Am 20. April 1314 starb Clemens V. unter großen Schmerzen, Erbrechen und Krämpfen. Die deutsche Fortsetzung der Sächsischen Weltchronik berichtet, er habe auf dem Totenbett seine Schuld am Untergang des Templerordens bereut. Dort heißt es: »In diesem Jahr starb Papst Clemens [V.]. Als er im Sterben lag, weinte er bitterlich und klagte, dass er schuldig sei am Tode Kaiser Heinrichs und dass die Beginen (Frauen, die in klosterähnlichen Gemeinschaften lebten) und die Templer von ihm vernichtet wurden« [Sächsische Weltchronik – Thüringische Fortsetzung].
Der auf der Reise mitgeführte gewaltige Schatz von angeblich einer Million Goldgulden, den Clemens zur Finanzierung des von ihm geplanten Kreuzzuges zusammengetragen hatte, wurde sofort geplündert. Auch sein Neffe, Graf Bertrand von Lomague, bereicherte sich dabei. Zu einem folgenschweren Zwischenfall kam es bei der Aufbahrung seines Leichnams, als eine Kerze auf den Katafalk fiel und alles in Brand setzte. Der Leichnam konnte nur halb verbrannt aus den Flammen gezogen werden. Begraben wurde Clemens V. wie er es selbst gewünscht hatte, in seinem Geburtsort Uzeste. Im Jahr 1568 wurde das Grabmal bei Ausschreitungen der Hugenotten stark beschädigt.
König Philipp IV. überlebte den Papst nur sieben Monate. Am 4. November 1314 erlitt er einen schweren Unfall auf der Jagd in den Wäldern bei Fontainebleau. Sagenhaften Berichten zufolge hatte er die Vision eines Templers.
In der altfranzösischen Chronik, die Jean Desnouelles zugeschrieben wird, findet sich ein recht ausführlicher Bericht, nach dem die eigentliche Todesursache ein Jagdunfall war. Es heißt dort, bei der Jagd im Wald von Bière sei von den Leuten des Königs ein sehr großes Wildschwein aufgeschreckt worden. Philipp IV. nahm auf seinem Pferd die Verfolgung auf. Schließlich war das Tier erschöpft und in die Enge getrieben. Da wandte es sich dem königlichen Jäger zu. Philipp IV. wollte das Wildschwein angreifen, verfehlte es jedoch. Als es nun das Pferd am Bein verletzte, warf dieses den König ab. Dabei blieb er jedoch mit einem Fuß im Steigbügel hängen. Vor Schreck und Schmerz galoppierte das verschreckte Pferd durch den Wald und schleifte den hilflosen König hinter sich her durch das Unterholz, wobei er schwere Verletzungen davontrug. Als ihn seine Leute fanden, schafften sie ihn nach Fontainebleau.
Auf dem Wasserweg wurde der verletzte König nach Poissy gebracht, wo er zehn Tage blieb. Schließlich erholte er sich so weit, dass er bis Essonnes reiten konnte, doch musste er wegen seines wieder zunehmend sich verschlechternden Zustandes von dort aus mit einer Sänfte nach Fontainebleau gebracht werden. Doch nur diese eine Quelle berichtet von diesem Unfall. In zwei weiteren Berichten zu den Todesumständen von Philipp IV. wird von einer länger andauernden Erkrankung gesprochen, die schließlich zum Tode geführt habe. Die Symptome werden nicht beschrieben, auch konnten die Ärzte mit den seinerzeit angewandten Diagnoseverfahren des Pulsfühlens und der Urinschau keine Ursache der Krankheit ermitteln [Continuatio Chronici Guillelmi de Nangiaco, Anno MCCCXIV].
Am 29. November 1314 starb der König dann in Fontainebleau.
Schon die Clemens V. vorangegangenen Päpste hatten sich meist in Perugia oder anderen Orten des Kirchenstaates aufgehalten, da ihnen die Stadt Rom zu unsicher geworden war. Im März 1309 verlegte Clemens V. der nach seiner Wahl nie nach Italien abgereist war, seine eigentliche Residenz auf Dauer nach Avignon. Hier bezog er Räumlichkeiten im prachtvollen Konvent der Dominikaner. Im Jahr 1840 wurde dieser Gebäudekomplex abgerissen, und nur die rue S. Dominique erinnert heute noch an diesen Sitz des Papstes. Allerdings war dieses Quartier nie ein ständiger Amtssitz, mehr ein Ruhepunkt des ohne Unterlass durch das Land reisenden Papstes.
