Врачи продолжали проводить симптоматические мероприятия типа пилюль алоэ и сульфата магния против непроходимости кишечника, клизм и гвоздичной настойки против постоянной рвоты. Начиная с 27 апреля, когда у Наполеона была рвота густыми массами, напоминающими кофейную гущу, его состояние начало ухудшаться стремительно. Фазы просветления все чаще перемежались периодами помрачения сознания, во время которых казалось, что он не воспринимает окружающее, и лишь бормотал невнятные, бессмысленные слова. 30 апреля появился еще один симптом — устойчивая икота, которая доставляла ему бесконечные муки вплоть до самого смертного часа. Вечером этого дня у него появился лихорадочный озноб, при этом пульс почти не прощупывался, дыхание было угрожающе затруднено. Ночью, однако, казалось, что наступило легкое улучшение. Больной попросил подслащенной воды с вином, чтобы утолить пожиравшую его жажду.
Здесь произошло нечто, повлекшее за собой резкое ухудшение состояния. Ввиду напряженного и сильно вспученного состояния живота, а также устойчивого пареза кишечника доктор Арнотт назначил в качестве слабительного средства каломель — мера, с медицинской точки зрения непонятная и непростительная. Наполеон воспротивился этому и решительно отверг данное предложение, однако Арнотт, поддержанный двумя военными врачами, Шорттом и Митчеллом, дал указание камердинеру Маршану втайне от больного дать ему с подсахаренной водой 600 мг каломели, что является совершенно чудовищной дозой. Последствия этой безответственной меры были ужасны. Как сообщает Антоммарки, в течение той же ночи 8 раз имело место отхождение стула густо-черного цвета, причем Наполеон уже не был в состоянии контролировать свои отправления. Поначалу грязное белье еще меняли, но потом были вынуждены отказаться и от этого. Под влиянием поноса и непрекращающейся рвоты усилилась жажда, массивная потеря жидкости привела к нарушениям кровообращения. Обессиленный непрекращающейся икотой, ослабленный обильными ночными потоотделениями, все последующие дни он лежал в основном без сознания на белье, выпачканном рвотой и калом, окруженный сострадающими ему приближенными.
После страшной последней ночи утром 5 мая он в бреду пробормотал последние слова: France — Tete d’armée. Бушевал дождь, и поднимались испарения. В эти последние часы Арнотт и Антоммарки предприняли мрачно выглядевшую попытку оттянуть смерть императора припарками и горчичными компрессами на подошвы. Вскоре после пяти часов раздался вой юго-восточного пассата, который вырвал с корнем два деревца, собственноручно посаженных Наполеоном перед домом.
Он лежал на спине, с отвалившейся челюстью, открытые глаза были обращены в небо. Он был неподвижен, лишь очень неглубоко дышал, и казалось, что он погружен в свои мысли, когда в 5 часов 49 минут вечера смерть прервала его страдания. Если верить хронистам, в тот момент, когда перестало биться сердце императора французов, тропическое солнце начало погружаться в море.