В 1987 г. на встрече с Абу Нидалем в Алжире Абу Айяд заявил ему, что подозревает Израиль в манипулировании его организацией. Ответ Абу Нидаля его изумил: «Да, ты прав. В прошлом Израиль внедрял к нам своих людей. Я узнал это от тунисских и марокканских членов организации… Но позволь сказать тебе, что вербовать во Франции североафриканских агентов Израиля я отправляю собственных североафриканских сотрудников — тех, кому действительно доверяю. Поток развединформации иногда идёт мне на пользу» (с. 175). Абу Айяд был убеждён, что собеседник по сути признал факт сотрудничества с Моссадом.
К 1990‑м гт. организация Абу Нидаля состояла из нескольких исполнительных отделов и комитетов, которые занимались повседневной работой. Надзор за ними осуществляли три центральных института: немногочисленное Политическое бюро, несколько более крупный Центральный комитет в составе около 20 человек и ещё более крупный Революционный совет. Каждым отделом и комитетом управлял один из членов Политбюро или ЦК. Основными подразделениями организации выступали секретариат, отдел разведки, организационный отдел, комитет членства, политический и финансовый отделы, комитет революционной справедливости, технический и научный комитеты, а также Народная армия.
Свою организацию Абу Нидаль контролировал через секретариат, которым управлял сам и который держал его в курсе всего. Секретариат служил главным образом центром связи. В Сидоне и ливийском Триполи располагались архивы секретариата, где работали по пять человек (с. 181). Их задачей было собирать информацию и снабжать ею руководителя.
В начале 1990‑х гг. секретариат возглавлял Сулейман Самрин (доктор Гасан аль-Али), которого французы подозревали в работе на Моссад. Он родился в деревне на Западном берегу в 1946 г., получил степени бакалавра и магистра по химии в Британии, женился на англичанке, а в 1970 г. уехал в Бейрут, чтобы работать на ФАТХ. В организации Абу Нидаля доктор Гасан имел звание первого секретаря Центрального комитета, отличался энергичностью и сильно пил. Он читал марксистскую экономическую литературу и обсуждал мировые события в её терминах. Он же редактировал внутренний журнал организации «Ат — Тарик» («Путь»). На Абу Нидаля он имел большое влияние и считал себя его преемником. Несмотря на свою власть, доктор Гасан был весьма непопулярен, так как держался особняком и коллег не уважал. Однако перед руководителем заискивал.
После разрыва Абу Нидаля с ФАТХ в 1974 г. его «специальные операции» находились в руках военного комитета, личности членов которого держались втайне. Абу Нидаль даже ввёл строгие ограничения на их контакты друг с другом. В середине 1980‑х гг. эту структуру тоже возглавлял доктор Гасан, который и организовал большинство терактов в эти годы. В 1985 г. её преобразовали в отдел разведки. С самого начала он был важнейшим во всей организации: занимался внедрением агентов за рубежом, создавал схроны оружия, собирал сведения о потенциальных мишенях, осуществлял убийства. Отдел содержал за рубежом 30–40 «резидентов», которые были ответственны за десятки схронов; крупнейший находился, вероятно, в Турции (с. 186). Возглавлял отдел Абд — ур — Рахман Иса, тоже уроженец Западного берега; Абу Нидаль встретил его в 1960‑е гг. в Иордании. Весь мир Иса рассматривал сквозь призму заговоров и тайных операций. Однако в середине 1980‑х гг. он допустил роковую ошибку, тесно связавшись с такими людьми, как Абу Низар (тогда — заместитель Абу Нидаля) и Атиф Абу Бакр, идеолог — реформатор, который посчитал, что организации пора выйти из подполья. Переехав летом 1987 г. в Ливию, Абу Нидаль сместил Ису, публично унизил его и даже велел относиться к нему с особым презрением. Место Исы заняли Мустафа Авад (кодовое имя Алаа), который возглавил Ливанский комитет отдела разведки, и Али аль-Фарра (кодовое имя доктор Камал), который обосновался в Ливии и взял под своё начало три основных комитета отдела — особых миссий, внешней разведки и контршпионажа.
Организационный отдел занимался вербовкой, учил новых членов правилам и философии организации и готовил их к работе. Однако Абу Нидаль постоянно перетасовывал его, так как считал его начальников шпионами враждебных держав. Отдел делился на три комитета — зарубежных стран, арабских стран и Палестины/Иордании. Первый вербовал палестинских студентов в иностранных учебных заведениях, которые и составляли основу организации. Одни из них присоединялись к Абу Нидалю из нужды в деньгах; другие были фанатиками, и их привлекали его политические взгляды. Если ФАТХ выделял своим студентам в Восточной Европе на учёбу 50 долларов в месяц, Абу Нидаль давал 500, и никто не мог с ним конкурировать (с. 192). В Западной Европе он был ещё успешнее, так как мог позволить себе оплачивать все расходы студентов. Так, в Испании он построил крепкую организацию, переманив большинство студентов ФАТХ. Правда, в 1980‑е гг. в нескольких странах, где орудовал Абу Нидаль, произошли перемены: в Испании его организацию разгромили после убийства отступника; в Британии после попытки убить израильского посла Абу Нидалю стало трудно сохранять хоть какое — то присутствие; сильный удар организация получила и в Турции после убийства иорданского дипломата в 1985 г. По мере того как операции в Европе становились всё труднее, организация смещала фокус деятельности в Юго — Восточную Азию, Индию, в меньшей степени — Латинскую Америку и ряд стран Африки. Такие отдалённые операции не имели общего с палестинским делом вовсе. К этому времени Абу Нидаль погрузился в рэкет. Комитеты арабских стран и Палестины/Иордании были слабее, внимание террориста к этим странам было меньшим. Показательно, что в 1974–1990 гт. военной деятельности на оккупированных территориях он вообще не вёл. В конце 1980‑х гг. Абу Нидаль сместил начальника организационного отдела Абу Низара и заменил его мужем племянницы своей жены по имени Исам Марака (кодовое имя Салим Ахмад). Последний стал заместителем террориста.