27 августа: «Должен быть закон, по которому любое животное склонно улучшаться. Говорящие должны лучше говорить, вертикально ходящие должны умнеть… Но рыбы все такие же и даже ниже, чем прежде; старым видам трудно меняться, и потому они вымирают???» 2 сентября: «Вымирание южноамериканских животных — трудность для любой теории, только Бог, как считается, создает и уничтожает без правил. Но что же он делает в этом мире без правил и законов?!» «Мейо хвалит Юелла, потому что он говорит, что продолжительность дня сотворена для удобства сна человека!!! целая вселенная приспособилась!!! а не человек к Планетам — какое высокомерие!!!» Чарлз Белл писал, что мораль человека создана Богом, но он не видел огнеземельцев и новозеландцев, а Чарлз видел. Он прочел Юма, считавшего, что наши чувства такие же, как у всех живых существ, и что самые фундаментальные из них, как, например, любовь к детям, инстинктивны. «Происхождение человека теперь доказано. Тот, кто поймет бабуина, больше сделает для философии, чем Локк».
6 сентября он закончил статью о ступеньках Глен-Роя и продолжал секретные книжки «D» и «М»: «У насекомых самка больше похожа на личинку. Самки птиц похожи на птенцов. Отличие женщины от мужчины? Женщин считают ниже умственно, но кастрация мужчин не снижает их интеллекта… Страсть самки к оленю-победителю, сдирающему кожу с рогов, чтобы драться, похожа на любовь женщин к храбрым мужчинам». Отнес Дженни ветки растений, ей нравились вербена и мята. Показывал ей зеркальце — как отреагирует? Ему показалось, что она смотрела в зеркало искоса и всякий раз старалась взглянуть неожиданно, чтобы застать отражение врасплох. «Она все понимает, что ей говорят, но часто, когда думает, что смотритель не видит, делает что не положено, как ребенок. А потом знает, что поступила плохо, и закрывается руками — страх или стыд?» К Дженни подсадили орангутана-мальчика, тот робел, «лицо его выражало слабость и страдание». Общение не получилось, убрали мальчика. А Чарлз остался с Дженни. Она теребила матрасик, вытаскивая из него соломинки; держала их в руках, не зная, что с ними делать. И вдруг подошла и протянула их ему…
Отчет о путешествии на «Бигле» еще не вышел, но некоторые ученые прочли его в рукописи, хвалили; Чарлз писал Лайелю, что слышать похвалы лестно и странно, он уже успел забыть свою первую книгу. «Я превращаюсь в настоящего кокни, который презирает свежий воздух и любит дышать дымом… Я был в последнее время увлечен праздными — по отношению к геологии — размышлениями о сходстве инстинктов разных видов животных…» Но не сказал учителю, что в число этих животных включает его и себя. Из книжки «М»: «Люди имеют такие инстинкты, как гнев и месть, которые они должны ограничивать… Эти инстинкты, должно быть, когда-то были полезны для выживания, но условия изменились и люди стали жить коллективами. Теперь эти инстинкты медленно исчезают». Сравнил человеческую злобу с копчиком — рудиментом хвоста: она тоже рудимент. «Дьявол в личине бабуина — наш дедушка!!»
О душе он писал больше в «М», а в «D» — о теле: как передаются по наследству признаки родителей? «Каждая частица животного должна заключать в себе структуру целого, которая сама управляет собой, — она знает, как расти, как заживлять раны… Из крохотного эмбриона вырос Ньютон, это считают чудом, — но это из того же класса явлений, что рост кожи на ране…» Писал о половом отборе (именно для этого нужно яркое оперение самцов птиц), о гермафродитизме (тема никуда не привела), о родственных браках: «Слабое влечение, когда близкие родственники… Как будто все живое стремится отбросить себя и измениться как можно сильнее». Книжка «М» закончилась записью: «Сознание собаки не такое же, как у человека, потому что первоначальные инстинкты разные. Человек задумывается больше над своими действиями, и его сознание тоньше. Но разница только количественная, а не качественная», началась «N»: «Любое животное с социальными инстинктами приобретет мораль».