В этой войне Англии нашла могучих союзников в лице Австрии и России и образовала с ними Третью коалицию. Казалось, что это — начало конца Наполеона. Однако одно завоевание следовало за другим. Новое военное искусство, которое, по словам маршала Фоша, определило направление развития на весь XIX и даже на XX век и «изменило суть и масштабы войны», позволило Наполеону гениально окружить всю австрийскую армию еще до того, как она вообще собралась вступить в бой. «Я достиг цели, австрийская армия уничтожена несколькими простыми маневрами. Теперь вперед на русских. Им конец!» Столь просто представлял он себе уничтожение русской военной мощи.
Но здесь, посреди стремительного наступления, его настигла достойная Иова весть о полном уничтожении его флота адмиралом Нельсоном при Трафальгаре: победа, которая стоила жизни победителю. Но он не дал сбить себя с пути, продиктованного честолюбием и верой в свою политическую миссию — создание европейской империи, а также стремлением Франции к расширению своего имперского влияния. Реализация оперативных планов требовала от него непрерывного, порою адского напряжения всех сил на пределе возможностей, о чем свидетельствует страсбургское происшествие, рассказанное Талейраном «Я сорвал с него галстук, так как боялся, что он задохнется. Его не вырвало, но он стонал, изо рта текла слюна». Наконец, 2 декабря 1805 года, в знаменитой битве, в которой участвовали сразу три императора, ему удается нанести поражение и австрийцам, и русским. Пустынные поля, на которых произошло это сражение, отныне навсегда войдут в историю как поля Аустерлица. В этот день он писал Жозефине «Я несколько утомлен, пришлось восемь суток провести под открытым небом, а ночами уже свежо. Сегодня я лежу на кровати в прекрасном замке князя Кауница и рассчитываю поспать два три часа». Эта победа положила конец существованию Священной римской империи германской нации, на развалинах которой Наполеон создал, выражаясь словами Франца Херре, «французскую крепость, фасад которой он выкрасил в германские цвета». Кодекс Наполеона создал в германских государственных образованиях основу для развития буржуазного общества, привилегии дворянства были упразднены, крестьяне освобождены от феодальных повинностей, евреи эмансипированы и обеспечена терпимость по отношению ко всем религиозным общинам. В духе просвещенного абсолютизма место Священной римской империи германской нации заняла Римская империя французской нации, в которой, естественно, был возможен только один монарх — Наполеон. Дабы загодя устранить все неясности, он в 1809 году мановением руки аннексировал папскую область, и папа Пий VII стал его пленником. «Теперь я — римский император», — заявил Наполеон после победы при Аустерлице и приступил к созданию современной империи по римскому образцу. Брата Жозефа он посадил на королевский престол в Неаполе. В это время он писал ему: «Неаполитанское королевство я хочу включить в мою семью, чтобы оно, подобно Италии, Швейцарии, Голландии и трем немецким королевствам — Баварии, Вюртембергу и Саксонии — вошло в число моих федеративных государств или, что ближе к истине, принадлежало к Французской империи». Эти мысли, которые он доверил брагу, идеально вписывались в твердо задуманный им план создания «Европейской империи» с императором французов во главе. Теперь его беспокоило то обстоятельство, что брак с Жозефиной не мог принести ему наследника. Поэтому ему пришлось заняться поиском другой жены, которую он нашел в Марии Луизе, дочери австрийского императора Франца I. Многим старым боевым товарищам не нравился брачный союз со старой «почтенной» династией, но сам он считал его «большим успехом, который можно сравнить с Аустерлицем». После того как Пруссия ультимативно потребовала от Франции вывести войска из южной Германии и предоставить там свободу действии прусскому королю Фридриху Вильгельму III, 14 октября 1806 года в битве при Иене и Ауэрштедте Наполеон нанес прусской армии столь сокрушительное поражение, что в его руки вместе с Южной Германией перешла Северная Германия и Силезия до самой Вислы. Теперь успех похоже, по настоящему ударил ему в голову. Опьяненный властью, он решил поставить на колени и Англию. В качестве инструмента он избрал так называемую континентальную блокаду (Берлинский декрет от 21 ноября 1806 года).