В конце 1939 года В.Ф. Войно-Ясенецкий был отправлен в ссылку в Сибирь, а Г.Н. Шуппе вскоре был освобожден из тюрьмы, но затем вновь арестован. В 1942 году он все же наконец получил долгожданную свободу и смог вернуться на преподавательскую работу на Артиллерийские курсы и в Среднеазиатский государственный университет. Но это была уже совсем другая эпоха.
Сразу после начала войны Ташкент превратился в один из самых крупных центров эвакуации; туда устремились беженцы из оккупированных территорий, город принял покинувшую из-за блокады и бомбежек ленинградскую и московскую интеллигенцию. Несмотря на всю тяжесть военного времени, Г.Н. Шуппе жил по сравнению с большинством эвакуированных в привилегированных условиях: это был его город, где имелось собственное жилье и любимая работа.
Парадоксально, но именно здесь, в Ташкенте, в тяжелое военное время Г.Н. Шуппе окунулся в привычную культурную среду, познакомился с А.А. Ахматовой, с Н.Я. Мандельштам и многими другими эвакуированными писателями, художниками, артистами.
По словам Г.Н. Шуппе, это было время, когда он работал на износ, зачастую читал лекции по шесть часов в день, не имея возможности очнуться и прийти в себя. В 1943 году он защитил кандидатскую диссертацию по эмиссионной электронике и выпустил две книги: «Важнейшие приложения оптики в военном деле. Дополнительный материал по оптике к стандартному учебнику физики профессора И.И. Соколова “Курс физики”. Ч. 3» (Ташкент, 1943) и «Задачи по механике с оборонной тематикой» (Ташкент, 1943).
В 1943 году в Ташкент приехала большáя часть профессоров и преподавателей Ленинградского политехнического института. Среди них оказалось немало знакомых, друзей, товарищей по работе. Вместе с ними и сотрудниками других физических институтов Г.Н. Шуппе организует в Ташкенте и других городах Средней Азии новые учебные и исследовательские институты и лаборатории, создает кафедры электрофизики, оптики, физической электроники в Среднеазиатском государственном университете.
Эта деятельность была продолжена и по окончании войны. Г.Н. Шуппе по праву называют основателем научной школы физической электроники в Узбекистане. В 1959 году он защитил в МГУ докторскую диссертацию «Электронная эмиссия металлических кристаллов».
В то время многие известные ученые были репрессированы и после отбытия лагерного срока не имели возможности вернуться к научной работе. Георгий Николаевич не раз пытался помочь им, и иногда эти попытки завершались успехом.
Так продолжалось до ташкентского землетрясения 1966 года, когда был разрушен почти весь город, в том числе и здание университета. Г.Н. Шуппе вновь предложили переехать в Москву или в Ленинград, но он отказался и в конце концов выбрал местом жительства Рязань, где как раз открывалась кафедра физической электроники в Радиотехническом институте. К этому времени Георгий Николаевич был уже давно вторично женат, имел двоих детей: сына Николая и дочь Ирину.
В письме к В.А. Власову от 28 октября 1966 года Г.Н. Шуппе пишет:
Вася!
Я переехал 17 октября в Рязань (от Москвы отказался). Живу пока в гостинице, Madame и Mademoiselle еще в Ташкенте (собираются). Работаю на одном объекте Министерства электронной промышленности и в Радиотехническом институте.
Квартиру получил (бывшая квартира в военные годы Ванды Василевской и Корнейчука — вот гадость!). Квартира на втором этаже в сталинском доме почти совсем хорошая (пятикомнатная). Однако после выселенных (вернее, переселенных) семей двух полковников, живших в ней, все перекрашиваю, переделываю, etc.[62]
Наступили самые благополучные и самые успешные в творческом отношении годы жизни Г.Н. Шуппе.
В письме Б.Д. Сурису от 21.06.1980 г.[63] он пишет:
У меня очень много своих дел: лекции, аспиранты, разные «ученые» советы в Рязани и в Москве (в АН СССР), исследовательская и литературная работа по специальности (электротехнике) и пр.; я связан консультациями с Москвой, Ленинградом, Ташкентом, Алма-Атой, куда часто выезжаю. Со всеми этими делами я едва справляюсь (плохо справляюсь!).