Für den größten Teil der Angehörigen des Templerordens war die Vernichtung des Ordens nicht gleichbedeutend mit dem Tod. Während der Verhaftungswelle des Jahres 1308 war der allergrößte Teil der Ordensmitglieder zunächst eingekerkert worden. Ihr Unterhalt während der Haftzeit wurde aus Mitteln bestritten, die aus den Einkünften der beschlagnahmten Templergüter stammten. 18 Pfennige wurden für einen Ritterbruder aufgewandt, mit 9 Pfennigen musste ein dienender Bruder auskommen.
Die schließlich gefällten Urteile erstreckten sich vom Freispruch bis zum Tod auf dem Scheiterhaufen. Zum Äußersten kam es allerdings nur in Frankreich, fielen dort doch zahlreiche Templer der Todesstrafe zum Opfer. Dieses harte Urteil traf diejenigen, die von ihrem einmal gemachten Geständnis abrückten und dieses widerriefen. Die ersten Opfer dieser Praxis waren 54 Templer, die im Mai 1310 zum Scheiterhaufen verurteilt wurden. Dies war allein auf das Betreiben des Königs hin geschehen. Philipp IV. hatte einen ihm genehmen Mann auf den Stuhl des Erzbischofs von Sens berufen lassen, der auch für Paris zuständig war. Von einem eilig einberufenen Konzil wurden die Templer verurteilt, die zunächst im Jahr 1307 ein Geständnis abgelegt, dieses aber bei einer späteren Vernehmung widerriefen. Als das Urteil gefällt wurde, blieben sie standhaft: »Kein Einziger bekannte sich zu irgendeinem der Verbrechen, die ihnen zur Last gelegt worden waren. Im Gegenteil, sie stritten beharrlich ab und sagten weiterhin, sie würden ohne Grund und unrechtmäßig hingerichtet, was viele Leute feststellen konnten, nicht ohne große Bewunderung und ungeheures Erstaunen« [Fortsetzung der Chronik des Guillaume de Nangis, Bd. 1, S. 377-378]. Und so bestiegen sie am 12. Mai 1310 die Karren, mit denen sie in die Nähe der Porte Sainte-Antoine gebracht wurden, wo der Scheiterhaufen hergerichtet war, auf dem ihr Leben endete. Weitere Verbrennungen gab es in Senlis, Pont-de-l’Arche und Carcassone.
Wer zur Kerkerhaft verurteilt wurde, hatte ein schweres Los. Unter den harten Haftbedingungen, zum Teil waren die Gefangenen ständig angekettet, starben wohl einige auch der ehemals hochrangigen Templer. Dies war das Schicksal des Ordensmarschalls von Zypern, der 1316 oder 1317 starb, sowie wohl auch des Visitators von Frankreich, Hugues de Pairaud. Doch auch diese Haft konnte enden. So wurde im Jahr 1321 nach zwölf Jahren der Kaplan des Temple von Langres, Pons de Bures, entlassen.
Wer schließlich freigesprochen wurde, lebte nach dem Ende des Ordens von einer Pension in einem der früheren Templerhäuser. Die Mönchsgelübde bestanden weiter, was aber einzelne ehemalige Templer nicht daran hinderte zu heiraten.
Nach dem Tod der Ordensoberen des aufgehobenen Templerordens auf dem Scheiterhaufen in Paris war auch dem Papst und dem französischen König kein langes Leben mehr vergönnt. Auch sie starben noch im Jahr 1314.
Papst Clemens V. gilt als Papst von Gnaden des französischen Königs, aber die moderne Forschung sieht das differenzierter. Er war kränklich und schwach, und schließlich hat er resigniert die Übergriffe und Anmaßungen des französischen Königs mehr ertragen als geduldet, dagegen angegangen ist er nicht.
Clemens V. war der Nachfolger des Papstes Benedikt XL, der für wenige Monate auf Bonifaz VIII. gefolgt war. Bonifaz VIII. hatte lange im Streit mit dem französischen König gelegen, weil Philipp den Klerus besteuern wollte. Der Papst hingegen wollte die Vorherrschaft der Kirche über die weltliche Herrschaft sichern.
Nach dem Tod Papst Benedikts XL am 7. Juli 1304 hatte sich das Kardinalskollegium, in dem sich eine italienische und eine französische Partei gegenüberstanden, zunächst nicht auf einen Nachfolger einigen können, sodass sich das Konklave bis in den November ohne Ergebnis hinzog. Die italienische Partei verlangte die Einsetzung eines Papstes, der eine entschlossene Politik gegenüber König Philipp IV. von Frankreich vertreten würde. Die Franzosen wünschten dagegen einen Landsmann als Papst, der gegenüber dem König zum Entgegenkommen bereit war. Erst am 5. Juni 1305 einigte man sich auf einen dem französischen König genehmen Kandidaten: Bertrand de Got, den Bischof von Bordeaux.
