Вступив в Красную Армию, Борис Михайлович выполнял ответственную оперативную работу в штабах Высшего военного совета, наркомвоена Украины, а с осени 1919 года - в Полевом штабе РВСР. В грозные дни лета 1918 года, когда белогвардейцы подошли к Волге с востока, и осенью 1919 года, когда войска Деникина подходили к Орлу с юга, спокойное мужество и верность делу революции со стороны Шапошникова были отмечены и по заслугам оценены командованием Красной Армии. В годы гражданской войны Борис Михайлович не только сложился как крупный оперативно-штабной работник, но и проявил талант военного теоретика и публициста. Уже тогда стали известны его работы о боевой подготовке войск, о действиях стратегической конницы, обзоры боевых действий в кампаниях 1919-1920 годов. Обобщение и осмысление боевого опыта стало основной темой его выступлений в печати в первые годы после гражданской войны. Его труды "Конница" и "На Висле" - крупные, интересные научные исследования.
Ответственная работа Б. М. Шапошникова в Штабе РККА в период военной реформы, изучение практики генеральных штабов армий различных стран позволили ему создать обобщающий труд о генеральном штабе. Будучи командующим войсками Ленинградского и Московского военных округов, он упорно работал над вопросами боевой подготовки войск и оперативной подготовки руководящего состава, продолжая свои теоретические исследования. В это же время он написал трехтомный труд "Мозг армии" (первые два тома вышли в 1927 году, последний - в 1929 году).
Книга Б. М. Шапошникова "Мозг армии" знакомит читателя с основными взглядами на характер войны и ее масштабы, дает представление о структуре генерального штаба как органа верховного главнокомандования и о сущности его работы, о требованиях, предъявляемых современной войной к полководцу, к органам оперативного управления и их работникам. Наконец, она знакомит читателя с функциональной деятельностью генерального штаба по подготовке экономики страны к войне. Появление труда "Мозг армии" вызвало живой интерес среди командного состава РККА и нашло широкий отклик на страницах военной печати как у нас в стране, так и за рубежом. Конечно, в 1927 году я, как командир полка, не мог еще оценить в полной мере все богатство содержания труда, оно раскрывалось передо мной постепенно, по мере того, как я рос сам и продвигался от одного рубежа военной службы к другому. Много лет прошло после выхода в свет трех книг "Мозг армии", многое, конечно, за это время изменилось; жизнь внесла немало изменений и в выводы, изложенные в них. Но и сегодня значение труда Б. М. Шапошникова по-прежнему огромно...
Командный состав в те годы напряженно работал над освоением "Боевого устава пехоты". Армия оснащалась новым оружием - пулеметами отечественного производства, полковой пушкой образца 1927 года. В июне 1928 года были проведены опытная мобилизация, а затем тактические учения 48-й стрелковой дивизии в районе города Торжка. Вскрылись как сильные, так и слабые стороны боевой и мобилизационной готовности соединения, его возможности выполнять "Наставление по войсковой мобилизации", незадолго до того разработанное Штабом РККА. Непосредственно перед опытной мобилизацией нашу дивизию и 143-й стрелковый полк проинспектировал первый заместитель начальника штаба МВО К. А. Мерецков. Специальную же комиссию, прикрепленную к нашему полку на время мобилизации и учения, возглавлял начальник штаба 2-го стрелкового корпуса М. Л. Ткачев. Помимо руководства во главе с начальником штаба округа А. М. Перемытовым, за ходом работы на протяжении всей мобилизации наблюдали особая комиссия, руководимая начальником Управления РККА т. Левичевым, а также заместитель наркома по военным и морским делам И. С. Уншлихт. Приятно вспомнить, что наше соединение успешно справилось с задачей. Дав хорошую оценку дивизии в целом, инспекторская группа особо выделила 143-й стрелковый полк, его боевую; мобилизационную подготовку, общее состояние и дисциплипнрованпость. От имени наркома И. С. Уншлихт объявил личному составу нашего полка благодарность.
Вскоре 48-ю стрелковую дивизию посетил новый командующий войсками МВО Иероним Петрович Уборевич. Бывший подпоручик, блестяще проявивший себя в годы гражданской войны как один из способнейших советских военачальников, он обладал уже к 1928 году большим общегосударственным и служебным опытом, являлся мастером организации и проведения боевой и оперативной подготовки войск. Командному составу Красной Армии были известны его военно-теоретические труды. Это была моя первая встреча с Иеронимом Петровичем.
Мы очень скоро убедились, что в вопросах боевой подготовки войск И. П. Уборевич обращает особое внимание на их умение действовать в условиях, приближенных к боевым. Знакомство с дивизией он начал с изучения уровня военной подготовки командного состава, прежде всего его высшего и старшего звена. За несколько дней своего пребывания в дивизии командующий успел дать нам на решение ряд хотя и коротких, но исключительно интересных и сложных по содержанию тактических и технических задач. Затем состоялось командно-штабное учение в поле со средствами связи, в котором приняли участие командование и штаб дивизии, а также командование и штабы всех ее частей.
Пребывание И. П. Уборевича было полезным. Мы по-новому взглянули на себя, обнаружили серьезные недостатки в нашей боевой и политической подготовке. Командующий показал нам, .как и над чем именно надо работать, чтобы в ближайшее же время поднять боеспособность подчиненных нам войск. Следует сказать, что и эта встряска, и те порою острые замечания Иеронима Петровича в адрес каждого из нас не обидели и не расстроили командиров, а убедили в необходимости более строго оценивать свою работу, видеть ее перспективу, верить в успех. Дальнейшее показало, что подобная моральная зарядка не только полезна, но иногда бывает крайне необходима.
Месяца через два после этого мне суждено было вновь встретиться с командующим войсками округа. Произошло это в штабе округа. Встрече предшествовали особые обстоятельства, коснувшиеся меня лично,- перевод на должность командира 144-го стрелкового полка нашей же дивизии, дислоцированного в Вышнем Волочке. Полк этот считался в то время наиболее слабым и по дисциплине, и по подготовке. Перевод поразил не только меня, но и весь руководящий состав 143-го полка. Не скрою, воспринял я его с обидой. Во-первых, потому, что мне крайне не хотелось покидать 143-й Краснознаменный полк, считавшийся лучшим в дивизии (за четыре года командования в это было вложено немало и моего труда).
Нелегко было расставаться с командно-политическим составом и парторганизацией полка, с которыми у меня установились отличные взаимоотношения. И еще одно немаловажное обстоятельство беспокоило меня: именно в 143-м полку я собирался осуществить мою давнюю заветную мечту вступить в Коммунистическую партию.
Перевод в новую часть неизбежно заставлял отложить это решение на неопределенное время. Командир и военком дивизии И. Ф. Максимов сообщил мне, что приказ издан с ведома командования округа. Цель его - в ближайшее же время вывести 144-й стрелковый полк из постоянного прорыва. Видя мое настроение, он порекомендовал мне поехать к И. П. Уборевичу, заверив меня, что переговорит с ним по телефону и постарается поддержать мою просьбу об отмене приказа.
Иероним Петрович принял меня более чем радушно, расспросил о здоровье семьи и о моих планах. Я рассказал, ничего не утаивая. Он уточнил, знаю ли я, по чьей инициативе и в результате чего появился приказ. Услыша утвердительный ответ, И. П. Уборевич сказал следующее (эти слова настолько врезались в мою память, что, по-видимому, я смогу привести их почти дословно):