Уже 13 мая 1809 года французы во второй раз вступили в Вену, хотя австрийская армия еще не была разбита. И вот тут выяснилось, что стратегия избалованного победами Наполеона уже приблизилась к пределам своих возможностей, так как противники слишком многому научились у гениального полководца. Под Асперном Наполеон потерпел первое в своей жизни поражение. Одержав победу в битве под Ваграмом 6 июля 1809 года, а затем получив подкрепление из Италии, он сумел в какой-то степени смыть это пятно, но этим был обязан лишь тому обстоятельству, что эрцгерцог Карл не сумел воспользоваться плодами своей предыдущей победы.
После битвы под Асперном, когда возникла самая опасная и удручающая ситуация в жизни Наполеона, вновь проявилось его кожное заболевание. Врачи были настолько обеспокоены, что пригласили на консилиум доктора Иоганна Петера Франка, лейб-медика австрийского императорского дома и первого директора недавно открывшейся Венской общедоступной больницы. Консилиум пришел к выводу, что потертость кожи шеи воротом шинели привела к образованию фурункула и поскольку в настоящий момент существует опасность «заражения мозга», пациент нуждается в длительном лечении. Наполеон категорически отказался от предложенного лечения и вызвал из Парижа своего лейб-медика профессора Жан-Никола Корвизара, которому действительно удалось быстро вылечить фурункул при помощи нарывного пластыря.
14 октября 1809 года во время парада победы по случаю подписания Шенбруннского мирного договора, навязанного Австрии Наполеоном, произошел досадный инцидент: Фридрих Штапс, сын протестантского пастора, попытался заколоть императора Наполеона кинжалом. После ареста Штапс заявил, что раньше был искренним почитателем императора, но захватническая политика, опирающаяся только на силу, открыла ему глаза на истинный характер Наполеона. Изменение взглядов этого юноши, крикнувшего перед казнью «Да здравствует свобода! Смерть тиранам!», должна была заставить Наполеона серьезно задуматься. Уже повсеместно появляются ростки духовного сопротивления, иногда эти всходы принимали форму листовок достаточно угрожающего характера. Когда издатель одного из таких антинаполеоновских памфлетов, Иоганн Филипп Пальм из немецкого города Браунау-на-Инне, попал в руки французских оккупационных властей, Наполеон решил устроить наглядный пример и для острастки других Пальм был казнен в Браунау-на-Инне 26 августа 1809 года.
Внутренним врагом совсем другого рода был для Наполеона барон Штейн, который в отчаянной борьбе пытался вынудить прусского короля Фридриха Вильгельма III провести реформы и наряду с этим надеялся поднять в Северной Германии народное восстание по примеру испанцев. Французы перехватили и переправили в Париж его письмо, в котором говорилось: «Пример Испании показывает, куда может завести хитрость и жажда власти, но, в то же самое время, этот пример показывает, на что способен народ, не утративший силы и мужества. Ожесточение в Германии растет с каждым днем, нам следует приближать «го и распространять его в народе». Император напал охоту на Штейна, тому пришлось бежать сначала в Австрию, потом в Россию. Штейн приобрел ореол мученика, страдающего за народ, и в таком качестве он вместе с мадам де Сталь стал одним из виднейших организаторов народного и международного сопротивления против все более явно проявляющего себя империализма Наполеона.