Капрал, сумевший за мгновения переломить ход боя, спрыгнул обратно в траншею и, сменив магазин, продолжил огонь из-за укрытия. К нему стали подтягиваться отступившие румынские стрелки. Юрковский метнул в траншею гранату и, стреляя, бросился следом, его поддержали. В рукопашной схватке траншея была захвачена. Около двух десятков румын, не успевших отойти, сдались в плен. Бойцы стали закрепляться в румынских окопах.
Бронекатера, прекратившие с началом атаки огонь по берегу, после достигнутого успеха стали уходить за второй волной десанта.
«БК-133», отдавший якорь, теперь не мог его поднять — очевидно, отданный якорь зацепился за колья и застрял.
Командиру отделения Бабошину пришлось нырять и очищать якорь.
Пока «БК-133» пытался вновь обрести подвижность, на него доставили захваченных пленных. Но охранять их было уже некому, оставшейся в строю команды хватало только на управление бронекатером в бою. Его командир старший лейтенант Ткачёнко распорядился: «Всех пленных в нос и на корму! Держать под прицелом пулеметов! Чуть что — огонь!» И бронекатер наконец двинулся в обратный путь.
В это время к месту высадки подтянулись буксиры. Получив подкрепление, Юрковский стал выкуривать румын из прибрежных дзотов, на очищенном от противника маленьком плацдарме перед городом постепенно сосредоточился 1-й батальон Васицкого. Огонь противника по фарватеру заметно ослабел, и доставка основных сил десанта прошла без особых проблем, с небольшими потерями: два катера получили незначительные повреждения, один матрос был убит, двое тяжело ранены.
Начался бой непосредственно за город, но он не носил уже такого ожесточенного характера, как бой на берегу. Единой системы обороны у противника в городе не было. Если возникали заминки, то наиболее опасные опорные пункты штурмовали десантники роты Юрковского. В целом наступлением в городе фактически руководил также Юрковский, со своей ротой продвигаясь впереди основных сил через город по его центру, а комендантская полурота Клеткина и взвод приписной роты Мустафы двигались через западные кварталы вдоль протоки Татару. Обе группы, по замыслу Юрковского, с двух сторон вышли к городскому кладбищу, где находились позиции румынской артиллерии. Румыны отошли, успев вывезти только одну батарею из трех занимавших позиции у кладбища — остальные были либо частично разбиты во время дуэли с мониторами, либо потеряли лошадей. Одна из батарей 37-мм пушек была захвачена неповрежденной — она находилась в толстостенном кирпичном складе, с окнами-амбразурами, глядящими на причалы в затоне Татару на случай попытки обхода по протоке, и участия в бою не приняла. Юрковский дал белую ракету, означавшую прекращение поддержки десанта огнем с катеров.
На захваченном берегу была организована радио-, а затем и телефонная связь.
Телефонный кабель через Дунай из-за сильного течения удалось завести только с третьей попытки, когда к нему через равные промежутки были привязаны тяжелые камни.
После этого на берег перебрался ПНШ-1 Овчаров.
В городе имели место стычки не только с румынскими солдатами, но и с колонистами-осадниками. Это были вышедшие в отставку унтер-офицеры и капралы, получившие земельные участки за беспорочную службу. Осадники помогли солдатам одной из румынских рот 15-го морского батальона, которые не имели боевого опыта и, находясь в резерве, были окружены в районе кладбища, вырваться из окружения и отойти на ближние хутора, расположенные в 3 км от Килия-веке. Их преследовал взвод Мустафы.
К 8 часам утра бой в городе в целом прекратился. Только на колокольне в центре города продолжал отбиваться из пулемета немецкий офицер-инструктор с несколькими румынскими солдатами. На подавление пулемета, который не удалось уничтожить силами штурмовых групп из-за понесенных потерь, были выделены сначала «БКА-134», а затем и монитор «Мартынов». Пулемет замолчал, но, когда на площади перед колокольней появились Овчаров и секретарь комсомольского бюро полка лейтенант Буров, собиравшиеся водрузить на ней красный флаг, открыл огонь снова. Тогда колокольню стали обстреливать из подтянутой «сорокапятки». После трех выстрелов с колокольни спустились трое румынских солдат, кричавших, что они сдаются.