Ученые были единодушны в том, что схоластика уводит познание от действительности. Ф. Бэкон обосновывал необходимость очищения познания от призраков, снижающих познавательную силу научного метода, затуманивающих «естественный свет разума» познающего человека. Иными словами, традиции научной методологии изображать субъективное в методе как нечто негативное, как то, что искажает путь к истине и затрудняет процесс ее достижения, имеет достаточно длительную историю, а в ряде случаев воспроизводится и в настоящее время. И для такой интерпретации субъективного история науки дает довольно много материала; субъективизм в науке действительно играет негативную роль. Однако, субъективное в методе - это не обязательно субъективизм с его ошибками и помехами в научном исследовании.
Действительная роль субъективного начала в научном познании и в применяемых методах должна быть оценена в более широком контексте, который предполагает, что ошибки в познании могут выполнять специфическую позитивную роль. Они могут свидетельствовать, например, о недостаточной подготовленности ученого к проведению конкретного исследования. И тем самым, стимулировать выдвижение задачи роста профессиональной выучки определенного ученого. В общем и целом субъективная воля ученого почти всегда направлена не на фальсификацию научных результатов. Прежде всего, в среде ученых принимается принцип объективности, определяющий пути, способы и средства приближения добываемого в науке знания к объекту, вовлеченному в познание. Образ объекта является в науке ориентиром достижения некоторой истины в познании. В то же время, понятие «субъективное» связывается в науке чаще всего с возможностями, установками и способностями к исследовательской деятельности со стороны тех или иных субъектов науки. И такая характеристика не предполагает существования непереходимой границы между субъектом и объектом в процессе познания. Более того, только деятельностная природа субъекта, проявляющаяся ,в том числе, в его методах, становится определенным залогом эффективности и позитивной результативности всякого научного познания.
Субъективное в научном методе означает, что метод стоит на стороне субъекта, является своеобразным продолжением субъекта, выражает его природу, определенность его существования и деятельности. А поскольку речь идет о человеческой деятельности, то субъективное начало представлено также в сознании человека-исследователя, во многом зависит от него, определяется им. Реальность этого субъективного начала обнаруживает себя в практической, познавательной и другой активности субъекта.
В свете сказанного выявляется, что субъективное играет двоякую роль в познавательной деятельности. С одной стороны, субъективный момент деятельности может приводить к ошибкам, неудачам на пути к поставленной цели. История науки показывает, что истина и заблуждение, успех и неудача неразрывно связаны друг с другом, что движение к истине осуществляется только через преодоление субъективной ограниченности человеческого мышления. С другой стороны, научное познание есть осуществление субъективной активности человека. Оно возможно только как функционирование выработанных субъектом познавательных средств, форм и методов. Поэтому субъективность является неотъемлемой стороной научного познания, существенной (и не только в негативном смысле) характеристикой форм его осуществления. Сами же познавательные формы вырабатываются человеком в ходе предметной и познавательной деятельности, аккумулируют в себе познавательный и практический опыт человечества.
Познавательные формы, т. е. методы, понятия и т.д., будучи способом реализации субъективной активности процесса познания, имеют непосредственное отношение не к объекту, а к самому познанию, практике его осуществления. Именно в познавательных формах фиксируются закономерности, инварианты познавательной деятельности. Причем инвариантное, устойчивое в познавательной деятельности определяется не только объектом. Природа объекта, его качественная определенность, безусловно, накладывают необходимые ограничения на процесс протекания человеческой деятельности. И чтобы быть успешной, такая деятельность должна соответствовать объекту. Но вместе с тем, она реализуется не только в отношениях субъекта и объекта, но и в отношениях между участвующими в ней субъектами. Это означает, что познавательные формы имеют «социальную окраску», становятся социально закрепленными нормами, правилами осуществления деятельности.