Mit Clemens’ Entscheidung begann das »Babylonische Exil der Kirche«, das schließlich 70 Jahre dauern sollte. Clemens V. hatte sicherlich nicht die Absicht, den päpstlichen Amtssitz endgültig nach Avignon zu verlegen. Die Wahl dieser am linken Ufer der Rhône gelegenen Stadt hatte gute Gründe, gehörte sie doch nicht zum Königreich Frankreich. Im Jahr 1290 hatte Karl II. von Anjou, der König von Sizilien, Avignon als päpstliches Lehen erhalten. Auch die umliegende Grafschaft, die Comté Vaissin, war päpstlicher Besitz. König Philipp II. von Frankreich, der Großvater Philipps IV. hatte sie 1273 an Papst Gregor X. abgetreten. Seither wurde die Grafschaft von päpstlichen »Rectoren« verwaltet. Die Päpste residierten nach Clemens V. lange Zeit als Gäste der Dominikaner in Avignon. Den berühmten Papstpalast, den heute jeder Avignon-Tourist kennt, ließ erst Papst Benedikt XII. (1334-1342) erbauen. Mit dem aufwändigen Bau zeigte er deutlich, dass er keine Absicht mehr hatte, den Sitz des Papstes nach Rom zurückzuverlegen. Aber erst unter seinem Nachfolger, Clemens VI. (1342-1352), wurden die Stadt Avignon und das zugehörige Gebiet für den Kirchenstaat angekauft. Johanna von Anjou, Königin von Neapel, verkaufte im Juni 1348 die Stadt für 80000 Gulden.
Nach dem Tod von Clemens V. blieb der päpstliche Stuhl zwei Jahre unbesetzt. Schließlich wurde Papst Johannes XXII. (1316-1334), wieder ein Franzose, gewählt. Als er den in ganz Deutschland anerkannten König Ludwig den Bayern exkommunizierte, erhob sich gegen ihn eine massive Front von Gegnern. Die deutschen Fürsten erklärten im Jahr 1324 den Papst für häretisch, also zum Ketzer, worauf er mit einem für ganz Deutschland geltenden Interdikt antwortete – niemand durfte also im Deutschen Reich die Messe feiern oder besuchen. Ludwig der Bayer ließ sich in Rom nun von einem Gegner des Papstes krönen und setzte einen Gegenpapst ein, der allerdings alsbald in Avignon um Gnade bat. Unter Benedikt XII. setzte sich diese Auseinandersetzung fort, was dazu führte, dass die deutschen Kurfürsten im Jahr 1338 durch Reichsgesetz erklärten, die Königs- und Kaiserwahl sei von nun an unabhängig vom Papst. Erst dem Nachfolger von Johannes XXII. Clemens VI. gelang es, die Lage zu entspannen. Er konnte die deutschen Kurfürsten dazu bewegen, noch zu Lebzeiten Ludwigs des Bayern einen ihm genehmen Kandidaten, Karl von Luxemburg, zum neuen deutschen König zu machen. Er regierte nach dem Tod von Ludwig als Karl IV. Noch Papst Innozenz VI. (1352-1362) blieb von Rom fern, wenn auch die in der Ewigen Stadt herrschenden Zustände ihn beschäftigten. Dem von ihm nach Italien gesandten Legaten Ägidius Albornoz gelang es mit staatsmännischem Weitblick, die Verhältnisse im Kirchenstaat so weit zu ordnen, dass an eine Rückkehr der Päpste nach Rom zu denken war. Doch auch der folgende Papst Urban V. (1362-1370), obwohl von vielen gedrängt, wollte den letzten Schritt nicht verwirklichen. Auf einer Reise nach Rom sah er sich enttäuscht von den Verhältnissen dort und kehrte trotz der jubelnden Aufnahme durch die Italiener wieder nach Avignon zurück. Nach dem Tod Urbans V. brachen in Italien schwere Unruhen aus. Auf Befehl des neuen Papstes, Gregors XI. (1370-1378), sollten diese Zustände von bretonischen Söldnern beigelegt werden. Und endlich wurde auch der Papstsitz wieder nach Rom verlegt. Großen Anteil daran verdiente sich die unermüdlich auf dieses Ziel hinarbeitende Mystikerin Katharina von Siena. Im September 1376 verließ Gregor XL Avignon und konnte nach langwierigen Verhandlungen mit der Stadt Rom am 17. Januar 1377 dort wieder seinen Sitz nehmen. Doch die von ihm ausgesandte Söldnertruppe, angeführt von Kardinal Robert von Genf, wütete noch immer. Während seiner Bemühungen um eine endgültige Befriedung der Verhältnisse starb Papst Gregor XI. am 27. März 1378. Ihm kommt das Verdienst zu, die Kurie wieder nach Rom zurückgeführt zu haben, doch sollte es durch die Wahl seines Nachfolgers, Urbans VI. und Roberts von Genf zum Gegenpapst, der er sich Clemens VII. nannte, zum Großen Schisma (grch. »Trennung«) kommen, das die Kirche für 39 Jahre spaltete – zwei, manchmal drei Päpste beanspruchten für sich, der wahre Nachfolger Petri zu sein.