Между тем техника сравнительно-исторического метода не подготовлена к такой обработке лингвистического материала. Однако из этого не следует, что техника сравнительно-исторического анализа целых смысловых единиц и их связей в языке должна быть просто отброшена. Она должна быть преобразована, обогащена и развита.
Сравнительно-исторический метод подвергает сравнительной обработке однозначный материал родственных языков; можно сопоставить русское слово «мать» с греческим и латинским «матэр», армянским «майр» и т.п. и делать те или другие выводы, но нельзя сопоставлять русское слово «конь» с латинским «канис» – «собака», так как эти слова разнозначны и не имеют отношения друг к другу. Однако теория науки устанавливает, что содержание сравниваемого материала исторически изменчиво. Те смысловые единицы, которые современному сознанию представляются не имеющими отношения друг к другу, в древнейшее время могли иметь ближайшие связи.
Из этого следует, что сравнивать можно не только относительно однозначный материал, т.е. материал, имеющий одинаковое смысловое содержание, но и разнозначный материал на основе учета особенностей первобытного мышления и общественности. Имея в виду, что названия переходили с предмета на предмет по сходству их социально-производственных функций (ср. перо гусиное и перо, которым пишут), то сравнению подлежат и те слова, которые на современном этапе разнозначны, но на древнейшем этапе могли иметь близкое значение. Если лошадь первоначально выполняла ту же хозяйственную функцию, что и собака, то название собаки тогда могло перейти на лошадь. Это дает основание, учитывая нерегулярность соответствия латинского и и славянского с, сближать слова – русское «конь» с латинским «канис» – «собака», происхождение которых до сих пор не разъяснено сравнительно-историческим методом.
Таким образом, традиционный сравнительно-исторический метод, как орудие исследования, имеет серьезные недостатки и не соответствует современному состоянию теории лингвистической науки. Однако он имеет и достоинства, которые недооценивать нельзя, ибо не может быть никакого сомнения в том, что многие положительные знания добыты именно этим методом исследования.
Традиционный сравнительно-исторический метод исследования должен быть не отброшен, а преобразован и усовершенствован с удержанием всей той ценной техники и приемов обработки лингвистического материала, которая была создана применением этого метода.
Н.Я. Марр не пошел по этому пути; «Н.Я. Марр внес в языкознание не свойственный марксизму нескромный, кичливый, высокомерный тон, ведущий к голому и легкомысленному отрицанию всего того, что было в языкознании до Н.Я. Марра» (И. Сталин).
Он полностью стал отрицать сравнительно-исторический метод со всеми его завоеваниями в технике обработки лингвистического материала. Он стал крикливо шельмовать сравнительно-исторический метод, как «идеалистический», а сформулированный им палеонтологический метод стал пропагандировать, как единственно правильное применение метода марксистской диалектики к материалам речевой и связанной с ней социальной культуры.
Противопоставляя свой палеонтологический метод сравнительно-историческому, Н.Я. Марр стал искать принципиальные различия и в технике сравнительной обработки лингвистического материала. Он пришел к выводу, что слова или формы как целые смысловые единицы в системе современных языков не могут быть предметом сравнительной обработки, так как такая подготовка материала неизбежно ведет якобы к восстановлению праязыка, например, сравнение русского слова «рука» с польским словом «ренка», старославянским «ронка», литовским «ранка» должно привести к выводу, что первичной формой для этих теперь разных слов была одна для всех славян форма – «ронка». В каждом таком отдельном факте Н.Я. Марр усматривал отражение праязыковой теории расхождения. Между тем в действительности эти факты свидетельствуют не об одном праязыке для всех славянских народов, а об одном источнике (наряду с другими источниками), который имеет отложение в славянских языках и который в результате различий в развитии этих языков получил различные изменения. Подобного рода процессы совершаются и теперь.
Французское слово «парти» в русском языке звучит «партия», в белорусском – «партыя», французское слово «диктатюр» в русском звучит «диктатура», белорусском – «дыктатура» и т.п.