При назначении Джеймса Монро было решено упразднить должность директора уголовных расследований, а руководителя Департамента уголовных расследований сделать третьим помощником комиссара. В теории это должно было избавить департамент от неестественной ситуации, при которой начальник сыскной полиции не имел юридической власти над своим отделом, однако Монро выступил за сохранение собственной независимости от комиссара и прямое подчинение министру, что оказалось неприемлемым для Уоррена, стремившегося навести в Столичной полиции военную дисциплину.
Еще одним поводом для конфликта стало учреждение новой должности помощника главного констебля, на которую Монро продвигал своего индийского друга Мелвилла Макнотена. Однако Уоррен отказался утвердить его кандидатуру. Летом 1888 года конфликт вылился практически в открытое противостояние и в конце августа того же года Монро был уволен, а на его место назначен его друг и соратник по борьбе с ирландскими террористами доктор Роберт Андерсон (1841–1918).
Такая принудительная смена руководителей отрицательно сказалась на работоспособности и настроении центрального управления департамента. Андерсон вспоминал об этом времени:
"Чиновники Департамента уголовных расследований были деморализованы тем отношением, с которым обошлись с их бывшим руководителем; и в течении всего этого времени после его практической отставки ходили зловещие слухи о назначении его преемника. Если бы было объявлено, что после его официальной отставки 31-го августа я должен сменить его на этом посту, волнения, возможно, улеглись бы. Ибо все основные чиновники знали и доверяли мне.
Но по какой-то тайной причине этот вопрос держался в секрете, и мне было приказано не сообщать о моем назначении. Я имел обыкновение часто посещать кабинет м-ра Монро, поскольку мы сотрудничали по вопросам политических преступлений; но когда я сделал это теперь, и сэр Чарльз Уоррен воспользовался моим визитом, чтобы прийти увидеться со мной, сразу вообразили, что он шпионил за мной, потому что я был другом м-ра Монро. Негодование, испытанное чиновниками, было большим, и мне было довольно трудно уговорить старшего суперинтенданта Уилльямсона не подавать прошение об отставке."
Это тяжелое время в департаменте совпало с серией убийств осенью 1888 года, совершенных в Восточном Лондоне и приписанных таинственному Джеку Потрошителю. Несмотря на все усилия детективов, убийства так и остались нераскрытыми, а паника, охватившая весь Лондон, сопровождалась ожесточенной газетной критикой Департамента уголовных расследований и его руководства.
Андерсону удалось благополучно провести департамент через этот кризис, и все оставшееся время до отъезда Холмса в Суррей никакие внутренние и внешние бури более не сотрясали сыскную полицию, позволяя ей заниматься своей ежедневной работой. Со времен реформ Винсента чиновники департамента сумели распутать множество громких преступлений, в том числе и убийств.
В 1881 году было раскрыто второе в истории Англии железнодорожное убийство, совершенное в июне 1881 года Перси Лефроем Мэплтоном.
В 1883 году был выведен на чистую воду морфинист доктор Джордж Лэмсон, отравивший в декабре предыдущего года при помощи пропитанного аконитом кекса своего шурина-калеку Перси Джорджа.
Томас Оррок, убийца констебля Коулса
В 1884 году детектив-сержант Коб, расследуя убийство своего коллеги Джорджа Коулса двумя годами ранее при попытке арестовать грабителя баптисткой церкви в Далстоне (Лондон), вышел на ист-эндских приятелей некоего Томаса Генри Оррока, на которого пало подозрение, и сумел найти на тоттнемских болотах, куда Оррок с этими приятелями ходил стрелять из револьвера, дерево с засевшей в нем пулей, идентичной той, который был убит Коулс.
В 1887 году полиция смогла найти в Излингтоне и арестовать Томаса Каррела, который застрелил во время ссоры в Хокстоне свою подругу Лидию Грин.
В 1890 году полиция предала правосудию миссис Мери Элеонор Перси, которая убила в Камден-Тауне жену и ребенка своего бывшего содержателя Фрэнка Хогга, а тело вывезла на детской коляске в Хэмпстед, где и бросила.
В 1891 году благодаря предательству приятелей по банде "Слепых нищих" полиция арестовала Поля Вогана, нанесшего смертельную рану мистеру Фреду Клейну, ткнув в глаз наконечником трости в вагоне подземки.
В 1892 году детектив-инспектор Джон Танбридж раскрыл дело канадского доктора Томаса Крима, отравившего в Лондоне четырех проституток стрихнином.
В 1896 году детектив-сержант Уэнсли из Эйч-дивизиона арестовал Уильяма Симена, который при попытке ограбить дом на Тернер-стрит в Степни убил Джона Леви и заколол его домохозяйку миссис Гейл.