Обведя вокруг пальца чекистских агентов, Бэйли провёл 14 месяцев в бегах, что позднее описал в книге «Миссия в Ташкент». После его исчезновения большевики устроили в городе облаву. Бэйли намеренно пустил слух, будто движется к границе, надеясь перебраться в Кашгар. Не поймав его, ЧК успокоилась, сделав вывод, что либо Бэйли скрылся, либо его устранили немцы. Свидетельство в пользу второго предположения видели в том, что он исчез без своей зубной щётки. По мнению большевиков, англичане так не поступают (на деле у Бэйли была запасная).
Всё это время Бэйли оставался в Ташкенте, под боком у преследователей. Его приютила семья Лебедевых, пряча в подполе. Ташкент он покинул за 6 дней до перемирия 1918 г., управляя телегой с соломой и по-прежнему одетый в серую австро-венгерскую форму. Целью Бэйли было выяснить, какую помощь может получить Мэллесон от антибольшевистских сил в Средней Азии (он не знал, что британские части уже вернулись в Иран). Бэйли был убеждён, что большевики вскоре станут угрожать Индии, но понимал, что их власть в Средней Азии пока весьма хрупкая и этим надо воспользоваться[69]. Правда, не имея сообщения с Дели или Лондоном, Бэйли мог лишь догадываться о политике своего правительства в отношении большевиков. Чёткой политики тогда по сути не было. Победа Мэллесона под Ашхабадом и высадка британских войск в Архангельске, казалось, подтверждали интервенционистские намерения Британии.
Выбравшись из Ташкента, Бэйли укрылся на пасеке в Ферганской долине. Поэтому вопреки утверждениям советских историков, будто он сыграл ключевую роль в антибольшевистском восстании комиссара Осипова в Ташкенте января 1919 г., на момент восстания его в городе не было. Вместе с тем установлено, что Бэйли снабжал деньгами участника этого восстания, геолога и этнографа Павла Назарова. В архиве министерства по делам Индии сохранилась записка Бэйли с просьбой британскому консулу в Кашгаре полковнику П. Этертону передать агенту Назарова 200 тыс. рупий (15 тыс. ф. ст.)[70]. Однако после подавления восстания Бэйли сумел пробраться в Ташкент и, найдя возможность передавать информацию с помощью тайных курьеров, стал отправлять подробные отчёты о происходящем в Средней Азии (написанные невидимыми чернилами и с помощью шифра) Этертону в Кашгар и Мэллесону в Мешхед. Правда, большевики этих курьеров обычно ловили.
Что касается Мэллесона, то и в Мешхеде он не сидел сложа руки, а следил за перемещениями тайных эмиссаров между Кабулом и Ташкентом. «Не слишком приятный человек, Мэллесон был бесспорным мастером грязной стороны разведывательной деятельности и знатоком пограничной политики»[71]. Он немало поработал над тем, чтобы расстроить намечавшийся союз большевиков и афганцев. В речи перед Королевским центрально-азиатским обществом в 1922 г. он рассказал: «Благодаря многочисленным агентам в обоих лагерях, имея весьма точное представление о происходящем и о том, как эти две заинтересованные стороны стремятся получше обмануть друг друга, мы занялись тем, что неофициально информировали каждую сторону о предательстве другой. Примерно в это время афганцы, услышав о серьёзном и перспективном антибольшевистском восстании в Фергане, были достаточно неосторожны, чтобы отправить лидерам повстанцев специальных посланцев с письмами и подарками. Мы посчитали своим долгом довести информацию об этом до большевиков»[72]. В немалой степени благодаря усилиям агентуры Мэллесона большевики прекратили обещанные афганскому амиру Аманулле поставки денег и оружия, подозревая, что тот разжигает в Средней Азии масштабное панисламское восстание против них (основания для подозрений имелись).
Выбираясь из Средней Азии, Бэйли проявил почти невероятную смелость. От работавшего в ЧК серба Мандича он узнал, что большевики напуганы слухами, будто войска бухарского эмира обучают британские офицеры и в Бухаре даже стоит индийский полк. Большевики отправили в Бухару одного за другим 15 шпионов, но всех их задушила тайная полиция эмира. Бэйли вызвался стать 16-м, и Мандич убедил начальника разведки Дункова, что в Бухару готов отправиться один его албанский друг (за которого выдал себя Бэйли). Последнему вместе с Мандичем, его женой и ещё группой лиц удалось добраться до Бухары, а затем после стычки с красноармейским патрулём пересечь иранскую границу.