Важной вехой в анамнезе Наполеона является 1 октября 1817 года. Утром этого дня он пожаловался доктору О’Маре на тупую боль под правой реберной дугой, которая иррадиировала в направлении правого плеча и значительно усиливалась при кашле. Вскоре произошло повышение температуры, сопровождавшееся потерей аппетита. Чтобы облегчить боль, больной инстинктивно прижимал руку к реберной дуге. Уже спустя два дня доктор О’Мара мог констатировать явный отек под правой реберной дугой, болезненно реагирующий на давление, что дало основание диагностировать начальную стадию гепатита, то есть воспаления печени, возникновение которого он склонен был относить на счет амебной инфекции. Такого рода амебный гепатит, который и в наше время часто встречается на этом острове, не обязательно сопровождается дизентерией, что легко может привести к его нераспознаванию или неправильной диагностике. Доктор О’Мара знал, что губернатор Хадсон Лоу может вменить ему в вину любое заболевание узника, которое обусловлено географическими или узко конкретными условиями заключения, поэтому в официальном отчете он весьма осторожно написал лишь следующее: «Вследствие тучности больного мне не удалось установить, принадлежит ли данная опухоль к печени или находится над последней».
С этого дня ощущение тупого давления в правом эпигастрии постоянно нарастало. Ночью боли усиливались, но к утру слегка ослабевали. Назначенные растирания и морские ванны, равно как и прием столь любимого врачами того времени каломеля, содержащего ртуть, не приносили облегчения. В своей записной книжке, не предназначенной для глаз губернатора, доктор О’Мара писал о периодах устойчивых запоров, сменяющихся поносом, при котором «выделились большие количества слизистого стула, окрашенного желчью». 27 ноября 1817 года граф Монтолон записали своем дневнике: «Кожа пациента бледна, белки глаз окрашены в желтоватый цвет. Император жалуется на сильное пучение живота. Он чувствует постоянное давление в области подложечной впадины и не может лежать на левом боку. Он ощущает жжение в правой верхней части живота. Он страдает от тошноты и позывов на рвоту, иногда его рвет слизью и горькой желчью». Наполеон ощущал нарастающую слабость, жаловался на головную боль и бессонницу, язык его был сильно обложен. Каждый вечер у него повышалась температура, что вызывало постоянную жажду. Кожа была сухая и горячая, частота пульса, которая раньше, как правило, не превышала 55 ударов в минуту, теперь возросла почти вдвое На рассвете часто случалось обильное потоотделение, за которым следовала фаза покоя.
На основании картины, характеризующейся обильным ночным потоотделением, непрекращающимся жжением и тупой болью в правом эпигастрии, иррадиирующей в правое плечо и усаживающейся при кашле, пальпируемым и болезненным при давлении уплотнением в правом эпигастрии, пожелтением белков глаз, рвотой и поносом с выделением больших количеств слизистого окрашенного желчью стула, которая была бы совершенно однозначной для современного клинициста, доктор О’Мара поставил своему пациенту диагноз воспаления печени, спровоцированного перенесенной ранее кишечной инфекцией. Он имел в виду «тропический гепатит» (Hepatitis tropica), название, которым в современной медицине обозначают амебный гепатит. Употребляя это название, доктор О’Мара, конечно же, не мог вкладывать столь точный смысл, поскольку амеба была открыта патологом Лаблем пражским под микроскопом только в 1859 году. В те же времена под этим названием подразумевали целую группу инфекционных кишечных заболеваний, сваливая все их и, в том числе, амебиаз, таким образом в одну кучу, хотя некоторые врачи, работавшие в колониях, уже тогда путем точных наблюдений сумели выделить характерные особенности отдельных острых кишечных заболеваний.