Следует иметь в виду, что те резкие сдвиги в построении научной теории, о которых упоминает Н.Я. Марр, имели место лишь в последние пятнадцать лет его жизни. В течение тридцати предшествующих лет научной деятельности, считая с появления первой печатной работы в 1888 году, Н.Я. Марр не был знаком с работами классиков марксизма-ленинизма. Этим объясняется бесплодность его попыток выйти из стесняющих его постановок учения младограмматиков, с которыми полностью он и тогда уже не мог согласиться. Такие дореволюционные узко филологические работы и ставит проф. А.С. Чикобава в особую заслугу Н.Я. Марру.
Между тем только после Великой Октябрьской социалистической революции Н.Я. Марр ясно увидел тот тупик, в котором оказались работы воспитавшей его лингвистической школы, следовательно, и его собственные. Марр не скрывал тех затруднений, которые стояли на его пути, и неоднократно отмечал те, сохранившиеся в нем самом и тормозящие движение вперед установки, которые были заложены воспитавшей его школой. Единственный выход из создавшегося сложного положения вел к ознакомлению с марксизмом-ленинизмом. На этот путь Н.Я. Марр и становится. Но и тут продолжается столкновение старых взглядов Марра с его же новыми, что ведет к частичным срывам, к высказываниям положений, от которых сам же Марр позднее отказывается.
Имеются выводы, печатно высказанные, которые Н.Я. Марр в дальнейших своих работах не повторяет и заменяет новыми. Все же, всегда самокритично относясь к своим работам, Марр в большинстве случаев исправляет свои ошибки. Прекрасным примером может служить отношение Марра к его же собственному, упомянутому выше, докладу «Яфетический Кавказ и третий этнический элемент в созидании средиземноморской культуры» (1920 г.). Вызвавший исключительный интерес, этот доклад, весьма показательный обилием собранного материала и его анализом, был основан на неверной предпосылке, сводящей создававшуюся средиземноморскую культуру к расселению яфетических племен, двигавшихся из Араратской долины по северному и южному берегам Средиземного моря. Яфетические племена оказались культурным пранародом, а Средиземноморье – изначальным культурным центром. Через три года Н.Я. Марр к немецкому переводу того же доклада присоединяет предисловие, высказывающее сомнение в правильности основной установки доклада, а в 1926 году, как мы уже видели выше, предупреждает читателей о необходимости критического отношения к данному труду, а во все предыдущие работы рекомендует «лучше не заглядывать» (Предисловие к «Классифицированному перечню»)[60].
В сходном положении оказались и университетские лекции «Яфетическая теория. Общий курс учения об языке», читанные в 1927 году в городе Баку и потому широко известные под наименованием «Бакинский курс». Эти лекции, как единственное пособие, дающее общий обзор яфетической теории и основных ее установок, легли в основу преподавания университетских курсов. Раскупленные в очень короткий срок, лекции потребовали переиздания. Но, содержа детальное описание устанавливаемых Марром звуковых законов и соответствий, лекции в остальной своей части представляли изложение, не всегда отвечающее установкам материалистического учения о языке, и сам же автор данного труда в 1931 году не дал согласия на его переиздание, находя необходимым коренную переработку. Следует отметить тут же, что по вине учеников Н.Я. Марра, отказавшегося от переиздания «Бакинского курса» как устаревшего, курс этот до сегодняшнего дня включается безо всяких оговорок в число рекомендуемых студентам пособий.
Правильным установкам Н.Я. Марра о необходимости в языковедной работе точно следовать методу исторического и диалектического материализма не отвечали некоторые его выводы. Таково, например, построение родословного дерева на основе морфологической классификации языков, приведенное в «Бакинском курсе» (1928 г.), где завершающим высшим звеном в современном состоянии языков признается флективный строй индоевропейской речи. Этому строю в нисходящем разрезе предшествуют один за другим флективные языки семитической группы, перед ними помещены тюркские с агглютинативным строем, еще ниже – эргативные яфетические, а в самом низу – аморфные. В итоге получилось построение, в значительной степени повторяющее обычную морфологическую классификацию, которая вовсе не чужда буржуазной лингвистической школе.