Unter den Ajubiden hatten die inneren Auseinandersetzungen ihren Höhepunkt erreicht, und so brach 1244 der Bruderkrieg aus. Zur Unterstützung seiner Pläne zur Rückeroberung der ursprünglichen Machtbasis in Syrien hatte Sultan as-Salih chowaresmische Truppen angeworben (die Chowaresmier kamen ursprünglich vom südlichen Aralsee), die sich seit der Zerschlagung der Herrschaft des Hwarizm-Schah durch die Mongolen als Soldtruppe verdingten. Als die Chowaresmier von Norden her in das Heilige Land eindrangen, trafen sie in Jerusalem auf keinen nennenswerten Widerstand und besetzten kurzerhand die Stadt. In einem blutigen Massaker, bei dem auch die Grabeskirche beschädigt wurde, vertrieben sie die christlichen Einwohner. Damit war Jerusalem für die Franken verloren, sie sollten die Stadt nie mehr zurückerobern. Bis zum Tod des letzten Ajubiden-Herrschers im Jahr 1250 blieb Jerusalem in der Hand der Ajubiden. Sultan al-Salih (Slt. 1240-1249) hatte auf dem Tempelberg zwar die »Qubbat al-Musa« errichten lassen, doch sah auch er Jerusalem als mögliches Faustpfand zur Abwehr der für Ägypten drohenden Gefahr durch die Kreuzfahrer. Doch war auch sein Sohn nicht genötigt, dieses Pfand einzusetzen.
Mit dem Tod Turandshahs begann die Herrschaft der Mamelucken. Sie sollten dreizehn Jahre benötigen, alle zuvor ajubidischen Herrschaften unter ihre Kontrolle zu bringen. Im Jahr 1251 bot der Herrscher von Aleppo König Louis IX. (dem Heiligen) von Frankreich (Kg. 1226-1270) Jerusalem an, wenn dieser ihm gegen die Mamelucken helfe. Der König lehnte ab. Zwei Jahre darauf konnte sich der Mamelucken-Sultan Aibek in den Besitz Jerusalems bringen, doch ging die Stadt 1256 wieder an die Ajubiden verloren. Doch mit ihrem Sieg in der Schlacht bei Ain Dschalut in der Nähe von Nazareth gegen die Mongolen im Jahr 1260 festigten die Mamelucken endgültig ihre Herrschaft in Syrien und Palästina. Von nun an wurde Jerusalem bis zum Ende dieser Dynastie von mameluckischen Gouverneuren verwaltet.
Die politische Bedeutung Jerusalems sank ins Nichts zusammen. Nicht einmal in der Verwaltung Syriens spielte die Stadt eine Rolle. Zunächst stand ihr ein Gouverneur vor, dann ein Emir, der dem Vizekönig von Damaskus unterstellt war. Dies bedeutete eine gewisse Aufwertung, denn die Gouverneure waren zunächst lediglich Offiziere gewesen, während die Emire wenigstens aus den mittleren Rängen der mameluckischen Hierarchie stammten. Doch dieser geringe politische Rang tat der religiösen Bedeutung Jerusalems keinen Abbruch. Es begann eine rege Bautätigkeit, die Heiligtümer wurden restauriert, neue Koranschulen und Hospitäler gegründet. Der Tempelberg erhielt besondere Aufmerksamkeit. Dabei traten als Bauherren die Sultane, aber auch die Vizekönige auf.
Sultan Baibars (Slt. 1260-1277) ließ die Mosaike an der Außenfassade des Felsendoms erneuern. Das Dach der Moschee al-Aksa wurde im Auftrag von Sultan Qalawun (Slt. 1280-1290) neu gedeckt. Die große Terrasse rings um den Felsendom wurde fertiggestellt, auch entstanden die Arkaden an der Westseite des Tempelberges. Auch der Brunnen westlich des Felsendoms wurde unter den Mamelucken-Sultanen errichtet. Sie verfügten auch Dekrete, mit denen der Unterhalt des Tempelberges und der dort beschäftigten Menschen geregelt wurde. In der Stadt selbst ließen sich an ihrem Lebensabend viele Emire nieder, aber auch Verbannte lebten zahlreich in der Stadt. Diese taten sich ebenfalls mit der Stiftung von religiösen Einrichtungen und dem Bau von Häusern hervor. Insgesamt entstanden zwischen 1267 und 1362 sechs Hospize, ein Zeichen für die Zunahme des Zustroms islamischer Pilger. Für die täglichen Bedürfnisse entstanden Bäder, Märkte, Brunnen sowie Kanäle für die Wasserversorgung. Die Anzahl der Medressen, Schulen für islamisches Recht (fiqh), nahm stark zu, 27 sind aus dieser Zeit bekannt. Jerusalem wurde zu einem Zentrum des Studiums des Rechts. Auch der Sufismus, die islamische Mystik, blühte. Berühmte Sufis arbeiteten als Rechtsgelehrte in Jerusalem. Aber während Jerusalem sich zu einer islamischen Stadt entwickelte, blieb auch den Christen der Aufenthalt hier nicht verwehrt. Der Aufenthalt der Pilger in der Stadt und der Besuch der heiligen Stätten waren reglementiert. Es waren Abgaben zu entrichten, die teilweise empfindlich hoch waren. Mameluckische Dolmetscher und Geleitschutz wurden gegen das Entrichten einer Gebühr gewährt. Vom Jahr 1330 an wurden die Pilger auch von den Franziskanern betreut, die auf dem Berg Zion ihr Kloster errichten durften. Der Orden hatte die Aufsicht über die heiligen Stätten der Christen im Heiligen Land erhalten. Sie konnten ihre Arbeit mit der Zustimmung der Sultane leisten. Die in Jerusalem lebenden Christen unterstanden den islamischen Gesetzen, mussten ihre Abgaben entrichten, blieben ansonsten aber unbehelligt. Dies galt auch für die kleine jüdische Gemeinschaft. Juden besaßen Grundeigentum und trieben Handel. In das Jahr 1267 fällt die Gründung der Ramban-Synagoge.
