«Бигль» останавливался у других островов Зеленого Мыса, начинающий детектив писал, что дни слились в один, так все необычно: баобабы, птицы, негритянские дети — «никогда не видел более смышленых существ», португальские девицы, «одетые с замечательным вкусом». 7 февраля экспедиция направилась в Бразилию. Чарлз — отцу, 8 февраля: «К своему великому удивлению, я нахожу, что корабль на редкость удобное место. Все под рукой, а теснота заставляет быть таким аккуратным, что в конце концов от этого выигрываешь… Я уже начал смотреть на выход в море как на возвращение домой… Я нахожу корабль уютным местом для жизни, и если бы не морская болезнь, то все люди стали бы моряками».
16 февраля стали на дрейф у скал Святого Павла, где геологических загадок не было, растительности тоже, зато нашлись два вида птиц, глупыши и крачки, «смирного нрава, бестолковы». Более поэтично о них сказано в опубликованном варианте «Путешествия»: «Глупыши, сидя на своих примитивных гнездах, поглядывают на человека с глупым, но сердитым видом… Маленькая белоснежная крачка плавно парит у вас над головой и большими черными глазами со спокойным любопытством всматривается в ваше лицо. Не много нужно воображения, чтобы представить себе, что в таком легком и нежном теле живет какой-нибудь блуждающий сказочный дух».
Записи о животных Дарвин делал на протяжении всего плавания: наделял их человеческими чертами, восхищался умом, сердился за «тупость». «Меня очень занимали разнообразные уловки, к которым прибегал один спрут, стараясь остаться незамеченным; он, казалось, понимал, что я подстерегаю его. Некоторое время он лежал без движения, потом, крадучись, точно кошка за мышью, продвигался на дюйм или на два; время от времени он изменял свой цвет; действуя таким образом, он добрался до более глубокого места и тут внезапно рванулся вперед, оставляя за собой густую завесу чернил, чтобы скрыть нору, в которую уполз». «Игуаны тащат хвост по земле, имеют глупый вид. Очень любят кактус; вырывают кактус друг у друга, как собаки». Тукутуко и рейтродон (крыса и хомяк) — «нежные и беззащитные». Островные пауки — «мерзкие». Ящерицы — «тупые». «Туруко… подняв хвост, с необыкновенным проворством перебегает на ходулеобразных ногах от одного куста к другому. Не много нужно воображения, чтобы поверить, что эта птица стыдится себя и сознает, как смешна ее внешность. Так и хочется воскликнуть: "Отвратительно набитое чучело ожило и сбежало из музея!"».
Зверей и птиц требовалось доставить в Англию, живыми держать на маленьком корабле невозможно. Первые два года он стрелял всех подряд. Ах, какие описания охоты оставил Хемингуэй — жажда боя, трепет пронзенного ножом сердца!.. Дарвиновский отчет о встрече с пумой в джунглях выглядел так: «Отдать в починку носки… убил пуму… купить пилюли от кашля». Постепенно он перестал стрелять, ибо «обнаружил, что удовольствие, доставляемое наблюдением и работой мысли, несравненно выше того, которое доставляют техническое умение или спорт. Первобытные инстинкты дикаря постепенно уступали во мне место вкусам цивилизованного человека».
17 февраля пересекли экватор, Чарлз вытерпел раскрашивание и обливание грязью, 20-го осмотрели остров Фернанду-ди-Норонья, 28-го пришвартовались в бразильском порту Баия (Сан-Сальвадор) в заливе Всех Святых. Одинокая прогулка в тропический лес: «Одно желание — выйти в отставку и вечно жить в этом волшебном мире». 18 марта отплыли и две недели делали картографические съемки у островов Аброльйос. Новая загадка: на воде раскидано какое-то сено, моряки его зовут «стружкой». Решил, что сено состоит из цилиндрических зеленых водорослей, и не ошибся. 3 апреля экспедиция прибыла в Рио-де-Жанейро, получили первую почту, Чарлзу были письма от Генсло, Кэтрин и Фанни. Сестра сообщала, что Фанни обручилась со своим знакомым Биддалфом. «Ты можешь быть уверен, что Фанни всегда будет так же расположена и привязана к тебе и так же будет рада тебя видеть, хотя, боюсь, это будет тебе слабым утешением, мой дорогой Чарли». Фанни: «Твои сестры сказали мне, что написали тебе об ужасном и важном событии, которое вскоре случится… И, милый Чарлз, я уверена, что во всем мире нет у меня друга более искренне озабоченного моим благополучием, чем ты, или такого, кто был бы более тебя рад, что я рассчитываю обрести счастье». Под конец жестокая приглашала приезжать к «нам» собирать жуков.