию, чтобы отвезти их домой, но Адмиралтейство отказало. Теперь они возвращались: Йорк Минстер, 27 лет, Джемми Баттон («Пуговица»), 14 лет, и Фуэгия Баскет, 9 лет. Предполагали, что они принесут соотечественникам христианство и культуру. Они прибыли на «Бигль» 13 ноября, а 14-го Чарлз впервые провел на судне целый день — показалось даже уютно. 21-го — вторая неудачная попытка отплыть. На Рождество матросы перепились, восьмерых высекли — после этого восторги Чарлза в адрес капитана сильно уменьшились. Утром 27 декабря вышли в море. Накануне Чарлз получил письмо от Фанни, та писала, что «во веки веков не забудет» его, но тон был сестринский, а не страстный. Но ему было уже не до нее. «Я часто подозревал, что еще раскаюсь в своем решении, но не предполагал, насколько сильно…»