На боль в желудке Наполеон впервые пожаловался во время египетской кампании. В 1970 году Поль Ильман в своем подробном исследовании «Pathologie de Napoleon» («Патологии Наполеона») в качестве причины этих жалоб указывает язву желудка, которая, как известно, часто встречалась в семье Бонапарт. Доказательством этого предположения может служить тот бесспорный факт, что Наполеон, начиная с 1802 года, постоянно жаловался на боли в желудке, которые немедленно проходили после приема пищи. Поэтому рядом с его постелью всегда находился столик с закусками, предназначенными для снятия ночных приступов. Ильман отваживается даже предположить, что в 1802 году у Наполеона произошла перфорация, то есть прободение желудка в области малой кривизны, однако никакие факты в доказательство этого утверждения не приводятся. Совершенно недопустимым представляется истолкование типичного движения руки Наполеона как попытки облегчить боли в желудке, прижимая к нему ладонь, уже в тот период, когда он был первым консулом. Ильман имеет в виду левую руку, хотя на большинстве портретов Наполеона такое положение занимает правая рука, что с учетом расположения пуговиц на мужской одежде представляется более достоверным.
Предметом дискуссии стал также вопрос о том, не привела ли, уже начиная с 1802 года, «каллёзная язва» к сужению выхода из желудка за счет образования соединительной ткани, то есть к стенозу выше привратника, обнаруженному при вскрытии. В подтверждение этого тезиса приводится высказывание Наполеона о том, что он никогда не переедал и очень точно аил свою «дозу» при питье, ибо ему было известно, что желудок сразу вернет назад лишнее.
Сколь дисциплинирован он был в этом, столь же неразумно относился к темпу еды. Он не только принимал пищу в очень горячем виде, но и слишком быстро заглатывал ее, не успев как следует разжевать. В 1808 году в ответ на жалобу Наполеона на сильные боли в желудке Корвизар объяснил это вредными привычками в еде. Несомненно, однако, что язва была не единственной причиной его жалоб на желудок, о чем мы можем узнать из сообщения доктора Ивана генералу де Сегюру: «Конституцию императора можно охарактеризовать как чрезвычайно нервную. На эмоциональные перегрузки он реагировал спазмами желудка и мочевого пузыря».
Жалобы со стороны мочевого пузыря сводились к тому, что в начальной фазе он с трудом мог выпустить струю. В такие моменты он приваливался к дереву или прислонялся лбом к стене или пушке, и иногда должно было пройти несколько минут, прежде чем ему удавалось выпустить первую струйку. Наполеон как-то сказал: «Мое слабое место — мочевой пузырь. Когда-нибудь он меня погубит». Найденное при вскрытии незначительное количество почечного песка не могло привести к таким нарушениям, тем более, что он никогда не жаловался на боль при отправлении естественных надобностей. Эта дизурия (профессиональное название подобного расстройства) проявлялась преимущественно при психических перегрузках, то есть имела нервную природу. Фрэнк Ричардсон в своей подробной монографии с полным правом счел это проявлением того явления, которое Альфред Адлер некогда называл «неполноценностью органа».