Папский престол обвинял Фридриха, стремившегося включить в состав своей империи не только христианские, но и мусульманские народы, во враждебности христианству, колдовстве и чернокнижии. В действительности же этот государь, покровитель искусств и наук, стремился к восстановлению изначального канонического устроения христианской Церкви, возвращению ее к выборности епископов и соборному устройству и, хотя продолжал исповедовать римско-католическую догматику (в частности, введенное папами римскими на «латинском» Западе, под давлением Карла Великого, лжеучение об исхождении Святого Духа не только от Бога-Отца, но и от Бога-Сына – пресловутое «филиокве»), все активнее стремился к диалогу с Восточной – греко-католической (а если быть точней, то греко-кафолической), или Православной – церковью.
Подобно жизни других императоров из дома Гогенштауфенов, вся жизнь Фридриха II была омрачена конфликтами с папским Римом. Еще во время своей коронации германским королем в Ахене в 1212 г. Фридрих дал обет принять участие в Крестовом походе. В период между 1219 и 1229 гг. обетованный поход в Святую Землю дважды откладывался им на более поздний срок. И все три раза срок выступления Фридриха в поход продлевался (анти) папой Гонорием III.
По Сан-Джерманскому договору 1225 г. Фридрих снова обязался выступить в Крестовый поход не позднее, чем через два года. Но это была уже последняя попытка. В случае нарушения данного обета императору грозило отлучение от Церкви. Когда Григорий IX в 1237 г. взошел на папский трон, он менее чем через месяц после своей интронизации призвал Фридриха выполнить, наконец, свое обещание. Хотя тысячи других крестоносцев, собравшиеся в августе того же года в южно-итальянском порту Брундизиуме (Бриндизи), не смогли переправиться морем в Святую Землю вследствие вспыхнувшей среди них эпидемии, император Фридрих, тем не менее, вышел в море. Однако в пути он также тяжело заболел и был вынужден снова сойти на берег в Отранто. Папа счел его болезнь притворством и по прошествии месяца отлучил Фридриха II (которого, за терпимость к магометанам, именовал не иначе, как «сицилийским султаном»), от Церкви (правда, не только за задержку с отправлением в Крестовый поход, но и за враждебность к основанной крестоносцами в завоеванном ими в 1204 г. отнятом у греков-византийцев Константинополе Латинской империи и за дружественные отношения с враждебным этой империи, правившим в Никее Иоанном Ватаци, объявившим себя наследником православных византийских императоров-василевсов). Тем самым ему было запрещено участвовать (до снятия отлучения) в Крестовых походах.
Невзирая на папское отлучение, римско-германский император весной 1228 г. направил своего маршала в сопровождении пятисот рыцарей в Палестину. В конце июня за ними последовал сам император во главе трехсот рыцарей (каждого рыцаря, за исключением самых бедных, «однощитных», сопровождало – в зависимости от его благосостояния – некоторое число вооруженной и невооруженной челяди – оруженосцев, лучников, пеших ратников, конных или пеших слуг, пажей и т.д.). Незадолго до высадки в Акконе, Фридрих II получил известие, что папа повторно отлучил его от Церкви, ибо он отправился в Крестовый поход, не дожидаясь снятия с него предыдущего отлучения.
Один из самых выдающихся вассалов этого величайшего монарха из дома Гогенштауфенов – Томмазо (Фома) I ди Аквино, граф Ачерра, будучи императорским наместником в Сирии, фактически проложил Фридриху путь в Страну Обетованную, сопровождал императора в его первом походе в Германию, затем был послан особым уполномоченным на Сицилию, а позже вел от имени «сицилийского султана» переговоры с папой римским. Впоследствии Томмазо II из Аквино (Аквинат), другой наместник Фридриха (и его зять), погиб вместе с последним Гогенштауфеном – Конрадином – в борьбе с французами Карла Анжуйского за Сицилию. Любопытно, что ближайший родственник двух этих лангобардских сторонников императора («гибеллинов») – виднейший римско-католический богослов Томас (Фома) Аквинский, автор «Суммы богословия» (лат.: Summa Theologiae), неустанный проповедник идей древнегреческого «царя философов» Аристотеля, прозванный «ангелическим доктором», пошел явно «не в родню», поставив все свои силы и таланты на службу партии «гвельфов» – сторонников духовной и светской власти римских пап. Но это так, к слову…