Если теория языкознания определяет объект науки (т.е. сущность языка и его развития) и истолковывает явления объекта науки, то метод языкознания представляет собою орудие исследования лингвистического материала.
В настоящей дискуссии поставлен вопрос о двух методах: сравнительно-историческом, выработанном традиционным языкознанием, и палеонтологическом, разработанном Н.Я. Марром.
Сравнительно-исторический метод, как указывает И.В. Сталин, имеет серьезные недостатки, однако он имеет и свои достоинства.
Этот метод называется историческим потому, что он служит для построения истории языков, он называется сравнительным потому, что средством построения истории языков служит сравнение. Если материал разных языков одной семьи является результатом разных эволюций материала первоначально одного источника, то средством построения истории этих языков может быть только сравнение фактов этих языков; данные других языков, которые не восходят к тому же источнику, не имеют никакого отношения к делу. Так, слово «город» у южных славян звучит «град», у западных – «грод» (груд); у восточных славян – «город». Эти слова являются результатом различной фонетической эволюции одного и того же слова, которое первоначально имело форму «горд» и имело значение загородки, доказательством чему служит литовское слово «гардас», имеющее то же значение.
Ссылка на литовский язык является доказательной для построения истории этого слова в славянских языках потому, что литовский и славянские языки являются результатом различных эволюций первоначально одного источника.
Материал данного языка, который не имеет параллелей в родственных языках, не может быть использован сравнительно-историческим методом в качестве источника исторического изучения языка. В славянских языках, например, имеется слово «конь», которое не повторяется в других индоевропейских языках. Оно выпадает из состава того материала, который может быть обработан сравнительно-историческим методом для построения истории славянских языков. Сравнительно-историческим методом не может быть построена история такого языка, который не имеет родственных языков. Такой язык не имеет материала, доступного обработке сравнительно-историческим методом.
Ограниченность сравнительно-исторического метода заключается в том, что он допускает сравнение только того материала родственных языков, который восходит к одному основному источнику, в наличии которого сомневаться нельзя. Однако теория науки устанавливает, что в составе родственных языков имеется и такой материал, который, являясь неотъемлемой частью основного лексического фонда и морфологического инвентаря языка, может быть отложением другого источника, принимавшего участие в формировании группы родственных языков. Таким образом, если материал родственных языков восходит не к одному источнику, а к разным, из которых только один является основным, то лингвистический материал данного языка может и должен быть обработан посредством сопоставления его с материалом тех языков, которые сохраняют отложения тех же источников. Из этого следует, что лингвистический материал каждого данного языка необходимо обрабатывать посредством сравнения его с материалом разных языков, не только родственных, но и неродственных.
Сравнительно-исторический метод обрабатывал для научного исследования только целые смысловые единицы языка (слова, морфемы). Такая обработка лингвистического материала совершенно закономерна, но она недостаточна. Нельзя отрицать того, что некоторые слова, которые современному сознанию представляются как цельные, неразложимые смысловые единицы, могли сложиться из разных смысловых единиц (слов). Это было давно известно; например, давно установлено, что русское слово «берлога» состоит из «бер», которое первоначально означало мелкий рогатый скот, и «лог» (ср. – «логово»).
Из этого следует вывод, что посредством сравнения может обрабатываться не только материал целых в современной системе языка смысловых единиц (слов), но и материал их частей, если на более древней стадии развития языка они функционировали как отдельные смысловые единицы.