В процессе своего формирования каждое семя проходит стадию оплодотворения, то есть момент соединения двух системообразующих структур пыльцы и яйцеклетки. Это соединение служит целям улучшения генотипа растений посредством распространения более совершенных структур фн. ячеек подсистем, образовавшихся при мутации генов. Совершенствование этого процесса шло по пути от обоеполых растений через однодомные, то есть у которых есть и тычиночные, и пестичные цветки, до двудомных, где тычиночные и пестичные цветки расположены на разных растениях. Таким образом, уже у организмов I-го поколения сформировались особи разных полов. Появление семян от разнополых растений обеспечивает наличие генозаписи как минимум от двух родительских системных образований, что способствует постоянному совершенствованию структуры фн. ячеек данного вида растения и соответственной оптимализации совокупности их алгоритмов. Генозаписью алгоритмов построения и функционирования фщ. единиц всех подсистем растения, произведенной в ДНК клеток зародыша семян, а также обеспечением минимального запаса необходимых при развертывании структуры организма элементов, сосредоточенного в плодах, практически заканчивается фн. деятельность большинства растений - организмов I-го поколения. Отфункционировав, структуры их подсистем распадаются, а фщ. единицы, заполнявшие ранее их фн. ячейки, деполимеризуясь, покрывают верхний слой почвы, образуя и поддерживая таким образом ее гумусовый слой. В дальнейшем разрозненные элементы гумусового слоя могут войти в состав фщ. единиц структуры нового растения с тем, чтобы, отфункционировав там, вновь вернуться в гумусовый слой. Этот процесс бесконечен и составляет основу биогеоценоза.
Как ни велико множество разновидностей организмов I-го поколения, функциональная нагрузка их в целом одинакова, а разница состоит лишь в структурной организации их подсистем, приспособленных под те или иные особенности биогеоценоза, в котором они территориально размещены и фщ. единицами которого они сами являются. Поэтому, исчерпав весь набор возможных функциональных приращений () в структурах организмов I-го поколения, Развитие Материи перешло в новую область - к конструированию структур с новыми функциями у организмов с более высокой системной организацией, которые объединяются в следующую группу - организмы II-го поколения. Их появление было следствием существования уже достаточно развившихся организмов I-го поколения, хотя последующее одновременное функционирование и развитие организмов обоих поколений несколько затушевывает вторичность генезиса организмов II-го поколения. Но уже то, что их различает, а именно: при формировании фщ. единиц для фн. ячеек своих подсистем в последних используются в качестве основы комплексные блоки фщ. единиц организмов I-го поколения, раскрывает очередность появления поколений.
К II-му поколению организмов относятся все растительноядные представители животного мира. Развитие у них подсистемы ускоренного искусственного расщепления органических соединений тканевых структур растений позволило им добывать в большом количестве комплексные материальные соединения, с помощью которых они могли постоянно заполнять фн. ячейки своих все более усложнявшихся подсистем, что способствовало появлению фн. ячеек с новыми свойствами и соответствовало движению Материи по ординатам качества-времени. Мы не будем подробно анализировать эволюцию организмов II-го поколения от простейших одноклеточных до современных нам хордовых класса млекопитающих травоядных животных. Отметим лишь, что главной причиной дивергенции их системной организации была потребность следования законам Развития Материи. Основой этого длительного процесса явилось усложнение морфофизиологической структуры организмов, что привело к появлению в протерозойскую эру (2 млрд. лет назад) животных с двусторонней симметрией тела с дифференцировкой его на передний конец и задний. Передний конец стал местом для развития органов чувств, нервных узлов, а в дальнейшем - головного мозга. В процессе последующей эволюции происходила, главным образом, дивергенция типов животного мира и замена первоначальных низкоорганизованных примитивных форм более высокоорганизованными путем еще большей дифференциации строения и функций тканей и органов организмов. При этом фн. ячейки тканей организмов II-го поколения заполнялись в качестве фщ. единиц уже лишь гетеротрофными клетками, то есть неспособными к синтезу органических соединений из неорганических. В самих клетках еще более усовершенствовалась система генозаписи в цепочках ДНК. Характерной особенностью клеток любого органа осталось то, что в каждой из них имелся весь набор генов данного вида организмов, однако в клетках разных тканей используются лишь немногие группы генов, то есть только те из них, на которых записаны алгоритмы структурного развертывания и функционирования структур фн. ячеек, которые данные клетки занимают в качестве фщ. единиц.
