Между тем в отношениях Британии и России вновь наступило ухудшение. В 1875 г. на Балканах вспыхнуло восстание против османского владычества, турки вырезали 12 тыс. болгар, русская армия вновь перевалила через Балканы. Королева Виктория призвала Дизраэли действовать, и тот прислал в Дарданеллы эскадру.
Предусмотрев возможность войны, генерал-губернатор Туркестана Кауфман собрал 30-тысячную армию — крупнейшую, которую когда-либо собирала Россия в Средней Азии. Одновременно он отправил генерал-майора Николая Столетова с миссией в Кабул — в случае войны заручиться сотрудничеством афганцев.
Вице-король Литтон был взбешён появлением в Кабуле русской миссии и направил в Афганистан свою миссию, но афганцы не пустили её в Хайберский проход. В Лондоне решили предъявить Шер Али-хану ультиматум: если он до заката 20 ноября не извинится, начнутся военные действия. Когда ответа не последовало, в Афганистан вошли три колонны британских войск (письмо амира не успело дойти, хотя в нём он согласился принять британскую миссию). Литтон был полон решимости преподать Афганистану урок и показать Петербургу, что Британия не потерпит в этой стране конкурентов.
Шер Али обратился к Кауфману за военной помощью, но тот отговорился зимними условиями и советовал помириться с британцами. Амир в отчаянии решил ехать в Петербург просить самого царя и другие европейские державы, но в Русский Туркестан его не пустили. Сломленный духом и с подорванным здоровьем, Шер Али в феврале 1879 г. умер в Балхе. Его сын Якуб-хан предпочёл договориться с захватчиками. В мае он к неудовольствию большинства подданных подписал с британцами Гандамакский договор. По этому договору в Кабуле учреждалась постоянная британская миссия — первая со времени убийства Бёрнса и Макнатена в 1841 г. Её возглавлял сэр Луи Каваньяри. Афганистан позволял Британии контролировать свою внешнюю политику и уступил ей ряд сопредельных с Индией территорий, включая Хайберский проход. За это амир получил гарантию защиты от России и Ирана, а также ежегодную субсидию в 60 тыс. ф. ст.[24] В Лондоне и Калькутте многие поздравляли себя. Однако не все смотрели на сделку с амиром оптимистично, помня опыт 40-летней давности.
Британская миссия в составе Каваньяри, секретаря и военного хирурга в сопровождении охраны прибыла в афганскую столицу в июле 1879 г. Её разместили в крепости Бала Хисар недалеко от дворца амира. Несколько недель всё шло хорошо, хотя Каваньяри сообщил в Индию, что из Герата в Кабул прибыло большое количество афганских войск. 2 сентября он прислал телеграмму, которая заканчивалась словами: «Всё в порядке». Больше от миссии ничего не слышали.
Произошло то, о чём предостерегал Лоуренс. Вернувшимся в Кабул полкам амира задолжали жалованье за 4 месяца. Якуб-хан выдал им деньги всего за месяц, а остальное они решили получить от Каваньяри: было известно, что в резиденции британского посланника имеются средства. Получив отказ, солдаты пытались проникнуть в резиденцию, но их встретили выстрелами. Афганцы атаковали здание, которое не было приспособлено к обороне. В ходе многочасового боя все защитники резиденции были перебиты.
В Афганистан вновь вступил генерал Фредерик Робертс, который в 1878 г. командовал одной из трёх колонн. Якуб-хан пытался заверить его, что наведёт порядок, но Робертс настоял, что его долг — помочь его высочеству наказать виновников. Он вошёл в Кабул и провёл массовые казни, Якуб-хан был свергнут. К Кабулу с трёх сторон начали стягиваться отряды племён. Казалось, повторяется мрачная для британцев ситуация конца 1841 г.
Однако в отличие от некомпетентного генерала Элфинстона Робертс был блестящим командующим, у него было больше войска (6,5 тыс. человек) и современное вооружение — заряжающиеся с казённой части винтовки, 2 пулемёта Гатлинга, 12 полевых и 8 горных пушек. Утром 23 декабря 1879 г. афганцы совершили массированное нападение, но благодаря шпиону Робертс точно знал час и место атаки. Афганцы были наголову разбиты, потеряв не менее 3 тыс. человек (британцы — всего 5)[25]. Однако в стране по-прежнему не было правителя, а британская оккупация продолжала вызывать раздражение.
Между тем Кауфман выпустил из Самарканда племянника Шер Али-хана — Абд-ур-Рахмана, который за 12 лет до этого бежал в Туркестан и жил на русскую пенсию. Целью Кауфмана было противопоставить британцам афганского лидера, который организует сопротивление им, а после победы станет зависимым от России правителем. Однако британцы переиграли Кауфмана. Понимая, что Абд-ур-Рахман не столько прорусский или антибританский, сколько проафганский лидер, они договорились с ним, предложив ему трон сами. Было заключено соглашение: британцы уходят из Кабула, оставляя своим единственным представителем здесь агента-мусульманина; Абд-ур-Рахман обязался не поддерживать сношений с внешними державами, кроме Британии, а она — не вмешиваться в его внутренние дела. В июле 1880 г. новый амир въехал в столицу и оказался способным правителем и надёжным союзником британцев.