Die Muslime trennten bei der Einschätzung von Fremden streng zwischen denen, die den Islam anerkannten, und solchen, die ihre Religion ablehnten. Wer auch immer den Islam angenommen hatte, aus welchem Volk er auch stammte, galt als Mitglied der Gemeinschaft der Gläubigen, des »Hauses des Islams« (Dar al-Islam). Dagegen wurde von den Nicht-Muslimen, ungefragt, welcher Herkunft auch immer, als dem »Haus des Krieges« (Dar al-Harb) gesprochen. Mit dem Ende der Expansionsphase des Islams wurden andere Formen der Abgrenzung gefunden. Nun galten nicht-muslimische Völker, mit denen Verträge abgeschlossen wurden, als »Haus des Bündnisses« (Dar al-Ahd), und es wurde auch vom »Haus der Waffenruhe« (Dar al Sulh) gesprochen. Neben dieser groben Einteilung, die insbesondere geo-politische Fragen betraf, gab es noch eine Gliederung der einzelnen Gruppen der Nicht-Muslime, die den Umgang mit dem einzelnen Menschen bestimmten. Dabei ist im Koran die religiöse Toleranz festgeschrieben, denn es heißt in der Sure »Die Kuh« (2. Sure, Vers 257): »Es sei kein Zwang im Glauben«; auch soll den Nicht-Muslimen Schutz gewährt werden, wenn sie ihn brauchen, wie es in der 9. Sure »Die Reue« heißt. (Vers 6: »Und wenn einer der Götzendiener bei dir Schutz sucht, dann gewähre ihm Schutz, bis er Allahs Wort vernehmen kann; hierauf lasse ihn die Stätte seiner Sicherheit erreichen. Dies weil sie ein unwissendes Volk sind.«) Atheisten, Polytheisten (die mehr als den einen Gott anbeteten) und Götzenanbeter galten den Muslimen als minderwertig, Juden und Christen hatten dagegen eine Sonderstellung. Sie wurden als Anhänger einer früheren, mittlerweile aber verfälschten Offenbarung Gottes anerkannt, weshalb man ihnen zugestand, Teile der dem Propheten Mohammed geoffenbarten Wahrheit zu besitzen. Ausdrücklich werden im Koran die Thora, die Psalmen und das Evangelium als Offenbarungen Allahs bezeichnet. So duldeten islamische Herrscher Angehörige der beiden »Buchreligionen« als Untertanen. Diese hatten die Oberhoheit des Islams und die Herrschaft der Muslime anzuerkennen. Geregelt wurde ihr Verhältnis zum islamischen Staat und untereinander durch die dimma. Wer in den Genuss dieses Vertragsverhältnisses kam, wurde als dimmi bezeichnet.
Dieses Recht wurde schon früh festgehalten. So überliefert At-Turtusi (Sirag al-muluk, 110) einen Brief syrischer Christen an den Kalifen Omar I. (Klf. 634-644), in dem sie sich zur Einhaltung der für sie erlassenen Vorschriften verpflichteten. Darin heißt es:
»Wir werden in unseren Städten oder in deren Umgebung weder neue Klöster, Kirchen, Einsiedeleien oder Mönchszellen bauen, noch werden wir, sei es bei Tag oder bei Nacht, diejenigen instand setzen, welche verfallen sind oder in muslimischen Vierteln liegen.
Wir werden unsere Kinder nicht den Koran lehren.
Wir werden unsere Religion weder öffentlich kundtun noch jemanden dazu bekehren. Wir werden keine Verwandten daran hindern, zum Islam überzutreten, wenn sie das wollen.