Еще одной очень важной особеностью строения стеблей является включение в их структуру сигнальной подсистемы организма растения, имеющей свои ответвления практически во всех его органах. Однако главные каналы связи проходят именно через стебли. По этим каналам внутренняя информация организма поступает из одной подсистемы в другую, координируя таким образом во времени начало и прекращение тех или иных реакций, запрограммированных алгоритмами соответствующих фн. ячеек. Эти же сигналы служат для внесения коррекции в указанные алгоритмы. Здесь следует отметить, что само понятие организм включает в себя наличие условно целостной биологической системы с обязательным присутствием сигнальной подсистемы. Именно благодаря сигнальной подсистеме некое скопление органических клеток объединено в систему единого организма. В простейших организмах растений сигнальная подсистема появилась вначале также в довольно зачаточном состоянии, развившись со временем в примитивную первую сигнальную подсистему, положившую одновременно начало появлению духовности в организме. Как уже отмечалось, сигнальная подсистема организмов растительно-животного мира имеет биоэлектрическую природу. С ее помощью происходит тесное взаимодействие подсистем единой структуры организма, регулирование во времени алгоритмической деятельности тех или иных фщ. единиц.
Здесь необходимо также отметить и то, что в столь сложных системных образованиях, каковыми являются организмы I-го поколения, свое дальнейшее развитие получило общее для всей живой организации Материи свойство раздражимость. Под раздражимостью понимают способность системы отвечать на внешние воздействия такой реакцией, которая по своей силе, месту и характеру не соответствует силе, месту и характеру самого внешнего воздействия, при этом данная реакция имеет обратимый характер, что способствует ее многократному повторению. В организмах, даже самых примитивных, раздражимость проявляется в гораздо более сложной, чем в изолированном белковом комплексе, дифференцированной форме, имеющей свое определенное функциональное значение, однако и здесь она базируется на закономерностях, свойственных всем системным формированиям, а именно: перемещении в определенный период времени отдельных фщ. единиц из одних фн. ячеек в другие. Элементарной формой раздражимости является способность находящегося в клетках миозина отвечать сокращением при воздействии на него минимальным количеством АТФ, как естественного химического раздражителя. Реакция сократительного белка на АТФ исчезает, если блокировать одну из важнейших реактивных групп белков - сульфгидрильную группу. Восстановление этих групп в структуре сократительного белка восстанавливает и реакцию белка на названный раздражитель. Растения не имеют специальных тканей или какого-либо координационного центра, воспринимающих и проводящих раздражения. Однако, несмотря на относительную примитивность реакций растений на раздражения, сложнейшая подсистема плазматических, сосудистых и гормональных связей, объединенная в примитивную сигнальную подсистему, в свою очередь объединяет все их части и органы в единый целостный организм и регулирует все физиологические и биологические процессы. Возбужденный участок ткани или органа растения приобретает отрицательный по отношению к невозбужденным участкам заряд, вследствие чего между возбужденным и невозбужденным участками возникает электрический ток (биоэлектрический потенциал). Кроме того, в возбужденном участке образуются (или освобождаются) вещества высокой физиологической активности (ауксины и другие фитогормоны), которые передвигаются к другим участкам ткани и, наряду с биотоками, вызывают в них состояние возбуждения. Скорость распространения возбуждения у растений составляет единицы и десятки микронов/сек. Претерпев соответствующие молекулярно-физические изменения в ответ на воздействие раздражающих агентов, белковые структуры в силу действия имеющейся генозаписи их исходного построения вновь возвращаются в свое первоначальное состояние и могут снова реагировать на те или иные воздействия. Энергия ответной реакции на раздражение обычно пропорциональна, но не равна энергии раздражения, так как реакция на раздражение осуществляется за счет внутренней энергии организма растения, накопленной ранее при ассимиляции. Если в предыдущих реакциях на раздражения эта внутренняя энергия израсходовалась, то новые раздражения не будут вызывать ответной реакции до тех пор, пока не восстановятся исходный энергетический уровень и другие свойства возбуждаемого участка ткани. Очень сильные раздражения не стимулируют, а наоборот, угнетают жизнедеятельность организма, и при достаточной продолжительности действия такие раздражители нарушают нормальный ритм его функционирования. В силу этого сила раздражения должна быть строго дозирована.
Организмы I-го поколения, несмотря на их относительную примитивность, имели уже довольно надежную подсистему алгоритмозаписи, в основе которой лежит биохимическая запись генетического кодирования ДНК. В ней собирается информация практически от всех клеток, входящих в организм. По мере усложнения системной организации растений повышалась надежность и подсистемы алгоритмозаписи, обеспечивавшей кодирование развертывания структуры фн. ячеек всех подсистем организма, соотнесенное с пространственно-временными интервалами. Вначале подсистему алгоритмозаписи имел практически каждый орган растения. Так до сих пор существуют растения, у которых при культивировании лишь одного органа происходит развертывание всех остальных. К ним можно отнести лесной ландыш (корневище), тополь (часть стебля) и т.д. Однако, в конечном итоге, наиболее надежной оказалась система записи алгоритмов, производимая в особом, специально для этого предназначенном органе растения его семенах. Одно из главных преимуществ такой записи является возможность ее реализации (алгоритмочтения) с большим интервалом как в пространстве, так и во времени.
И действительно, семена можно перенести на многие километры от материнского растения и посадить, то есть дать начало развития нового организма растений, через несколько лет после отделения семени от родителя. Все это отвечало требованиям Развития Материи по ординатам качества-времени-пространства. Мы не будем останавливаться на самом механизме алгоритмической записи развертывания структур подсистем всего организма растения в зародыше семян, однако отметим, что запись эта настолько полная, что включает в себя количественное и качественное отличие всех входящих в структуру данного организма фн. ячеек, время их развертывания и период функционирования, а также алгоритмические особенности каждой группы функционально обособленных ячеек. Поэтому как только семя попадает в соответствующую фн. ячейку биогеоценоза, тут же включаются его биочасы и начинается декодирование кропотливо составленной генозаписи зародыша, являющееся первой фазой развертывания структуры организма очередного растения.
Семена, как известно, помимо генетической записи зародыша имеют и небольшой запас (сухой паек) тщательно отобранных элементов, необходимых для использования в качестве фщ. единиц на первых порах развертывания структуры растения. Позднее, по мере развития их различных подсистем, организмы растений стали более запасливыми и помимо накопления строго обязательного запаса необходимых элементов в семени, они начали также аккумулировать значительное количество элементов в другой своей, более обширной аккумулятивной подсистеме - плодах. При созревании плодов основная масса их фн. ячеек, имеющих главным образом аккумулятивную функцию, заполняется всеми элементами, необходимыми для нормального развертывания из семян первых подсистем растения. Это заполнение, как и все трансформации в растениях, происходит не хаотически, а повинуясь строгому регламентированию соответствующими алгоритмами, согласно которым строго определенные молекулярные соединения в виде фщ. единиц заполняют отведенные для них фн. ячейки, где они с помощью энергии Солнца полимеризуются в более сложные соединения, что обеспечивает им более продолжительный период существования. В последующем, после завершения созревания плода и семян, то есть когда все фн. ячейки их структур наполнятся соответствующими фщ. единицами, плод вместе с семенами опадает на верхний слой почвы, где происходит деполимеризация его фщ. единиц, в результате чего создается среда питательных элементов для находящихся здесь же семян. Поэтому, как только из семени начинается развертывание структуры нового растения, сохранившиеся элементы деполимеризированного плода служат основным источником, обеспечивающим заполнение его фн. ячеек соответствующими фщ. единицами.