Весной или летом 1862 года Джозеф вместе с Бабеттой и детьми отплыл в Европу. Семья поселилась в Майнце, недалеко от Франкфурта, и поселилась в отеле Hôtel d'Angleterre, выходящем на Рейн. В этом средневековом городе когда-то проживало самое многочисленное еврейское население Европы, и он стал объектом самых жестоких актов насилия, которым подвергались евреи в Средние века. В 1096 году крестоносцы уничтожили в городе сотни евреев (по некоторым оценкам, более тысячи), отказавшихся перейти в другую веру. В 1349 году, когда по всей Европе прокатилась волна нападений толпы, обвинявшей евреев в том, что они вызвали эпидемию чумы, шесть тысяч евреев Майнца сгорели заживо за один день. Близость города к Франкфурту и его бирже, одной из самых активных в Европе, возможно, стала одной из причин, по которой Иосиф обосновался именно там. Майнц также был портовым городом, из которого он мог посещать другие крупные европейские финансовые центры.
Вокруг деятельности Джозефа по продаже облигаций в Европе и другого его вклада в военное дело возникла определенная мифология, поощряемая в последующие годы некоторыми членами семьи Селигман и их фирмой. Легенда разрослась до такой степени, что ему приписывали особую роль в изменении исхода самой войны. В корпоративной истории, опубликованной в 1964 году, рассказывается, как благодаря продаже военных облигаций на сумму более 200 миллионов долларов, причем некоторые из них «практически навязывались друзьям по бизнесу» на «сложном европейском рынке», Джозеф собрал столь необходимый Северу капитал. Говорили также, что Джозеф и Джесси посоветовали самому Аврааму Линкольну возвести своего старого друга семьи Улисса Гранта в командующие армией Союза — решение, изменившее ход войны.
Но реальность оказалась сложнее. Внук Джозефа Джордж Хеллман в 1951 году писал, что не обнаружил «никаких доказательств какого-либо значительного финансового вклада в национальное дело». Сохранившиеся письма Джозефа к братьям в годы Гражданской войны показывают, что Селигманы все глубже погружались в финансы и торговали американскими ценными бумагами, но они не отражают масштабных операций по продаже облигаций в интересах администрации Линкольна.
Из Европы Джозеф с тревогой и зачастую пессимистично следил за развитием войны. «Положение дел в США начинает приобретать очень мрачный аспект», — писал он в начале февраля 1863 года, через месяц после того, как Линкольн издал Прокламацию об освобождении. Он опасался за
Это падение не только правительства, но и всего закона, порядка и общества. Это очень серьезно, и здравомыслящие люди должны избавиться от привычного ощущения легкости и безопасности и подготовиться к грядущему злому дню. Наши неудачи в Ричмонде и Виксбурге с ежедневными расходами в 2 миллиона, конечно, во многом способствовали тому, что наши враги на Севере и Юге были в восторге, а прокламация Эмансипа. Прокламация Эмансипации обескуражила многих, кто надеялся на скорое возвращение Юга в Союз. Как я уже не раз говорил, богатство страны сокращается, а люди богаты только в воображении.
Позже в том же месяце, когда Конгресс принял Закон о зачислении в армию, установив первый в истории страны призыв на военную службу, Джозеф написал домой, чтобы «посоветовать Айзеку поскорее приехать в Европу, пока его не призвали». Айзек прибыл в Лондон в конце апреля 1863 года и, сойдя с корабля, обнаружил еще одно письмо от Джозефа. В нем его вспыльчивый брат предупреждал, чтобы он не «спорил о политике» и не обсуждал войну с их банкирами в городе, которые «не питают особой любви к Северу».
Как и многие состоятельные люди той эпохи, Джеймс, Джесси и Уильям избежали военной службы, воспользовавшись положением Закона о призыве, позволявшим призывнику заплатить замену за 300 долларов, чтобы тот служил вместо него. Эта политика способствовала бурному восстанию в Нью-Йорке, когда в июле проходила призывная лотерея. Разъяренные толпы, состоявшие в основном из бедных ирландских и немецких иммигрантов, вырывали брусчатку с улиц, бросали ее в окна и подожгли десятки зданий. «Этот закон о 300 долларах сделал нас никем, бродягами и изгоями общества», — писал в то время один из участников беспорядков. «Мы — бедный сброд, а богатый сброд — наш враг по этому закону. Поэтому мы дадим нашему врагу бой прямо здесь, и не будем просить четверти».