22 февраля «Бигль» вошел в порт Консепсьон, Чарлз высадился на острове Кирикина и обнаружил свежие ракушки на высоких утесах — это значило, что земля только что поднялась, а вода отступила. Вот доказательство поднятия Америки, о каком он и не мечтал; далее записные книжки были посвящены только этой теме. 14 марта он поехал через Анды с проводником и стадом мулов, высокогорье, дышать трудно, но он, выносливый как мул, несмотря на перенесенную болезнь, неудобств не заметил. 25 марта приехал в аргентинский город Мендосу, обнаружил, что растения и окаменелости такие же, как в Патагонии, но отличаются от чилийских, — видимо, Анды являются барьером. 26-го записал, что его укусил бенчука, было противно, но не заболел. 29-го повернул назад, 10 апреля был в Сантьяго, 27-го отправился верхом на север Чили, где в порту Капьяпо его подберет «Бигль». Ехал по тихоокеанскому побережью, скучно, свернул вглубь материка, тоже скучно, ничего не растет, зато есть новые свидетельства того, что земля подымалась: посреди суши целые террасы, сложенные из моллюсков.
5 июля «Бигль» отплыл из Капьяпо, пересек тропик Козерога и 12-го достиг перуанского города Икике. Перу было независимым с 1824 года: сплошные хунты и перевороты. 19 июля «Бигль» вошел в Кальяо, порт вблизи столицы — Лимы. Разруха, грязь, «народ развратный и пьяницы». «Анархия; черный флаг. Разбойники: Vive la Patrial и отдавай пиджак!» Женщины ярки, но не по-человечески, «будто нахожусь среди русалок или других чудесных животных…». Фоксу: «Я желаю возвращения и все же едва смею ожидать его, потому что не знаю, что со мной будет. Завидую тебе: даже мечтать о таком счастье не могу. (Фокс был пастором, счастливо женат. — М. Ч.) Домик, жизнь сельского священника — счастливый идеал. Ты соблазняешь меня рассказами о домашнем очаге. Я не должен думать об этом. На днях увидел парус английского судна и едва не дезертировал. Я забыл, что такое англичанки: что-то ангельское. Здешние женщины — юбки, редко встретишь хорошенькое личико, вот и все». Сюзанне: «Я почти не сходил с корабля последние две недели. Страна в такой анархии, что хуже быть не может. Президент только и делает, что вешает всех, кто нарушает его приказы». 12 августа пришли письма от сестер — встревоженные рассказом о болезни, они умоляли вернуться. Отписал, что здоров.
Фицрой опять, не спросив начальства, сделал покупку — бот «Конститьюшен», и 7 сентября повел экспедицию на северо-запад, к Галапагосским островам. Съемки там проходили с 15 сентября по 20 октября 1835 года, начали с острова Чатем, потом кружили с одного островка на другой. 17 сентября сошли на берег, населенный гигантскими черепахами, они пошли на суп, но пресной воды не было — ее отыскали на острове Чарлза, где была тюрьма для жителей Эквадора (британской колонии). Черепахи там были вроде бы такие же, как на Чатеме, правда, начальник тюрьмы сказал, что любой местный с первого взгляда распознает, какая черепаха с которого острова, но Дарвина это не заинтересовало, он увлекся игрой с ящерицами, не любившими плавать: «Я несколько раз кидал одну из них, стараясь забросить подальше, в глубокую лужу, оставленную отливом, но ящерица неизменно возвращалась прямо к тому месту, где я стоял… Я несколько раз ловил эту же ящерицу, загоняя ее на мыс, и, хотя она умела с совершенством нырять и плавать, ничто не могло заставить ее войти в воду; сколько раз я ни бросал ее в лужу, она неизменно возвращалась описанным манером… исключительно глупое поведение!» На Галапагосах он собрал множество птиц (в том числе 13 разновидностей вьюрков), ящериц и змей, двух черепах приручил — будут жить у него дома.
Распространена легенда, будто Дарвин, увидав галапагосскую фауну, особенно вьюрков, сделал великое открытие. На самом деле он даже не маркировал, какая птичка с какого острова, это сделал Ковингтон. Сам Чарлз продолжал верить в творение каждого вида, о чем свидетельствует рукопись 1835 года «Геологические заметки»: он писал, что животные вымирают, но не делал намека на то, что они могли трансформироваться. У галапагосских вьюрков были толстые клювики, у европейских не такие. Это заметили все, даже Фицрой, записавший: «Все маленькие птицы, которые живут на этих островах, имеют толстые клювы. Это одно из проявлений Высшей Мудрости, благодаря которой каждое сотворенное создание приспособлено к месту, для которого предназначено. При склевывании семян, которые лежат на твердой лаве, превосходство таких клювов по сравнению с более нежными не может, думаю, быть подвергнутым сомнению; впрочем, может быть, имеется и другая цель в том, что они столь сильны». Дарвин с этим не спорил. О вьюрках он записал лишь, что они «приятно щебечут». Он был слишком поглощен геологией.