Западную оконечность острова Хонсю, отделенного от Кюсю проливом Симоносеки, занимало княжество Тёсю со столицей Хаги. Тёсю, вдвое меньшее Сацума, обладало, однако, плодородными землями и потому не уступало ему ни в богатстве, ни в военной мощи. В XVI веке именно с территории Тёсю осуществлялась грабительская самурайская экспансия в Корею. Тёсю контролировал пролив, обложив данью проход торговых судов в Осаку через Внутреннее Японское море. Князь Мори ссужал деньги торговым гильдиям, крестьянским хозяйствам, самураям-вассалам. Клан Тёсю не торговал с заграницей, как Сацума, наоборот, он выступал за политику изоляционизма и выдворения с территории островов иноземцев, что послужило причиной постоянных конфликтов двух кланов.
В марте 1860 г. убили главного советника сёгуна. У ворот Сакурада, сёгунского дворца в Эдо (позже переименованного в Токио), двадцать самураев устроили засаду. Дождавшись выезда повозки главного советника из ворот, нападающие разоружили охрану, выволокли советника из повозки на снег и снесли несчастному голову. Убийство второго по значению после сёгуна человека явилось частью заговора клана Сацума по дестабилизации японской верхушки. Однако сёгун, подросток шестнадцати лет, сделал ответный ход, совершенно неожиданный для его противников. Сёгун отправился в Киото на встречу с императором Комэем, где выразил намерение изгнать иностранцев с Японских островов, согласовывать свои действия по реорганизации правительства с лидерами ведущих самурайских кланов и феодалами. Комэй, весьма пораженный и польщенный неожиданным визитом, в качестве ответного жеста предложил сёгуну в жены одну из своих сестер, дабы связать их семьи кровными узами. Альянс слабого императора и сёгуна, ненавидимого заговорщиками, застал последних врасплох. Император Комэй, сам того не сознавая, обрек себя на погибель. Комэя решили «пустить в расход», а трон предоставить его наследнику. Пришло время решительных действий.
В августе 1864 г. Тёсю ввел войска в Киото и встал лагерем у ворот Хамагури, императорского дворца, намереваясь «вызволить» императора Комэя «из рук коррупционеров» и «взять его под свою защиту», таким образом вынудив сёгуна пойти на уступки и «избавить» страну от иноземцев. Войска Тёсю пошли на приступ. Одиннадцатилетний наследный принц Муцухито впервые в жизни стал свидетелем настоящего боя, так отличавшегося от его игр с деревянными мечами. Пули с пронзительным свистом носились под низкими сводами дворца, тонкие стены павильонов не были для них преградой. В разгар боя наследный принц лишился чувств, но скорее от крайнего перевозбуждения, чем от страха. Восемнадцать дворцовых построек знатных аристократов, окружавших императорский сад, и 44 павильона провинциальных феодалов выгорели дотла. За дворцовой стеной в Киото разрушили огромное количество зданий, синтоистских и буддийских храмов, театров, не говоря уже о лачугах городской бедноты.
После провала операции Тёсю по захвату императора Сацума без промедления перешли на сторону альянса сёгун — император, вынудив тем самым клан Тёсю отойти к границам своего княжества. Сацума и Тёсю являлись смертельными врагами, поэтому Сацума пришлось временно отказаться от своих планов по свержению сёгуна. Сёгун, в качестве победителя, потребовал от князя Мори лично предстать пред его очи и покориться его воле, но Мори уклонился от такой незавидной для себя встречи. Юный сёгун стал готовиться к наступлению на владения Тёсю. Подготовка заняла несколько месяцев, в течение которых оба противника лихорадочно закупали вооружения западного образца.
Помимо немногочисленной гильдии иностранных торговцев, обосновавшихся в Нагасаки и находившихся под неусыпным наблюдением шпионов сёгуна, крупнейшим нелегальным поставщиком оружия в Японию был клан Сацума. Через посредников Тёсю удалось договориться с Сацума о поставке оружия (главным образом новейших скорострельных орудий) в обмен на рис и деньги. Западные торговцы в Шанхае поставляли Сацума оружие большими партиями. Более того, иностранцы также обучали самураев Тёсю правильному обращению с ним. В конце концов Тёсю и Сацума заключили временное перемирие и объединились против сёгуна. Придворная знать присоединилась к заговорщикам, рассчитывая на посты в будущем правительстве. К антисёгунской коалиции постепенно присоединялись все новые и новые силы. В конечном счете она объединила 23 клана, ведомые Сацума, Тёсю, Хидзэн и Тоса. После победы над сёгуном коалиция проживет очень недолго, но главная цель будет достигнута.