Этингер лечил очень многих представителей высшего советского партийного и государственного руководства: Чичерина, народного комиссара иностранных дел, Литвинова, народного комиссара иностранных дел, Крестинского, заместителя наркома иностранных дел, Рудзутака, наркома внешней торговли, маршала Тухачевского, Шапошникова — это один из самых крупных советских военачальников.
В течение многих лет проф. Этингер был консультантом Лечебно-санитарного управления Кремля и попутно был консультантом поликлиники Коминтерна. Среди его пациентов были такие люди, как руководитель итальянский компартии Пальмиро Тольятти, руководитель германской партии Вильгельм Пик, Иосиф Броз Тито, который тогда в Москве работал под псевдонимом Вальтер, и некоторые другие. Он лечил многих руководителей польской компартии, которая была запрещена, потом накануне войны распущена. Этингер консультировал лечение Кирова и Орджоникидзе, Иоффе, Карахана, Красина, Тухачевского, Буденного, Шапошникова, С.Каменева, Розенгольца, Лакобу, лечил многих видных деятелей Коминтерна: Тольятти, Пика, Димитрова, Коларова, Диаса… Да! Этингер был не простой врач, он был хороший специалист, его приглашали даже в семью Берия.
Однако настроен Этингер был антисоветски. Начиная с 1944 года, он с большой регулярностью посещал заседания ЕАК, читал поступавшие туда иностранные еврейские издания, регулярно слушал западные радиостанции, выступал в поддержку создания еврейской республики в Крыму. Любил поговорить на политические темы.
В августе 1950 г. была арестована группа юношей и девушек — детей репрессированных евреев, основавших Союз борьбы за дело революции», в который вошли 16 человек. Они хотели убить Маленкова, которого считали главным антисемитом. 17 октября 1950 года за месяц до ареста приемного отца, профессора Этингера, был арестован сын Этингера, который учился экстерном на историческом факультете МГУ. Сын Этингера занимался антисоветской деятельностью. Это были недовыкорчеванные остатки ЕАК. Именно его арест потом привел к аресту самого профессора Этингера. Сам Абакумов считал, что арестованные способны только на болтовню.
Проф. Я.Г.Этингер попал в поле зрения госбезопасности в середине 1948 года. На него как на еврейского националиста-антисоветчика указал на допросе секретарь ЕАК Фефер и от дела ЕАК протянулась ниточка. Усиленно Я.Этингер стал «разрабатываться» органами после того, как на него был получен компромат от арестованного еще 24 декабря 1948 года, но морально сломленного еще в ходе предварительных допросов, до ареста, ответственного секретаря ЕАК И.С. Фефера, который на допросе 22 апреля 1949 года охарактеризовал Я.Г.Этингера, как одного из представителей буржуазных еврейских националистов в медицине.
Под видом ремонта телефона в начале 1949 года КГБ в квартире профессора Этингера установило подслушивающее устройство. В течение почти двух лет записывались ведущиеся в квартире разговоры, в том числе один из его разговоров с приемным сыном Яковом, разговор с академиком Збарским Б.И. его телефон прослушивался, и однажды была зафиксирована такая фраза: «Тот, кто смог бы освободить страну от такого чудовища, как Сталин, стал бы героем». Затем записи передавались министру госбезопасности СССР генерал-полковнику Виктору Абакумову, а тот, в свою очередь, докладывал о них в ЦК и непосредственно Сталину. Получается, что Сталин успевал следить и за тем, в какой горшок ходят все до одного евреи.
В течение почти двух лет руководство МГБ, генералы Абакумов и Питовранов, неоднократно обращались с предложением к Сталину дать им санкцию на арест проф. Этингера. Тот несколько раз им отказывал. Обратите внимание, материалы есть, а Сталин отказывает. Значит, не хило накопали следователи об антисоветской деятельности Этингера. За антисоветские высказывания летом 1949 года Я.Г.Этингера лишили кафедры во 2-м мединституте и выгнали с работы. Наконец, МГБ не выдержало и 18 ноября 1950 года Я.Г.Этингер был арестован за антисоветские высказывания.
