После войны британцы надеялись преградить экспансию России не только на Ближний Восток, но и в Среднюю Азию. Однако эффект оказался противоположным. В 1858 г. Александр II отправил графа Николая Игнатьева с миссией в Среднюю Азию. Игнатьев должен был выяснить степень политического и торгового проникновения в этот регион Британии, установить регулярные торговые связи с Хивой и Бухарой и собрать максимум сведений об обороноспособности ханств и судоходности Амударьи. Хивинский хан принял подарки, но категорически отказался пропускать русские суда по Амударье в Бухару. Проехав туда по суше, Игнатьев добился большего, так как Насрулла воевал со своим восточным соседом ханом Коканда.
Назначенный в награду директором Азиатского департамента МИД, Игнатьев стал одним из «ястребов» в правящих кругах России. Другими были военный министр граф Дмитрий Милютин, генерал-губернатор Восточной Сибири граф Николай Муравьёв и наместник Кавказа князь Александр Барятинский. Им противостояли «голуби», стоявшие против курса продвижения в Средней Азии: министр финансов Михаил Рейтерн и министр иностранных дел князь Александр Горчаков. «Ястребы» победили.
В 1864 г. русские заняли несколько небольших городов на севере Коканда. Хан отправил посланца в Индию просить военной помощи. Однако после краха в Кабуле и казни Стоддарта и Конолли британцы стали руководствоваться в Центральной Азии доктриной, вошедшей в историю как «искусное бездействие». Пограничная деятельность, включая картографирование и строительство стратегических дорог, ограничивалась сопредельными с Индией районами — в надежде, что русские проявят такую же сдержанность.
Однако в 1865 г. генерал-майор Михаил Черняев без приказа из Петербурга, но зная, что победителей не судят, отбил у Кокандского ханства Ташкент. После победы он постарался заручиться поддержкой населения: заверил, что позволит старейшинам управлять городскими делами как прежде и не станет вмешиваться в религиозную жизнь; зная недовольство населения высокими налогами в пользу хана, провёл популярную меру — на год освободил население от налогов. Великодушие Черняева привлекло к русским многих из тех, кто прежде смотрел на них враждебно. Как он и ожидал, в Петербурге простили неповиновение и щедро наградили победителей. Лондон, конечно, протестовал, но всерьёз не ожидал, что Россия покинет Ташкент. Было образовано Туркестанское генерал-губернаторство. Первым генерал-губернатором был назначен ветеран Кавказской войны генерал Константин Кауфман — блестящий военный, получивший от Александра чрезвычайные полномочия. Он стал главным архитектором Российской империи в Средней Азии.
К смятению «ястребов» в Лондоне и Калькутте реакция британского правительства, прессы и общества на всё это была удивительно сдержанной. Русофобы так часто кричали «Волки, волки!», что не могли больше ждать поддержки. В 1865 г. ветеран Большой Игры, член парламента от консерваторов сэр Генри Роулинсон в статье в журнале «Quarterly Review» проанализировал положение Британии и России в Азии, указав, что со времён Уилсона и Макнилла оно кардинально изменилось. Причины британской апатии он объяснял памятью об афганской катастрофе и распространённым убеждением, что помешать аннексии Россией среднеазиатских ханств всё равно невозможно.
Роулинсону и другим «ястребам» противостоял кабинет вигов во главе с лордом Расселлом, которого поддерживал вице-король Индии сэр Джон Лоуренс. Последний считал, что Афганистана на пути возможной русской армии достаточно: она потерпит там такое же поражение от племён, как британцы в 1842 г. Между тем с приездом в Туркестан Кауфмана дни независимых ханств были сочтены.
Несмотря на заверения Горчакова, их включение в Российскую империю было главной целью генерал-губернатора. В России опасались, что британцы монополизируют торговлю региона. Русские купцы и фабриканты давно положили глаз на рынки и ресурсы Средней Азии. Был и вопрос имперской гордости: блокированная в Европе и на Ближнем Востоке, Россия была намерена продемонстрировать воинскую доблесть завоеваниями в Азии (почти повсеместно тем же занимались другие европейские державы). Наконец свою роль играл и стратегический фактор: как Балтика в случае конфликта с Британией была Ахиллесовой пятой России, так Индия была Ахиллесовой пятой Британии. Базы в Средней Азии резко усиливали сделочную позицию России.