Когда в 1989 г. из организации сбежал Абд — ур — Рахман Иса, он публично заявил, что 17 лет ему лгали: казнить людей ему приходилось на основании пустой папки. (Абу Нидаль вызывал его, заявлял, что такой — то член организации — подозреваемый, и клал на стол папку, но не открывал её; не открывал её и Иса, так как верил руководителю на слово.) Однако, молчаливо соглашаясь на такие методы, подобные Исе люди подписывали смертный приговор и себе. Вскоре он сделался мишенью сам.
С годами проливаемая Абу Нидалем кровь полилась потоком. В 1970‑е гг. были убиты десятки людей. В 1980‑е — уже сотни и более (включая женщин и студентов). К 1986–1987 гг. избиения и пытки в тюрьмах организации стали обычным делом. По словам очевидцев, следователи, похоже, не заботились о поисках истины. Приговоры выносились на основе признаний. Все эти убийства были только прелюдией к кровавой оргии в Ливане и Ливии. Началась она в ноябре 1987 г. и продолжалась до конца 1988 г., когда Абу Нидаль, столкнувшись с противодействием коллег, счёл за лучшее остановиться. За это время он перебил около 600 членов собственной организации, что составляло от трети до половины их числа (с. 288). Почти столько же палестинцев перебил Израиль в первые три года интифады. Главным образом это было делом рук команды из четырёх человек в Ливане в составе Сандуки, Мараки, доктора Гасана и Алаа. Всего за одну ночь в ноябре 1987 г. эти четверо убили 171 человека по ложному обвинению в шпионаже на Иорданию (с. 288) Их выстроили со связанными руками перед рвом и расстреляли из пулемёта. После этого около 120 членов организации бежали из Народной армии и укрылись в долине Бекаа у командира НФОП Абу Ахмада Фуада, которого Абу Нидаль тут же тоже обвинил в работе на Иорданию, а заодно в союзе с Арафатом и американцами. Тех, кого он не мог ликвидировать в Ливане, он перевёл в Ливию и уничтожил там. Так, 165 человек были присланы под предлогом отправки в Чад сражаться вместе с ливийцами в пограничном споре; их перебили и похоронили в общих могилах (с. 289).
«Чем объяснить большую мясорубку 1987–1988 гг.? Если Абу Айяд и другие правы, эту чистку мог спровоцировать Моссад. Однако, как обычно с такими загадками, объяснение крылось и в собственной организации Абу Нидаля. Ведь, как мы видели, он чувствовал, что организация выходит из — под контроля. И всё же одно объяснение не обязательно исключает другое» (с. 293).
Стремясь восстановить контроль, Абу Нидаль в 1985–1987 гг. провёл ряд мер: передал право подписи на банковских счетах организации от Абу Низара и Абд — ур — Рахмана Исы членам своей семьи; сместил Абу Низара с поста своего заместителя и заменил его Исамом Маракой; обеспечил изгнание организации из Сирии в июне 1987 г. с помощью терактов в Риме, Вене, Карачи и Стамбуле; разделил организацию между Ливаном и Ливией; сместил Ису с поста начальника отдела разведки. Кульминацией стала резня офицеров и рядовых Народной армии.
Имело ли основания обвинение Абу Нидалем коллег в заговоре с целью свергнуть его? Определённо то, что с 1985 г. они стали оказывать ему больше сопротивления. Люди, управлявшие организацией в ходе его длительных отъездов в Польшу, укрепили организацию в Сирии, расширили её в Ливане и воевали в «войне лагерей», были недовольны попытками Абу Нидаля вернуть организацию в подполье. К тому же они считали, что пришло время дистанцироваться от терроризма, и требовали голоса в выработке политики. Подобно Хабашу или Джибрилю, они хотели присоединиться к борьбе с Израилем, который по — прежнему оккупировал значительную часть Южного Ливана. В проблемах Абу Нидаль винил новых людей, которые в 1985 г. перешли в руководство организации из ФАТХ, главным образом — Атифа Абу Бакра, идеолога новой «националистической» тенденции. «Таким образом, тлевший в 1985–1987 гг. спор касался власти, денег, операций, идеологической ориентации, отношений с другими группировками и принятия решений. Вызов так и не был брошен, но его, вероятно, хватило, чтобы Абу Нидаль опасался, что коллеги могут однажды использовать свои войска для его свержения и, возможно, с сирийской помощью захватить организацию» (с. 296).
В мае — июне 1988 г. Атиф Абу Бакр начал обращаться к членам Политбюро и Центрального комитета, требуя назначить комиссию расследования убийств. Более того, он пытался заручиться поддержкой Абу Низара. который был ещё достаточно силён и популярен, чтобы изменить направление движения. Роковую тактическую ошибку эти двое совершили, тайно встретившись в октябре 1988 г. в Алжире с Абу Айядом. Через несколько недель Абу Низар был подвергнут пыткам и убит в одном из домов на окраине Триполи, которые Каддафи отдал в распоряжение Абу Нидаля Террорист полгода скрывал исчезновение соратника, говоря, что тот отправлен в Ливан, а параллельно возводил на него обвинения в растрате средств. Затем с организацией порвал Атиф Абу Бакр.