Здесь, в келье, заполненной книгами (библиотека Хуаны Инес к концу ее жизни достигла четырех тысяч томов, причем многие из книг были подарены ей их авторами), заваленной географическими картами и чертежами, заставленной музыкальными инструментами и приборами для опытов, она вкусила, наконец, в полной мере радость познания. Ее увлекало все: философия, риторика, литература, физика, математика, история. Многие часы были отданы музыке.
Шли годы этой удивительной жизни... В монастырской келье, более похожей на кабинет ученого или лабораторию алхимика, женщина семнадцатого века жила по законам двадцатого, жила, руководимая независимым духом и разумом, свободная от условностей своего времени, недоступная для уготованной ей женской судьбы. Монашескую келью она превратила в храм науки, а под звуки церковных песнопений ее перо рождало бессмертные лирические стихи...
Однако и в монастыре Хуана не нашла желанной «свободы одиночества». И там ей пришлось нести бремя многочисленных и докучных обязанностей, то и дело отрывавших поэтессу от любимых книг. Ее блестящий ум и эрудиция привлекали толпы посетителей, жаждавших удостоиться беседы со знаменитой монахиней. «Едва берусь я за книгу, как в соседней келье кому-то приходит в голову петь и музицировать; едва начинаю что-то обдумывать, как слышу ссору служанок и принуждена прервать свои занятия, дабы рассудить их спор; едва мое перо прикасается к бумаге, как знакомая дама жалует ко мне с визитом и нарушает мой покой, желая доставить мне удовольствие, а посему я должна не только мириться с ее вторжением, но и испытывать к ней благодарность», — так пишет поэтесса о своей жизни в монастыре. Но стремясь к одиночеству-уединению, Хуана Инес де ла Крус страдала от одиночества-отъединенности, от одиночества внутреннего, проистекавшего от ее «преждевременности», несоответствия своей эпохе. Ее монашеская келья была средоточием интеллектуальной жизни обеих Испаний: поэтесса состояла в переписке с виднейшими учеными и поэтами метрополии, поддерживала тесную и постоянную связь с литературными и учеными кругами Мексики, и все же, по ее собственным словам, у нее не было никого, с кем она могла бы обсудить свои сомнения и поделиться своими мыслями: «Моим же единственным наставником остается безгласная книга, а соучеником — бесчувственная чернильница, и вместо советов и совокупных догадок — бесконечное множество помех...» Добавим еще и полную для нее невозможность применить свои познания: глубокий аналитический ум и способности Хуаны Инес, снискавшие ей славу «ученой женщины», несомненно таили в себе вероятность «женщины-ученого», мексиканской Марии Кюри или Софьи Ковалевской, но эта вероятность никоим образом не могла осуществиться в условиях той эпохи.
Исподволь, незаметно подкрадывалось разочарование. Разочарование в том, что еще недавно составляло для нее смысл жизни, — в науке. Ее вера во всемогущество разума была поколеблена. Долгая борьба со своим собственным сердцем, лишенным обыкновенного женского счастья, тяжкое бремя исключительности — все это мало-помалу привело Хуану Инес де ла Крус к горьким сомнениям в пользе служения науке. Монастырь и эпоха не давали вырваться на простор ее разуму. Знания, не разделенные и не примененные, были бессмысленны и тягостны. В отчаянии поэтесса осуждает «чрезмерную ученость», которая не в силах разрешить «вечный спор добра и зла», избавить людей от страданий...
жалуется она в одном из своих романсов («Мой грустный ум! Хоть на мгновенье...»).
Восстание в Мехико городской и индейской бедноты, потрясшее столицу летом 1692 года, жестокая расправа испанских властей над повстанцами явились для Хуаны Инес симптомами всеобщего неблагополучия и дисгармонии и способствовали углублению ее душевного кризиса. В довершение всего она была больно уязвлена посланием дона Мануэля Фернандеса де Сантакрус-и-Саагуна, епископа Пуэблы, скрывшегося под именем сестры Филотеи. В этом послании епископ увещевал поэтессу отказаться от мирских занятий и всецело посвятить себя религии. Он укорял ее за сочинительство светских стихов, считая избранные ею темы недостойными монахини. В своем послании «Ответ поэтессы достославной сестре Филотее» Хуана Инес горячо защищала свое пристрастие к наукам, оправдывая его присущей человеку жаждой знаний. Она приводила в пример имена известных в истории женщин, с успехом посвятивших себя науке и искусству, и напоминала епископу, что даже отцы церкви полагали благотворным женское образование, видя в нем ощутимую пользу для общества.