И кто, вы думаете, кто дал санкцию на арест проф. Этингера-отца? Ее дал в ноябре 1950 г. Булганин. Правда, как утверждает бывший в то время начальником Второго Главного управления МГБ СССР генерал Е. Питовранов, Сталин будто бы дал личное указание об аресте отца. Но Сталин тогда отдыхал в Сочи и, если бы он дал такое указание, то должно было бы быть найдено его письмо или телеграмма.
Я.Г. Этингера первоначально обвиняли в «клеветнических измышлениях в адрес Сталина», сравнении сталинского режима с гитлеровским, осуждении борьбы против космополитизма и т. д. Однако на первом же допросе, который вел старший следователь подполковник М. Рюмин, он предъявил Этингеру обвинение во «вредительском лечении» им видных партийно-государственных деятелей. Странное обстоятельство, сын Этингера пишет, что этот допрос оказался не запротоколированным. Чудеса, да и только. Интересно, как об этом стало известно, если Этингер скончался в тюрьме тогда, когда там же находился и его сын. Но кто же тогда рассказал сыну об этом?
Этингер показал, что часть профессоров-консультантов Лечебно-санитарного Управления Кремля, принимавших участие в лечении руководства партии и страны, — изменники Родины; что они замышляют террористические акты против членов Политбюро ЦК и лично против Сталина; что их руками уже злодейски умерщвлены Жданов и Щербаков. Поэтому весной 1951 г. была арестована группа профессоров Лечебно-санитарного Управления Кремля, обвинявшихся в организации заговора и террористических намерениях по отношению руководителей партии и Советского правительства.
Абакумов после очередного допроса профессора Я.Г. Этингера проведенного вместе Рюминым, «пришел к выводу», что фактов вредительского «преступного лечения» не существует, есть просто антисталинские настроения, критика сталинской внутренней и внешней политики.
Из ставших известными сейчас секретных документов ЦК КПСС и КГБ СССР явствует, что в декабре 1950 года Абакумов после очередного допроса Я.Г. Этингера «пришел к выводу», что никаких фактов «преступного лечения» не существует. 28–29 января 1951 г. Абакумов дал указание «прекратить работу с Я.Г. Этингером», то есть не требовать от него признаний во «вредительском лечении», ограничившись лишь обвинениями в антисоветских настроениях.
Как рассказывал заместитель Абакумова: «Примерно в середине июня 1951 года мне позвонил Абакумов: 'Срочно зайди!' Министр был злобно возбужден. Спрашивает: 'Ты дело Этингера помнишь?' Естественно. В начале 1950 года к нам поступила информация о том, что этот профессор 2-го Московского медицинского института ведет злобно-антисоветские разговоры. Возможно, что это сообщение осталось бы просто исписанным листком, если бы не одно обстоятельство: как светило эндокринологии Этингер часто приглашался Лечсанупром Кремля для консультирования высшего руководства. Я попросил сотрудников проверить все еще раз. Через некоторое время мне доложили, что информация полностью подтвердилась. Полученные материалы нужно было докладывать министру. Абакумов говорит: 'Дело серьезное. Нужно запрашивать в ЦК санкцию на арест'. Через несколько дней министр сказал, что Сталин не дал санкцию, но поручил усилить прослушивание и направлять ему записи этих разговоров. Выяснилось, что вокруг пасынка профессора начал складываться кружок недовольных. Молодежь, бравируя друг перед другом, болтала несусветную чушь о способах смены власти в стране. Сам профессор Этингер играл роль вдохновителя. Осенью Абакумов снова обратился за санкцией на арест и получил ее. Следственная часть мне не подчинялась. Поэтому я не имел понятия о том, что Этингер попал в руки какого-то подполковника Рюмина. Как не имел понятия и о самом существовании такого офицера и результатах следствия по делу Этингера. И вдруг об этом деле мне напомнил Абакумов: 'Тут, — говорит, — ко мне на прием пришел следователь Рюмин, принес протоколы. Этингер признался, что в 1945 году умертвил секретаря МГК товарища Щербакова. Что думаешь об этом?» — «Дешевка, — отвечаю. — Этого просто не может быть».