Признание гетерогенности материи поставило перед Дидро задачу переосмысления сложившегося понимания целостности. Уже тогда, когда Гольбах приписал универсуму имманентное движение (в то время как отдельные тела, по его мнению, приводятся в движение внешней причиной), возникла угроза противопоставления целого и частей. Этого не произошло, так как в рамках механического детерминизма движение материи в основном понималось как перемещение, благодаря чему формы движения целого и частей совпадали. Постоянно меняя свое местоположение, тела возвращались «на круги своя», универсум также был неизменен, и эти представления соответствовали механической картине мира.
Но внутри этой концепции в скрытом виде содержалась также возможность другого, немеханистического понимания движения; в этом случае целое должно было предстать не просто в виде совокупности рядоположенных частей, а в виде единства каким-то образом проникающих друг в друга, качественно различных элементов.
Немеханистически понятым целым, в котором осуществляется эта взаимосвязь, для Дидро было единство элементов, представленных в виде молекул, обладающих внутренней силой и особыми свойствами. Молекулы и есть простейшие неделимые элементы гетерогенности. В понимании этого Дидро отличается от Гольбаха, по мнению которого о таких единицах мы не можем иметь никакого представления, так как мельчайшие единицы могут быть основой лишь количественного деления материи. Для Гольбаха количественное деление не связано с качественным делением, в то время как молекула Дидро — это «материализованная» монада, в которой представлен весь мир как целое, в противном случае гетерогенность не могла бы обернуться гомогенностью. Мир — это не сумма однообразных частей, а взаимопроникновение гетерогенных единиц. Там, где для Д’Аламбера имеется лишь «смежность» (механическое соединение), для Дидро существует «непрерывность» (внутреннее единство). Образом гетерогенной гомогенности для Дидро оказывается «гроздь пчел». Мир, или материю, пишет он, можно представить как «улей». Видели ли вы, как сцепившиеся лапками пчелы образуют единую гроздь? Хотели бы вы превратить эту гроздь в одно-единственное животное — спрашивает Дидро своего собеседника. Для этого надо только уничтожить лапки, которыми пчелы держатся друг за друга, и смежность превратится в непрерывность. Отличие второго состояния от первого в том, что «сейчас это целое, единое животное, а прежде это было лишь сборищем животных» (4, 395). Так надо рассматривать любой живой организм, отдельные органы которого могут сравниться с отдельными пчелами в грозди, «между которыми закон непрерывности поддерживает общую согласованность, единство и тождество» (там же).
Применение «парадоксального» — по сути дела диалектического — метода рассмотрения материи и движения позволяет Дидро наметить границы современного ему механистического естествознания. Прежде всего речь идет о несоответствии понимания материи как единства противоположностей принятому в естествознании объяснению того, как образуется новый предмет или явление. Единственно возможным способом кажется постепенное соединение молекул, в результате чего и возникают все предметы природы.
Дидро также как будто не сомневается в том, что если к одной живой точке «присоединяется другая, затем еще одна, то в результате этих последовательных присоединений возникает единое существо»; «как капля ртути сливается с другой каплей ртути, так чувствительная и живая молекула растворяется в чувствительной живой молекуле… Сначала имелись две капли, а после соединения образовалась одна» (4, 393).
Тем не менее для него остается непонятным, как происходит трансформация внешнего во внутреннее и почему образовавшееся таким путем новое целое обладает свойствами, отсутствующими у вступивших в соединение отдельных молекул. Вопросы, поставленные Дидро в одной из ранних его работ — «Мысли к истолкованию природы» (к этим вопросам он в течение жизни добавлял все новые), остались без ответа, так как ответ на них не мог быть дан в рамках механистического естествознания. Но сама их постановка выходит за его пределы. Они касаются проблем перехода от неживой материи к живой, от чувствующей к мыслящей (иными словами, речь идет о качественных превращениях, без которых нельзя понять принцип гетерогенности) и формулируются как догадки (загадки для механицизма?), гипотезы.