21 июня 1798 года французская армия одержала легкую победу в битве у пирамид над численно уступавшими ей мамелюками, хотя после трудного похода моральный дух войск снизился до крайнего предела. Тут же не замедлила явиться трагическая весть о том, что 1 августа 1798 года английская эскадра под командой Нельсона уничтожила французский флот в морском сражении при Абукире. Этим не только был прерван путь снабжения экспедиционной армии из Франции, но и отрезан путь к отступлению. Начиналось восстание населения Египта, которое получило действенную поддержку со стороны турецкой армии. В этой ситуации, обманутый в своих надеждах на триумфальное возвращение в Париж, Наполеон предпринял все возможное для того, чтобы завоевать дружбу местного населения. Тем не менее восстание началось, но Наполеон подавил его в зародыше, казнив зачинщиков. В феврале 1799 г. во время похода французской армии в Сирию в Газе произошло событие, очень живо напоминающее военные преступления XX века. Французы устроили настоящую бойню на берету моря. Несколько тысяч пленных турок были согнаны на песчаный пляж и убиты на месте или утоплены в море. Позднее Наполеон пытался оправдать это злодеяние тем, что не имел возможности ни охранять, ни прокормить этих людей. Такое оправдание звучит почти цинично, свидетельствует о хладнокровной неразборчивости в средствах, полном презрении к людям и заставляет снова вспомнить мадам де Сталь, писавшую, что для этого человека реально существует только он сам, все же остальные не более, чем номера, не имеющие никакой ценности. За несколько дней до судьбоносного дня Абукира он писал Жозефине: «Меня тошнит от человечества… Мои чувства разорваны в клочья… Мне остается только стать полным эгоистом».
Его видения еще живы и зовут вперед. Теперь вместо Индии он идет из Дамаск и Алеппо, его конечная цель — Константинополь: «Я сокрушу Турцию и создам новую великую империю. Это сохранит мое имя для потомков». Его мысли постоянно вертятся вокруг грядущей славы, за которую его солдатам приходится платить муками, страданием и смертью и, более того, от солдат требуют, чтобы они испытывали от этого радость. Только после безуспешной осады Сен-Жан-д'Акра (Акко) наступило всеобщее отрезвление. Началось отступление на Каир — без дорог, без воды и с чумой в обозе. Больных и раненых бросали без долгих колебаний.
В Яффе Наполеон посетил чумной барак. Он намеревался выдать примерно тридцати больным чумой дозу опиума, для того чтобы облегчить их предсмертные страдания. Главный врач санитарного корпуса Никола Деженет отказался сделать это, сославшись на клятву Гиппократа. Позднее, оправдывая свой поступок, Наполеон написал: «В подобной ситуации я бы отравил собственного сына». Далее он пишет, что заболев чумой, сам бы потребовал оказать себе подобную предсмертную услугу. Спор с врачами продолжался и, в конце концов, стороны сошлись на лаудануме — болеутоляющем средстве, которое якобы даже спасло некоторых заболевших солдат от смерти. Позднее Гро, придворный живописец Наполеона, по его заказу создал идеализированную картину посещения им чумного барака в Яффе. Это творение вполне соответствует рассказам самого Наполеона, который, возвратившись в Каир с пятью тысячами оставшихся в живых солдат, повествовал о пережитых событиях «подобно арабскому сказочнику».
Он вполне отдавал себе отчет в том, что реализовать задуманный план — победоносной операцией на Востоке создать базу для дальнейшего возвышения в Париже — уже не удастся. По его ошвам, «карьера французской Восточной армии была закончена», начинать с этой армией осуществление его далеко идущих планов было бессмысленно, он не располагал даже достаточным количеством кораблей, для того чтобы увести жалкие остатки этой армии домой. Он быстро и без колебаний передоверил решение этих неблагодарных задач генералу Клеберу, сам же сел на корабль и отправился во Францию. К этому моменту Директория с трудом выбралась из очередного внутриполитического кризиса и вела войну против Второй коалиции, в которую входили Англия, Австрия и Россия. Эти события вынудили директоров изменить мнение о Бонапарте, и они уже с нетерпением ожидали его возвращения. Даже враждебная пресса высказывалась так: «Его египетский поход не удался, ну и что же? Тем не менее, его смелые начинания, кажется, способны вернуть нам мужество».
Возвращаясь домой, Наполеон не особенно задумывался о судьбе Франции, которую вражеская коалиция поставила в весьма затруднительное положение. Ибо именно в этом состоял его шанс вернуться не в образе битого генерала, а вестника надежды отечества. Еще только отправляясь в египетскую экспедицию, он лелеял надежду на крупный конфликт между Францией и европейскими державами — если этот конфликт разгорится во время его отсутствия, то он сможет вернуться как спаситель Республики и тем самым занять то положение, к которому считал себя предназначенным. Эта мысль четко просматривается в письме брату, написанном перед отплытием в Египет: «Если разразится война и ход ее будет неудачным, то здесь снова появлюсь я, и общественное мнение будет ко мне более благосклонным». Солдаты же, которых их обожаемый генерал бросил на произвол судьбы, выйдя 23 августа 1799 года в море аки тать в нощи, придерживались скорее всего иной точки зрения, но это записано совсем в другой графе бухгалтерской книги его честолюбивых планов. Свои планы он претворял в жизнь весьма умно и осмотрительно. Он принимал у себя и якобинских вождей, и агентов Бурбонов, каждый получал от него те советы, которые должен был получить, лишь о своих истинных замыслах он не рассказывал никому. В целом он вел себя как благородный господин, возвратившийся из дальних странствий и с наигранной отстраненностью внимающий рассказам собеседников о местных распрях и склоках. «Никогда в своей жизни, — вспоминал он, — я не действовал столь ловко. Я посетил аббата Сийеса (нового и очень влиятельного члена Директории. — Прим. автора) и пообещал провести принятие замечательного проекта его конституции; я принимал вождей якобинцев и агентов Бурбонов, я никому не отказывал в совете, но эти советы должны были служить исполнению моих собственных планов. И все они оказались в моей сети».