В том же декабре произошли новые кадровые перестановки и в Бюро ЦК КП Узбекистана (теперь он назывался Президиумом). Из него были выведены секретарь ЦК по сельскому хозяйству А. Хайдаров и председатель КГБ УзССР Г. Найму-шин. Правда, последний был всего лишь понижен до звания кандидата, что являлось следствием политики, проводимой Хрущевым: таким образом, тот понижал статус КГБ, дабы тот не смел вмешиваться в партийные дела. В число кандидатов в Президиум также вошли К. Муртазаев и Н. Нажесткин.
Тогда же значительные большие полномочия получил Комитет партийного контроля, который реорганизовали в Комитет партийно-государственного контроля и наделили еще большими полномочиями. Отныне Комитет получил право контролировать и партийные органы, и правительство, и вооруженные силы, и даже КГБ. В Узбекистане председателем КПГК был назначен 50-летний Мирзамахмуд Мусаханов, который был ставленником ташкентцев.
Однако прошло всего полгода, как в состав Президиума пришлось вносить новые коррективы. Весной 1963 года Хрущев всерьез озаботился проблемами идеологии (потребовал ее усиления) и Рашидову в июле пришлось менять идеолога. Вместе Зухры Рахимбабаевой, которая курировала это направление на протяжении нескольких лет, а теперь была выведена из состава Президиума и отправлена руководить Министерством культуры, главным идеологом (и членом Президиума соответственно) стал Рафик Нишанов, который принадлежал к ташкентскому клану.
В декабре 1962-го был приведен к руководству и новый председатель Верховного Суда УзССР — им стал Мамеджан Максумов. Это тоже было не случайным явлением, а закономерным: Москва продолжала требовать от республик не только не ослаблять борьбу с преступностью, но и вести ее более жестко.
В 1963 году отношения Рашидова с Хрущевым осложнились. Что вполне объяснимо, поскольку реформаторская деятельность хозяина Кремля приобрела характер откровенного волюнтаризма. Например, «штурмовое» освоение целинных и залежных земель, которое Хрущев затеял в середине 50-х, в итоге вызвало эрозию почв на значительных территориях, что привело к резкому уменьшению площадей пастбищ и сокращение поголовья скота. Огульное и некритичное разоблачение Сталина в 1956-м и последующих годах привело к серьезным проблемам в идеологической области как внутри страны, так и на международной арене. А решение Хрущева о ликвидации крестьянских подсобных хозяйств привело к острой нехватке продовольствия, что стало поводом к волнениям в Новочеркасске (июнь 1962 года), которые Хрущев распорядился подавить силой оружия (в итоге погибли 24 человека, в том числе дети, а семеро рабочих из числа демонстрантов были приговорены к расстрелу).
Еще в 1957 году Хрущев сделал радикальный шаг: заменил отраслевую систему управления на территориальную. По большому счету ни к чему хорошему и эта реформа не привела, а лишь снизила технический уровень производства. Однако спустя пять лет Хрущев пошел еще дальше — начал создавать по два Совета депутатов трудящихся — промышленный и сельский, что нарушало один из основных принципов Советов, единство их системы. Одновременно реформам подверглась и КПСС — были созданы «городские» и «сельские» обкомы. Узбекистан тоже не избежал этих реформ. Так, из 115 районов там оставили только 61 район. В итоге многие населенные пункты оказались отдаленными от райцентра на 300 километров. И простому колхознику стало гораздо труднее разрешить свои проблемы, поскольку добраться до центра стало более проблематично. Естественно, посыпались жалобы, в том числе и в Ташкент, самому Рашидову. В иной день этих жалоб в ЦК КП Узбекистана поступало по нескольку тысяч. Все это бросало тень на республиканское руководство, делало напряженным его отношения с простым населением.
Отметим, что большинство из возникших проблем республиканское руководство не могло решать оперативно, то есть на месте, а вынуждено было спрашивать разрешения Москвы. Так, только в 1962 году ЦК КП и Совет Министров Узбекистана направили в столицу СССР 1081 ходатайство с просьбой разрешить им принять соответствующие меры для решения местных проблем. Москва в ответ отреагировала следующим образом: 910 ходатайств были удовлетворены положительно, 113 отрицательно и 38 сняты с обсуждения как непринципиальные.
Пытался Хрущев заставить руководство Узбекистана активно культивировать в республике и кукурузу. Он поручил Рашидову засеять ею 600 тысяч гектаров земли. Тот в ответил заявил, что в таком количестве ее в республике не засеять — придется урезать поливные земли. Хрущев продолжал настаивать, но Рашидов упирался. В итоге Хрущев пришел к выводу, что Рашидов не тот человек, на которого можно было положиться в тех реформах, которые он собирался и дальше проводить в стране. Впрочем, так было не только с Рашидовым. К концу своего правления у Хрущева испортились отношения практически с большинством республиканских руководителей.