Следующую упомянутую Дарвином «трудность теории» мы уже разбирали — как образовался глаз. Он привел также пример с белками: «Не вижу трудности, особенно при меняющихся условиях, в том, чтобы сохранялись особи со все более развитыми боковыми перепонками, что каждая модификация в этом направлении полезна и получала распространение до тех пор, пока кумулированием результатов процесса естественного отбора не образовалась бы вполне совершенная летучая белка». Сейчас родословная летяг изучена: они «отпочковались» от предковой белки 20 миллионов лет назад.
Тем из нас, кто знаком с дарвиновскими трудами «более-менее», привычно шестое издание «Происхождения видов», где за «Трудностями» идет глава «Возражения». В первом варианте ее не было, а сразу шла глава «Инстинкты». До сих пор автор говорил о телах животных, теперь — о том, что у них «в голове». Опять начал с домашних: почтенные сквайры, священники и лорды знают, что охотничьи собаки передают по наследству инстинкты, например умение делать стойку. Значит, могут передавать и дикие. Все так же, как с физиологией: по неизвестным (пока) причинам какие-то особи рождаются с какими-то особенностями поведения, и, если они полезны, отбор закрепит их. «Отдаленный предок нашей европейской кукушки… случайно откладывал яйцо в гнездо другой птицы. Если благодаря этой случайной повадке старая птица приобретала преимущество в том отношении, что могла раньше улететь, или в другом отношении, или если молодая птица… могла развиваться более сильной по сравнению с выкормленными своей собственной матерью, которая обременена одновременными заботами о яйцах и птенцах разного возраста, то и старые птицы, и птенцы приобрели бы преимущество… Выкормленные таким образом птенцы благодаря наследственности способны усвоить редкую и уклоняющуюся привычку своей матери и в свою очередь откладывать яйца в чужие гнезда». Поведение животных имеет такое же естественное происхождение, как их физиология, и это не только научный подход, но и моральный: «Мне кажется гораздо более удовлетворительной мысль, что такие инстинкты, как инстинкт молодой кукушки, выбрасывающей своих сводных братьев, инстинкт личинок наездников, питающихся внутри живого тела гусеницы, представляют собой не специально дарованные или сотворенные инстинкты».
Дальше шла глава о бесплодных гибридах, которую Дарвин будет беспрестанно редактировать, следующие несколько глав он посвятил геологии с географией, посетовав на «неполноту геологической летописи» и предсказав, что она будет заполняться. Ученые, включая Гукера, которого не убедили рыбы, глотающие семена, считали, что миграция с материка на материк невозможна: может, все-таки допустить, что живые существа появились на разных континентах независимо друг от друга? Это же не противоречит ни закону естественного отбора, ни дивергенции, ни естественному происхождению видов, просто предок у всего живого был не один, а много (так считал Уоллес). Но Дарвин, не предвидя рождения сравнительной геномики, которая опровергнет эту идею, уступки ей все же не сделал: «Каждый вид образовался первоначально только в одной области и впоследствии мигрировал так далеко, как это ему позволили его способности к миграции». Миллионы лет назад планета выглядела не так как сейчас, были способы перемещаться, ледниковый период Дарвина больше не смущал, напротив: образовывались перешейки, по которым странствовало население древней Земли. (Так и было, причем ледниковых периодов было несколько; установили, например, что куропатка, не умеющая летать, два миллиона лет назад по льду притопала в Японию.)