Тяжелое детство было и у самого Ивана Васильевича — первого, официально принявшего на себя царский титул. Он остался без отца в три года, без матери —
в неполных восемь лет, и, разумеется, нормальный ход событий этим сиротством был сбит.
Долгожданный наследник, он появился на свет, когда отец его, великий князь Василий III, совсем отчаялся иметь детей: его первый брак с Соломонидой Сабуровой был бездетным, а во втором, с Еленой Глинской, первенца пришлось ждать более трех лет. На радостях великий князь не только роздал множество наград и подарков, но и снял опалу с целого ряда своих приближенных.
Крестить Ивана родители отправились в Троице- Сергиев монастырь. Крестных отцов-восприемников — сразу троих — для княжича выбрал сам Василий III. Именно по его настоятельному желанию крестным отцом Ивана стал один из самых почитаемых старцев Иосифо-Волоколамского монастыря — любимой обители Василия — Кассиан Босой. Старца, глубокого старика, «яко младенца привезоша» и во время совершения обряда постоянно поддерживали под руки два троицких инока. Другим крестным отцом стал хорошо известный великому князю игумен Троицкого монастыря в Переславле-Залесском Даниил, вскоре после смерти причисленный к лику святых. Третьим восприемником был старец Троице-Сергиева монастыря Иев Курцов.
Крещение состоялось 4 сентября 1530 года. После этого великий князь сам возложил младенца на гробницу преподобного Сергия, отдавая его под покровительство самого почитаемого из русских святых.
Умирая, отец подозвал Ивана к себе и благословил его крестом св. митрополита Петра. Мамке наследника боярыне Аграфене Челядниной умирающий приказал «ни пяди не отступать» от ребенка. Ивану в то время шел четвертый год, но на него легли уже довольно многочисленные обязанности по представительству. Через несколько дней после смерти отца он — государь — принимал гонцов от крымского хана «и подавал им мед», а в феврале 1535 года вместе с матерью присутствовал на торжественной церемонии переноса мощей одного из главных патронов московской митрополичьей кафедры — св. Алексия, митрополита — в новую раку. В июне 1536 года (неполных шести лет) он отправился на свое первое богомолье в Троице-Сергиев монастырь. В августе 1536 года принимал литовских послов, причем у трона шестилетнего великого князя «берегли» кн. Василий Васильевич Шуйский и конюший князь Иван Федорович Овчина-Телепнев-Оболенский — родной брат Аграфены Челядниной и любимец царицы Елены Глинской. Мальчик просидел весь прием, время от времени произнося полагавшиеся слова. Лишь от обеда, устраивавшегося обычно в честь послов, отказались: от имени великого князя бояре сообщили послам, что при его малом возрасте ему «будет стол в истому». Крымским послам в аналогичной ситуации объяснили, что великий князь ест у матери.
До шести лет Иван, как положено, жил на материнской половине, затем к нему был приставлен дядька Иван Иванович Челяднин, племянник (по мужу) мамки Аграфены.
Иван был царь; мать — правительница при нем, и власть она держала крепко, железной рукой расправляясь со всеми потенциальными узурпаторами.
Потом мать умерла. Одновременно ушли и другие близкие Ивану люди: советника матери Ивана Овчину- Телепнева-Оболенского уморили в тюрьме голодом «и тягостию железною», а мамку Аграфену сослали в Каргополь и постригли в монахини. Началась ожесточенная борьба за власть — «боярское правление», одно из тех, о котором в народной памяти остались потом самые тяжелые воспоминания.
Иван был царь. Перед ним становились на колени, ему целовали руку, ему льстили и потакали, пока он сидел на престоле, но в частной жизни Иван был бессилен и безгласен. При нем люди из враждующих группировок врывались во дворец, избивали, убивали и мучили друг друга — и не обращали ни малейшего внимания на слезы и мольбы малолетнего государя пощадить того или иного боярина. И за кулисами тронного зала Иван чувствовал себя пренебреженным, заброшенным, игрушкой в чужих руках.
Опекунами Ивана и его «скорбного главой» брата Юрия в конце концов стали князья Шуйские, которые совсем забросили детей: те обносились; их часто элементарно забывали покормить. В этих обстоятельствах говорить о каком-то систематическом образовании юного государя, видимо, не приходилось. Еще при матери он должен был обучиться грамоте, письму и молитвам, и на этом учение для него надолго прекратилось.