С учетом условий и терминологии того времени реп» может действительно идти о приступах лихорадки, вызванных малярией. В то время малярию по праву называли и болотной лихорадкой, потому что она свирепствовала в основном в болотистых местностях Италии и Греции. Еще в первой половине XIX века она встречалась в низовьях крупных европейских рек. В то время такие крупные реки, как Висла, Одер, Эльба, Рейн и Дунай были такими же рассадниками малярии, как и морские побережья с их приливами и отливами. Существовали также местности, где вследствие частых наводнений или земляных работ временно создавались благоприятные условия для распространения малярии. Подобная ситуация могла возникнуть в окрестностях Озонна.
Благодаря лечению полкового врача доктора Бьенвело Наполеон хоть и избавился от приступов лихорадки, но, по всей видимости, общее его состояние еще длительное время было серьезно нарушено. В июле 1789 года, уже почти через год после начала болезни, он пожаловался в письме матери: «У меня нет здесь никаких развлечений, кроме работы. Я прилично одеваюсь только раз в восемь дней. С начала болезни я сплю очень мало».
Мы ничего не знаем о лечении, назначенном доктором Бьенвело, но можно с уверенностью предположить, что при подозрении на малярию он назначил эффективное средство — кору хинного дерева. Это средство было известно живущим в Андах южноамериканским индейцам с незапамятных времен. В середине XVII века благодаря иезуиту Барнабе де Кобо порошок хинной коры появился в Испании, а затем и в Риме, где его бесплатно раздавали для помощи «бедным больным». Итальянские врачи сначала возмущенно отвергали это средство, но затем известный английский врач Сайденхэм и Шарль де Барберак из университета Монпелье во Франции с середины XVII века начали активную кампанию за применение хинной коры. Во время строительства Версальского дворца, который сооружался в болотистой местности, множество людей заболело, и эти «ежедневные приступы лихорадки» были успешно вылечены хинной корой. Английский аптекарь Роберт Толбот приготовил «тайное средство», состоявшее из коры хинного дерева, и организовал успешную торговлю им, которая буквально расцвела после того, как он вылечил с помощью этого средства от малярии короля Англии Карла II, а в 1679 году французского дофина. После этого он смог продать свое средство за баснословную сумму королю-солнцу Людовику XIV, который затем позаботился о быстром распространении чудо-средства. Естественно, что к концу XVIII века применение коры хинного дерева было прекрасно известно во франции, и молодой Бонапарт наверняка смог получить именно такое лечение.
Все же мы не можем утверждать это со стопроцентной уверенностью, но если это было так, то мы не знаем, в течение какого времени доктор Бьенвело лечил Наполеона от малярии корой хинного дерева. Не исключено, что лечение было отменено слишком рано. Документально доказано, что в период между сентябрем 1789 года и февралем 1791 года у него вновь были приступы лихорадки. Возможно, это был рецидив не до конца излеченной малярии. Более поздние упоминания об этом заболевании отсутствуют, что дает нам основания предполагать полное ее излечение.
Во время осады Тулона в конце 1793 года началась затяжная борьба Наполеона с докучливым кожным заболеванием, вызывавшим невыносимый зуд. Среди врачей длительное время велись дискуссии, имевшие своей целью выявить истинную природу недуга. Сам же Наполеон считал, что подхватил чесотку, и сам описывает, как это произошло: «Во время осады ко мне прицепилась отвратительная болезнь — чесотка! Я находился на одной из двухорудийных батарей, когда один из английских шлюпов приблизился к берегу и открыл огонь, которым у меня были убиты два канонира. Я схватил банник, выпавший из еще теплой руки одного из убитых. Как выяснилось, этот человек был болен, и через несколько дней у меня появилась чесотка. Я применил против нее ванны и вылечился. Она снова появлялась у меня в Италии и в Египте, когда условия жизни были очень тяжелы. После возвращения из Египта Корвизар (профессор парижской клиники Шарите, с 1801 года лейб-медик Наполеона) вывел ее, поставив мне 3 нарывных пластыря на грудь. Это вызвало благотворный кризис. До этого времени я был худым и желтым. После лечения я почувствовал себя лучше, мой внешний вид также улучшился».