Когда Жданов в 1948 году умер, Попов потребовал, чтобы министры, как члены партии, подчинялись ему, как главе Московского комитета партии. Маленков, стремясь убрать Попова, интерпретировал это его требование как свидетельство заговора и появления независимого центра власти в Московской парторганизации. Конечно, можно оспорить эту оценку, но Маленков был не одинок. Мнение Маленкова было поддержано министрами, которые жаловались Сталину, что Попов постоянно вмешивался в их работу. По сути, Жданов и Кузнецов осуществляли двойной контроль над членами правительства: через Попова и через Центральный Комитет (нечто подобное пытался сделать Ельцин, став секретарем Московского комитета партии. В этом одна из причин его конфликта с аппаратом ЦК). Такие вещи в те годы вполне могли быть интерпретированы как попытка раскола компартии с помощью организации оппозиционного центра в Ленинграде.
Вот выдержка из письма Политбюро членам ЦК ВКП(б): «В настоящее время можно считать установленным, что в верхушке бывшего ленинградского руководства уже длительное время сложилась враждебная партии группа, в которую входили Кузнецов А., Попков, Капустин, Соловьев, Вербицкий, Лазуткин. В начале войны и особенно во время блокады Ленинграда группа Кузнецова, перетрусив и окончательно растерявшись перед сложившимися трудностями, не верила в возможность победы над немцами. Группа Кузнецова вынашивала замыслы овладения руководящими постами в партии и государстве. Во вражеской группе Кузнецова неоднократно обсуждался и подготовлялся вопрос о переносе столицы РСФСР из Москвы в Ленинград».
Скоре всего, именно перевод Кузнецова в Москву привел к консолидации в верхнем эшелоне власти ленинградской группы, в которую вошли секретарь ЦК Жданов, председатель Госплана Вознесенский, первый секретарь Ленинградского обкома партии Попков и примыкавший к ним Председатель Совета Министров РСФСР Родионов.
Став секретарем ЦК, курирующим органы государственной безопасности, Алексей Кузнецов использовал свои возможности и для укрепления позиций в медицинской сфере. С подачи Кузнецова лечебно-санитарное управление Кремля возглавил его ставленник доктор Егоров, впоследствии один из фигурантов «Дела врачей». Более того, через Егорова сам Кузнецов, а через Кузнецова — Жданов пытались контролировать не только процесс лечения кремлевский вождей, но и их охрану и жизнеобеспечение.
Пытались «ленинградцы» вмешиваться и в оперативную работу органов госбезопасности. Так, Кузнецов в обход министра Абакумова пытался вызывать к себе в ЦК на отчет руководителей различных подразделений, инспирировать пересмотр старых дел (в том числе убийства Кирова) и непосредственно через партком МГБ влиять на кадровую политику. Чем бы кончилось противостояние «ленинградцев» и «старой гвардии», неизвестно, но летом 1948 года у Жданова начались проблемы с сердцем, и он был отправлен лечиться на Валдай. Там ему стало плохо, и на валдайскую дачу прибыли бывшие соратники Жданова по Ленинграду Кузнецов и Вознесенский и группа кремлевских врачей. Спасти высокопоставленного пациента не удалось, а впоследствии стало ясно, что смерть Жданова наступила из-за неправильного лечения. Разумеется, речь шла не о злом умысле, а о врачебной ошибке, от которой никто не застрахован.
Однако проводить расследование гибели Жданова по горячим следам не стали. По согласованию с Кузнецовым доктор Егоров дал заключение, что лечение было правильным. Исходил он при этом из своих корпоративных и карьерных интересов, поскольку иначе и он сам, и Кузнецов потеряли бы свои посты, а возможно, и больше.
13 августа 1949 г. Кузнецов был арестован в кабинете Г.М. Маленкова. В этот же день на квартире Кузнецова произвели обыск. В обвинительном заключении на прошедшем в 1950 году суде говорилось, что Кузнецов — «обманным путем пробравшись в ЦК ВКП(б)… повсюду насаждал своих людей — от Белоруссии до Дальнего Востока и от Севера до Крыма». Родионов, например, предлагал не только создать Компартию Российской Федерации, но и учредить собственный российский гимн и флаг — традиционный триколор, но с серпом и молотом. Поэтому намерения сделать более самостоятельной в рамках СССР Российскую Федерацию, поднять роль Ленинграда и Ленинградской области, передав «северной столице» некоторые функции центральной власти, а в будущем сделав даже столицей РСФСР, были налицо. Причем повышение статуса Российской Федерации мыслилось ими не как возрождение подлинных принципов федерализма, а как средство укрепления позиций своего домена — Ленинграда.