В столь подавленном настроении, не получив весомой поддержки от французского народа, ему пришлось вступить в борьбу с превосходящими силами объединенной Европы. Позднее свои чувства в это время он описывал так: «Уверенность покинула меня. Поблекло ли чудо моей карьеры в моих собственных глазах и представлениях? Во всяком случае, у метя было такое чувство, что мне чего-то не хватает. Казалось, что от удачи, до сих пор всегда сопутствовавшей моим начинаниям и осыпавшей меня самыми дорогими дарами, уже ничего не осталось. Впереди была только неумолимая судьба, у которой любую награду я мог добыть только силой, и если это удавалось, то незамедлительно следовала месть. Примечательно, что стоило мне добиться какого-то успеха, как тут же за этим следовала неудача».
Тем не менее сначала энергичным продвижением ему удалось разъединить вражеские армии. Однако после того, как 16 июня 1815 года он выдержал удар армии Блюхера и, несмотря на помощь, оказанную Блюхеру Гнейзенау, хотя и не одержал решительной победы, но все же принудил его к отступлению. Оказалось, что его прославленная способность принимать быстрые решения уже не сталь безупречна. Вместо того, чтобы энергично преследовать Блюхера, он медлил, и в день, когда победа была уже наполовину одержана, остался стоять на месте, считая, что завтра сможет так же победить англичан под командованием Веллингтона. Сообщают, что его мучили боли в брюшной области, не дававшие ему сосредоточиться, и, действительно, в столь взрывоопасной ситуации он погрузился в сон изнеможения. Даже 18 июня, в утро решающего сражения при Ватерлоо, он медлил с атакой на позиции Веллингтона до полудня и, потеряв эти полдня, в итоге потерял все. Прусская армия за это время успела перегруппироваться и прийти на помощь Веллингтону. Наполеон оказался между двумя фронтами и был наголову разбит.
Только из воспоминаний камердинера Констана стали известны подробности, позволяющие понять обстоятельства, из-за которых Наполеон, вопреки прекрасно разработанному плану сражения, с опозданием дал сигнал к атаке и потерял шесть драгоценных часов, что позволило Веллингтону как раз вовремя получить столь необходимую помощь прусской армии маршала Блюхера. Судя по всему, в этот судьбоносный день Наполеон страдал от почти невыносимой боли, вызванной острым воспалением сильно пролабированных, то есть выступивших наружу, геморроидальных вен. Уже в предшествовавшие дни он не мог сидеть в седле, и даже сотрясения при езде в карете по неровной местности причиняли ему адскую боль. Даже пешком он мог ходить с огромным трудом и только широко расставляя ноги. Когда ближе к полудню 18 июня после отданного наконец приказа атаковать солдаты с криком «Vive l’Empereur!» маршировали мимо командного пункта Наполеона, сам он сидел верхом на стуле с широко расставленными ногами, уронив голову на руки, судорожно сцепленные вокруг спинки стула, нарушив свою привычку руководить сражением, сидя в седле.
Понятно, что о своем геморрое Наполеон говорил не особенно охотно, поскольку в те времена это заболевание часто становилось поводом для насмешек. Мы же, однако, знаем, что уже во время итальянской кампании он немало страдал от этого, и ему даже ставили пиявки — метод, который Наполеон позднее рекомендовал своему брату Жерому, страдавшему от этого недуга, как и все остальные члены семьи Бонапарт.
В свой последний час полководца Наполеон был обречен увидеть свою армию бегущей и вынужден сам искать спасения в бегстве под защитой нескольких конных гренадеров. Несмотря на сильную боль в брюшной области, он вынужден был до пяти утра оставаться в седле, пока не удалось найти старую карету, в которой он смог обрести покой на несколько часов.
Уже 22 июня, на другой день после прибытия в Париж, парламент в ультимативной форме потребовал его отречения. Он надеялся, что ему удастся отречься в пользу сына, которому тогда исполнилось только четыре года: «Я приношу себя в жертву ненависти врагов Франции… Моя политическая жизнь окончена, и я провозглашаю своего сына, Наполеона II, императором французов». Однако союзники уже приняли решение посадить на французский трон в качестве короля Людовика XVIII Бурбона. После того, как Фуше объявил своему бывшему императору, что во Франции для него не найдется места ни в армии, ни в какой-либо иной области, он направился в Рошфор в надежде попасть в Америку и начать там новую жизнь. Однако выход из порта был блокирован британскими военными кораблями, а на суше он был объявлен союзниками почти что вне закона, поэтому видел теперь только один выход, а именно — просить убежища у британцев. На английском паруснике «Беллерофон» он отплыл в Англию, где в порту Торквей население в изумлении глазело на него, как на чудо света.