Протекавший многие сотни миллионов лет морфофизиологический прогресс, или ароморфоз, привел к значительным эволюционным изменениям подсистем структуры организмов II-го поколения (что выразилось в общем подъеме их организации), биологическому прогрессу, а также другим не менее важным последствиям. Сюда прежде всего следует отнести отрыв их систем от гумусового слоя почвы и способность свободно и автономно перемещаться по субстрату. Вследствие этого организмы получили возможность постепенно осваивать до этого пустынные районы земной поверхности в трех сферах: на суше, в воде и воздухе, что вело к увеличению фн. разнообразия их структур и вполне отвечало требованиям движения Материи в качестве-времени-пространстве. Приобретенная способность к передвижению в пространстве околоземной поверхности позволило организмам II-го поколения перемещаться от одного источника питания (системы организмов I-го поколения) к другому, максимально расширяя ареал своего обитания. Кроме того, в неблагоприятные моменты организм стал иметь возможность укрываться в более безопасном для себя месте. Потребление разнообразных травянистых растений увеличило набор элементов, из которых слагались фщ. единицы, заполнявшие фн. ячейки подсистем организмов животных, при этом каждый элемент заполнял отведенную именно для него фн. ячейку, где он мог проявить свои, присущие лишь ему фн. свойства. Вместе с тем, как и во всех системных образованиях предыдущих подуровней, любая вновь означившаяся фн. ячейка структуры того или иного организма безусловно требовала для своего заполнения лишь фщ. единицу, способную выполнять ее набор фн. алгоритмов. Малейшее несоответстие фщ. единицы заполняемой фн. ячейке вело к нарушению функционирования данной подсистемы организма и к возможному прекращению существования всей его системы в целом.
Рассмотрим вкратце строение организмов II-го поколения. В качестве примера возьмем структуру организма любого современного нам млекопитающего животного. Его целостная полуавтономная система включает в себя множество подсистем. Одной из основных среди них является опорно-двигательная подсистема. Она включает в себя костный скелет с прикрепленными к нему группами мышц. Костный скелет, определяя геометрическое расположение в пространстве прочих подсистем организма, в отдельных случаях выполняет и защитную функцию. Клетки мышечной ткани с помощью биохимических реакций при участии АТФ, как универсального источника биоэнергии, сокращаясь в заданный момент времени, приводят к пространственному перемещению с заданной скоростью отдельных частей организма. Опорно-двигательная подсистема, хорошо скоординированная и четко управляемая, позволяет некоторым современным животным перемещаться со скоростью в несколько десятков км/час.
Другой важной подсистемой организма является подсистема пищеварения. Она включает в себя ряд органов, где регулярно протекают процессы размельчения органических соединений подсистемных образований организмов I-го поколения до такого состояния, когда они могут быть использованы в качестве составных элементов в синтезируемых гетеротрофных клетках различных органов подсистем рассматриваемого нами организма. Регулярность указаных процессов определяется потребостью отдельных подсистем в замене в их фн. ячейках отфункционировавших фщ. единиц на новые. Наряду с подсистемой пищеварения функционирует также подсистема выделения. Через ее органы из организма удаляются непотребовавшиеся элементы, имевшиеся в органических соединениях пищи, а также элементы распада отфункционировавших фщ. единиц большинства подсистем организма.