Царизм не мог оставить без внимания и учебные заведения. Над некоторыми из них ввели военный надзор. У новых подданных отняли право учиться в западных университетах, которым беларусы пользовались несколько веков. Делались попытки вернуть обратно тех, кто уже получал образование в Европе. Языком обучения в Беларуси в первые десятилетия после аннексии был польский. Может показаться странным, но тогда, уже в Российской империи, полонизаторы достигли немалых успехов. В Петербурге считали, что на захваченных землях лучше иметь дело с одними поляками. (Есть народ — есть проблема, нет народа — нет проблемы.)
С другой стороны, неуклонно набирала обороты русификация. Забегая вперед, отмечу, что за 150 лет Российская империя, пользовавшаяся природными, экономическими и людскими ресурсами Беларуси, не разрешила открыть ни одной беларуской школы. Первые такие школы появились в годы Первой мировой войны на территории, занятой немцами, чья военная администрация признавала беларусов самостоятельным народом. беларуское книгопечатание и пресса были официально разрешены хотя и в очень ограниченных масштабах и без государственной поддержки только после революции 1905 года.
Не доверяли даже лояльному к Петербургу православному духовенству. Священников-беларусов переводили вглубь империи, а на освободившиеся места оттуда ехали русские, не знавшие ни языка, ни местных традиций. Они с подозрением пересматривали списки беларуских святых, понижали их в ранге, безжалостно боролись с колядованием, купальем и другими исконными обычаями беларусов. Об отношении верующих к этим православным "миссионерам" губернаторы докладывали Павлу I: "Присланные священники не способны к исполнению своих обязанностей и к поддержанию хороших отношений с людьми, этот край населяющими. Они стали ненавистны народу". Начался принудительный перевод в православие униатов, или греко-католиков, которые по подсчетам известного ученого, доктора исторических наук Анатолия Грицкевича в конце XVIII в. составляли около 80 % беларуского населения. Эта цифра свидетельствует, чего стоят утверждения о том, что Россия освободила православных беларусов (которых тогда насчитывалось менее 10 %) от религиозного гнета. Между тем именно декларированная защита прав "единокровных" и "единоверных" беларусов в том же XVIII в. много раз становилась поводом для вооруженного вмешательства во внутренние дела Речи Посполитой.
Ограничительные законы были приняты по отношению к евреям. В 1794 г. российские власти установили так называемую "черту оседлости", за которой иудеи не имели права селиться. Но и на разрешенной территории они не могли жить за пределами городов и местечек. Еврейские мещане, купцы и ремесленники должны были платить вдвое большие государственные налоги, чем христиане. На государственном уровне насаждался антисемитизм.
Колониальное положение бывшего Великого Княжества Литовского вынуждало многих патриотов покидать родину. Недовольны новыми порядками были и самые широкие слои населения. Вот почему война 1812 г. для Беларуси в отличие от ее восточного соседа не была Отечественной. С Наполеоном связывались надежды на восстановление ВКЛ. В беларуских полках "Великой армии" французского императора воевало не менее 25 тысяч солдат и офицеров. Надежды на возвращение независимости, как известно, не оправдались, а шесть месяцев войны России с Бонапартом унесли жизни еще миллиона беларусов — каждого четвертого…
После подавления восстания 1831 г. царские власти перешли к последовательной политике полной русификации Беларуси. С этой целью при российском правительстве был создан Особый комитет по делам западных губерний. Первым делом он предложил резко расширить на присоединенных к империи территориях земельные владения русских дворян и чиновников, даровав им многочисленные привилегии. В крае развернулась чистка государственных учреждений, судов, органов образования и культуры от служащих местного происхождения. Их место занимали уроженцы центральных российских губерний, которых привлекали большие надбавки к окладам и возможность быстрой карьеры. Все делопроизводство и обучение было переведено на русский язык. В 1832 г. власти закрыли Виленский университет, остававшийся единственным высшим учебным учреждением на землях бывшего ВКЛ. (Еще раньше, в 1820-м, та же участь постигла Полоцкую академию, имевшую университетский статус.)
Резко усилилось давление на униатов, которые знали, что они — не русские и не поляки, потому что религия у них не православная и не римско-католическая. Священники должны были служить по книгам, присланным из Москвы и Петербурга. Несогласных судили как церковных преступников. На глазах у верующих из храмов выбрасывали боковые "римские" алтари, ломали органы. Но даже в условиях жестокого преследования из 680 священников беларуской униатской диоцезии в 1838 г. за присоединение к православию подписались только 186. Тем не менее в следующем году под эгидой властей состоялся Полоцкий церковный собор, где было объявлено о возвращении верующих униатов "в лоно прародительской православной веры, дабы пребывать отныне в послушании Святейшего Правительствующего Всероссийского Синода". Закрытие греко-католических храмов, монастырей и школ сопровождалось массовым сожжением религиозных и учебных книг, уничтожением церковных интерьеров.