Трофейной болезнью Абакумов заболел еще в период войны. Генерал Серов писал об Абакумове: «Наверное, Абакумов не забыл, когда во время Отечественной войны в Москву прибыл эшелон из более 20 вагонов с трофейным имуществом, в числе которого ретивые подхалимы Абакумова из СМЕРШ прислали ему полный вагон, нагруженный имуществом, с надписью «Абакумову». Вероятно, Абакумов уже забыл, когда в Крыму еще лилась кровь солдат и офицеров Советской армии, освобождавших Севастополь, а его адъютант прилетел к начальнику контрразведки СМЕРШ и нагрузил полный самолет трофейного имущества…»
Два члена Политбюро — Микоян и Косыгин — внесли предложение (под предлогом отсутствия необходимых ресурсов) о ликвидации Спецторга, обеспечивавшего продуктами питания и товарами широкого потребления чекистские кадры. Против этого предложения очень резко возразил Абакумов. Тогда была создана комиссия для проверки работы Спецторга. Ею были вскрыты существенные злоупотребления в Спецторге. Директором центрального склада Спецторга оказался человек, в прошлом привлекавшийся к уголовной ответственности за спекуляцию и снятый с должности начальника казанского Спецторга за мошенничество. Руководство же московского областного Спецторга расхитило продуктов и промышленных товаров на сумму свыше 2 миллионов рублей, за что начальник Мособлспецторга был осужден на 25 лет. Наряду с номинальным подчинением Министерству торговли СССР спецторг МГБ находился в подчинении Абакумова. Абакумов, в подчинении которого, наряду с номинальным подчинением Министерству торговли СССР, находился Спецторг, получил от Сталина первый строгий выговор с предупреждением.
Абакумов хранил на специально созданных складах, якобы для оперативных нужд, большие материальные ценности, в основном трофейные, укрыв их от официального учета. Тащил с этих складов все, что хотел. По подтвержденным данным для личного пользования с этих складов Абакумовым было взято более тысячи метров шерстяных и шелковых тканей, несколько гарнитуров мебели, столовых и чайных сервизов, ковров, изделий из саксонского фарфора. За период с 1944 по 1948 гг. Абакумов похитил ценностей более чем на 600 тысяч рублей.
Накануне ареста Абакумов как раз развелся с прежней женой и женился на новой, а следователи по его уголовному делу составили список его любовниц, отдельно вычленив евреек, что немудрено — «культурное» общество послевоенной Москвы во многом состояло из евреев. Абакумов имел две квартиры в Москве, в одной из которых — 120 метровой, украшенной дубовыми панелями, красным деревом, старинной мебелью, бесчисленными коврами жила его жена, в другой — трехсотметровой, в Колпачном переулке, дом Љ11 — он сам со своей любовницей. Оставив имевшуюся у него 5-комнатную квартиру брошенной жене, он приказал оборудовать себе новую в 300 м2. МГБ на это потратило 800 тыс. руб. и выселило из отводимых под квартиру Абакумова помещений 16 семей числом 48 человек. В течение 6 месяцев на переоборудовании дома в Колпачном переулке работало более 200 рабочих, архитектор Рыбацкий и инженер Филатов. При этом часть высококачественных материалов доставлялась из неизвестных, пока что неустановленных источников.
Квартиры ломились от столовых и спальных гарнитуров, невиданных в тогдашней Москве заграничных холодильников, спальных и столовых гарнитуров… Уже в этой квартире у Абакумова изъяли большое количество мебельных гарнитуров и радиоприемников, в квартире было 13 радиоприемников и радиол, много столового серебра, большое количество дорогих художественных ваз, фарфоровой и хрустальной посуды, различных галантерейных товаров, большое количество золотых изделий, 1260 метров различных тканей, 16 мужских и 7 женских часов (8 золотых), 100 пар обуви, чемодан подтяжек 65 пар запонок…. а также большой ящик с корнями женьшеня.
Однако не все так однозначно. Абакумов на допросе пояснил следователю Мокичеву, что те огромные массы ткани, которые найдены были в квартире при обыске в квартире Абакумова в этом не ничего зазорного — в квартирах и на госдачах министров всё делается только за казенный счёт и, мол, ткань была нужна для обивки. В последующем очень скоро расследование в направлении финансовых махинаций Абакумова, по словам Столярова, было свернуто.
