В этих условиях Генштаб в целом и наше Оперативное управление вносили коррективы в разработанный в течение осени и зимы
1940 года оперативный план сосредоточения и развертывания Вооруженных Сил для отражения нападения врага с запада. План предусматривал, что военные действия начнутся с отражения ударов нападающего врага; что удары эти сразу же разыграются в виде крупных воздушных сражений, с попыток противника обезвредить наши аэродромы, ослабить войсковые, и особенно танковые группировки, подорвать тыловые войсковые объекты, нанести ущерб железнодорожным станциям и прифронтовым крупным городам. С нашей стороны предусматривалась необходимость силами всей авиации сорвать попытки врага завоевать господство в воздухе и в свою очередь нанести по нему решительные удары с воздуха. Одновременно ожидалось нападение на наши границы наземных войск с крупными танковыми группировками, во время которого наши стрелковые войска и укрепленные районы приграничных военных округов совместно с пограничными войсками обязаны будут сдержать первый натиск, а механизированные корпуса, опирающиеся на противотанковые рубежи, своими контрударами вместе со стрелковыми войсками должны будут ликвидировать вклинившиеся в нашу оборону группировки и создать благоприятную обстановку для перехода советских войск в решительное наступление. К началу вражеского наступления предусматривался выход на территорию приграничных округов войск, подаваемых из глубины СССР. Предполагалось также, что наши войска вступят в войну во всех случаях полностью изготовившимися и в составе предусмотренных планом группировок, что отмобилизование и сосредоточение войск будет произведено заблаговременно.
Оперативный план отражения агрессии был тщательно увязан с мобилизационным планом Красной Армии и страны в целом; отработаны расчеты и графики на перевозки войск и всего необходимого для них из глубины страны в районы сосредоточения и приняты должные меры для обеспечения перевозок по линии Наркомата путей сообщения. План был отработан не только Генеральным штабом с соответствующими управлениями Наркомата обороны, но и с командованием войск приграничных военных округов. Для этой цели в феврале — апреле 1941 года в Генштаб вызывались командующие войсками, члены военных советов, начальники штабов и оперативных отделов Прибалтийского, Западного, Киевского особых и Ленинградского военного округов. Вместе с ними намечались порядок прикрытия границы, выделение для этой цели необходимых сил и формы их использования. При этом предусматривалось, что войска эшелонов прикрытия к началу действий врага, будучи полностью укомплектованными по штатам военного времени, развернутся на подготовленных оборонительных рубежах вдоль границы и вместе с укрепленными районами и пограничными войсками смогут, в случае крайней необходимости, прикрыть отмобилизование войск второго эшелона приграничных округов, которым по мобилизационному плану отводили для этого от нескольких часов до одних суток.
В связи с возраставшей угрозой агрессии со стороны фашистской Германии Наркомат обороны и Генеральный штаб не только вносили коррективы в разработанные оперативный и мобилизационный планы для отражения неизбежного нападения на нашу страну, но по указаниям ЦК партии и правительства проводили в жизнь целый ряд очень важных мероприятий из этих планов, направленных на усиление обороноспособности наших западных границ. Так, с середины мая 1941 года по директивам Генерального штаба началось выдвижение ряда армий — всего до 28 дивизий — из внутренних округов в приграничные, положив тем самым начало к выполнению плана сосредоточения и развертывания советских войск на западных границах. В мае — начале июня 1941 года на учебные сборы было призвано из запаса около 800 тыс. человек, и все они были направлены на пополнение войск приграничных западных военных округов и их укрепленных районов. Центральный Комитет партии и Советское правительство проводили ряд и других серьезнейших мероприятий в целях дальнейшего повышения боевой готовности и боеспособности Вооруженных Сил, по развитию военно-промышленной базы, по укреплению обороноспособности страны в целом. К середине 1941 года общая численность армии и флота достигла более 5 млн человек и была в 2,7 раза больше, чем в 1939 году.
В мае — июне 1941 года по железной дороге на рубеж рек Западная Двина и Днепр были переброшены 19,21-я и 22-я армии из Северо-Кавказского, Приволжского и Уральского военных округов, 25-й стрелковый корпус из Харьковского военного округа, а также 16-я армия из Забайкальского военного округа на Украину, в состав Киевского, особого военного округа. 27 мая Генштаб дал западным приграничным округам указания о строительстве в срочном порядке полевых фронтовых командных пунктов, а 19 июня — вывести на них фронтовые управления Прибалтийского, Западного и Киевского особых военных округов. Управление Одесского округа по ходатайству окружного командования добилось такого разрешения ранее. 12–15 июня этим округам было приказано вывести дивизии, расположенные в глубине округа, ближе к государственной границе. 19 июня эти округа получили приказ маскировать аэродромы, воинские части, парки, склады и базы и рассредоточить самолеты на аэродромах.