Bertrand war um das Jahr 1264 in Uzeste in der Gascogne, dem französischen Teil des Baskenlandes, geboren worden. Sein Studium der Sieben Freien Künste absolvierte er in Toulouse, in Orleans und Bologna studierte er die Rechte. Zunächst wirkte er in Bordeaux als Kanoniker, dann als Generalvikar des Erzbischofs von Lyon. Papst Bonifaz VIII. machte ihn zum päpstlichen Kaplan, ernannte ihn zum Bischof von Comminges und schließlich zum Erzbischof von Bordeaux. Seit seiner Jugend war Bertrand de Got mit König Philipp IV. bekannt und befreundet. Bordeaux war in dieser Zeit im Besitz der englischen Krone, wenn es auch unter der Lehnsherrschaft des französischen Königs stand. Bertrand war damit kein Untertan des französischen Königs. Dies musste ihn den Frankreich feindlichen gesinnten Kardinälen als Papst empfehlen, hatte er doch auch in den Jahren zuvor bewiesen, dass er sich gegen Philipp IV. stellte, wenn er es für richtig hielt. So nahm er am 24. Juli 1305 die Wahl an und nannte sich fortan Clemens V. Bei der Krönungszeremonie am 14. November 1305 in Lyon hielt König Philipp IV. dem neuen Papst den Steigbügel. Doch bei dem folgenden festlichen Umzug durch die Stadt kam es zu einer Katastrophe: Ein Gebäude fiel zusammen, dessen Trümmer den neuen Papst und seine Truppe unter sich begruben. Zwei seiner Begleiter kamen ums Leben (darunter ein Bruder des Papstes), doch Clemens V. entkam unverletzt, allein die Tiara war ihm vom Kopf gefallen, auch ging der wertvollste Edelstein der Papstkrone verloren. Gleich nach seiner Einsetzung wurde Clemens V. von Philipp IV. zur Rücknahme der von Papst Bonifaz VIII. gegen den König erlassenen Bullen gedrängt. Doch konnte der König sein eigentliches Ziel, die posthume Verdammung des Papstes, nicht erreichen. Die Pläne Philipps IV. zum Erwerb der lateinischen Kaiserkrone von Konstantinopel unterstützte er durch die Gewährung von kirchlichen Zehnten an den König und dessen Bruder, denn Clemens V. hoffte auf eine Rückeroberung Jerusalems von Konstantinopel aus. Für diesen Kreuzzug wurde er nie müde, Gelder zu sammeln. Seine Einstellung zur Ächtung der Templer ist unklar; sicher jedoch ist, dass er diesen Schritt nie aus eigenem Willen oder ohne Druck von Seiten des französischen Königs getan hätte. Es fehlte ihm wohl einfach an der Kraft, sich dem eigenmächtigen Handeln des Königs in den Weg zu stellen.
Denn Clemens V. war ein kränklicher Mann. Unklar ist, woran der ständig um seine Gesundheit besorgte Papst wirklich litt. Nach seiner Krönung waren es rheumatische Beschwerden, die ihn bis Ende 1307 quälten. Auch in den folgenden Jahren war er ständig leidend. Es kann ein Magen-Darm-Leiden, vielleicht eine Krebserkrankung, gewesen sein. Aufgrund seiner Krankheiten blieb der Papst immer wieder über längere Zeiträume selbst von seinen Kardinalen abgeschirmt. Nur wenige Besucher wurden zu diesen Zeiten zu ihm vorgelassen.
Drei Tage nach der Verbrennung von Jacques de Molay und Geoffrey de Charney, am 21. März 1314, ließ Clemens V. in Monteux die auf dem Konzil von Vienne im Jahr 1312, auf dem der Templerorden aufgelöst worden war, vereinbarten Dekretalien verlesen. (Dekretalien sind Papstbriefe, die unabhängig von Konzilsbeschlüssen kirchliches Recht festsetzen.) Er war zu diesem Zeitpunkt aber schon so krank, dass er die Zeremonien nicht mehr selbst abhalten konnte, die zur Gültigkeit des Verkündeten notwendig waren. Um in seinen Qualen Linderung zu finden, machte er sich auf den Weg in seine Heimat. Er hoffte, dort seine Gesundheit wieder herstellen zu können. Am 24. März erreichte er Chateauneuf, wo sich sein Gesundheitszustand sehr verschlechterte. Schließlich brachte man ihn am 7. April nach Roquemaure, wo er zwei Tage später, wohl in Hinsicht auf seinen schlechten Gesundheitszustand, noch einen Zusatz zu seinem 1312 verfassten Testament verfügte. Zunächst hielt er sich in dem königlichen Schloss am Ufer der Rhone auf, dann im Haus des Ritters Guillaume Ricard. Trotz seines schlechten Zustandes setzte der Papst seine Arbeit auch hier weiter fort.