Абакумов имел по существу в своем личном распоряжении гараж МГБ со многими десятками легковых автомобилей. По указанию Абакумова для его личных нужд начальник секретариата министра полковник Чернов присвоил около 500 тысяч рублей из средств, предназначавшихся на оперативные нужды. Боясь ответственности за это преступление, Абакумов в марте 1950 года приказал уничтожить бухгалтерскую отчетность 1 отделения Управления делами министерства, которое ведает хозяйственным обслуживанием руководящего состава.
Самое интересное, что лишь 22 февраля 1952 года расследование дела Абакумова и его сотрудников было возложено на органы безопасности, он был переведен из тюрьмы «Матросская тишина» в Лефортовскую тюрьму. То есть получается, что вначале Абакумов страдал только за воровство? Однако, согласно другой информации, после событий конца 1952 г. Абакумова оставили в покое до марта 1953 г., переведя в камеру номер 77 Бутырской тюрьмы. Прудникова даже предположила, что Сталин решил пожертвовать Абакумовым в своей игре. Мол, Сталин с согласия самого Абакумова намеренно его сдал. Гоглидзе у нее играет роль казачка, засланного в игнатьевский МГБ. Мне же кажется, что подобная версия, несмотря на её романтизм, представляется мало маловероятной.
Итак, воровство и трофейная болезнь сыграли не последнюю роль в крахе Виктора Абакумова.
Абакумову поставили в вину и другие происшествия. По мнению Жухрая, Абакумов скрыл от Сталина и ЦК ВКП(б) бегство весной 1950 г. в американскую зону оккупации в Германии заместителя генерального директора акционерного общества «Висмут» ответственного работника Министерства Государственной безопасности Салиманова, связанного с советской ядерной программой. Когда Салиманов узнал, что американцы имеют детальную информацию о работе «Висмута», он будто бы через 3 месяца вернулся. Абакумов запретил посылать протокол его допроса по «Висмуту» в рассылке, направленной в правительство.
В 1949 г. Абакумов скрыл факт безнаказанного перехода советско-турецкой границы группы английских разведчиков во главе с неким Бершвили. Группа имела задание подготовить отторжение Грузии от Советского Союза. При попустительстве МГБ Грузинской ССР, установив нужные личные контакты и проинструктировав имеющуюся в Грузии агентуру, группа Бершвили безнаказанно ушла в Турцию.
Как показал Шварцман, из МГБ в ЦК шли приписки об успешной борьбе против белогвардейцах. Это позволяло Абакумову маскировать неудачи в борьбе со шпионами. Как свидетельствовал Шварцман, Абакумов везде поставил своих людей, готовых выполнить его любой приказ. Абакумов также не сообщил, что в 1949 г. ст. лейтенант Шелопутин стал невозвращенцем в Вене. Судоплатов считает, что Абакумова обвинили в затягивании расследования по важным преступлениям и сокрытии информации о том, что Гаврилов и Лаврентьев (гомосексуалисты, которых внедрили в американское посольство) были двойными агентами ЦРУ и МГБ. Наконец, по словам Жухрая, Абакумов, будто бы подарил огромный букет роз молодой красивой женщине, которая при негласной проверке оказалась связанной с английской разведкой. Опять же, я не берусь утверждать, что Жухрай не придумал эту историю. Как я уже указывал, основанием для ареста Абакумова послужило постановление ЦК ВКП(б) от 11 июля 1951 г. О неблагополучном положении в Министерстве государственной безопасности».
Поведение Абакумова в тюрьме заслуживает особого описания. Павел Судоплатов пишет об Абакумове: «…Он продолжал полностью отрицать предъявлявшиеся ему обвинения даже под пытками, «признания» от него так и не добились…он вел себя как настоящий мужчина с сильной волей… Ему пришлось вынести невероятные страдания (он просидел три месяца в холодильнике в кандалах), но он нашел в себе силы не покориться палачам. Он боролся за жизнь, категорически отрицая «заговор врачей» (и заговор чекистов). Имеется протокол допроса, который длился 8 часов имеет один вопрос и один ответ, где Абакумов отрицает факт совершения преступлений. По свидетельству Столярова, который, как видно, работал в архивах, таких протоколов десятки.